学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

猪ATGL基因和FATP1基因5\'调控区的多态性及其与胴体和肉质性状的相关分析

作　者: 华绪川
导　师: 张金枝；徐宁迎
学　校: 浙江大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: ATGL基因 FATP1基因 脂肪性状 序列分析 PCR-RFLP 四引物ARMS-PCR 猪
分类号: S828
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 111次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载
 

内容摘要


脂肪性状是影响畜禽肉质的重要因素。脂肪甘油三酯水解酶(Adipose triglyceride lipase, ATGL)是脂肪动员过程中脂肪水解的限速酶,而脂肪酸转运蛋白1 (Fatty acid transport protein 1, FATP1)具有促进脂肪细胞吸收利用长链和极长链脂肪酸的功能,在脂肪沉积过程中发挥着重要的作用。本研究以ATGL基因和FATP1基因为候选基因,在金华猪、岔路黑猪、皮特兰、杜洛克和大约克五个纯种猪群以及金皮F2代(金华×皮特兰)资源群体中对猪ATGL基因和FATP1基因5’调控区进行单核苷酸多态性(SNP)扫描并分析其与金皮F2代猪胴体和肉质性状的关系,主要结果如下：在ATGL基因的5’调控区发现存在A-253C→T以及A-845G→C和A-854T→C的连锁突变。生物信息学分析结果显示该序列可能存在启动子区域,并且A-845G→C突变导致部分潜在转录因子结合位点的产生或消失,提示这些SNP座位可能会影响ATGL基因的转录和表达。利用错配PCR-RFLP方法检测A-253C→T座位在不同猪种中的分布情况,结果发现A-253C→T座位在金华猪、岔路黑猪、皮特兰、杜洛克和金皮F2代猪中均存在多态性,且等位基因C的频率较高,为优势等位基因；但在大约克猪群中只有CC一种基因型。最小二乘分析显示,该座位CC基因型个体的胸腰结合处背膘厚和腰荐结合处背膘厚显著高于TT基因型个体,分别增加了11.41%和14.68%；而CC基因型个体的后腿脂肪重也显著高于CT和TT基因型个体。利用PCR-RFLP的方法对A-845G→C座位进行检测,结果发现,该座位在金华猪、岔路黑猪、杜洛克、大约克夏和金皮F2代猪群中均存在多态性,其中地方猪种中C等位基因的频率明显低于国外猪种,并且在金华猪群中没有检测到CC基因型,而在皮特兰猪群中只有GC一种基因型。相关分析显示,该座位GG基因型个体与GC基因型个体的肩部背膘厚、6-7肋背膘厚、平均背膘厚差异显著,分别增加了7.25%、9.06%、7.67%；在胸腰结合处背膘厚上,GG基因型个体比CC基因型个体增加了12.63%；在后腿脂肪重上,GG基因型个体比CC和GC基因型个体分别增加了11.27%和6.31%；而在眼肌面积上,GC基因型个体比GG基因型个体增加了10.29%。在FATP1基因的5’调控区发现主要存在F-586T→C、F-1026G→A和F-1240C→A三个突变座位。生物信息学分析结果显示,目的序列含有启动子、CpG岛、TATA box等调控基因转录和翻译的区域,并且F-1026G→A和F-1240C→A突变都会引起该序列转录因子结合位点的变化。利用PCR-RFLP的方法对F-586T→C座位进行检测,结果发现该座位只在皮特兰、杜洛克和金皮F2代猪群中存在多态性,且表现为较高频率的T等位基因；而在金华猪、岔路黑猪和大约克夏猪群中只有TT一种基因型。相关分析显示,该座位TT基因型个体的肩背膘厚、6-7肋背膘厚、胸腰结合处背膘厚、平均背膘厚和板油重显著高于CC基因型个体,分别增加了10.73%、11.92%、13.06%、9.43%和24.31%。利用PCR-RFLP的方法对F-1026G→A座位进行检测,结果发现该座位在金华猪、岔路黑猪、杜洛克、大约克夏和金皮F2代猪群中均存在多态性,但在杜洛克和大约克夏猪群中不存在AA基因型；而在皮特兰猪群中只有AG一种基因型。相关分析显示,该座位对猪6-7肋背膘厚的影响达到极显著水平(P=0.0075),GG基因型个体的6-7肋背膘厚比AA和AG基因型个体分别增加了13.86%和13.78%。利用四引物ARMS-PCR的方法检测F-1240C→A座位在不同猪种中的分布,结果发现该座位只在金华猪和金皮F2代猪群中存在多态性,并表现为较高频率的C等位基因；而在其它猪群中只有CC一种基因型,说明该SNP座位是金华猪所特有的。相关分析结果显示,该座位对猪肌内脂肪含量的影响达到了极显著水平(P=0.005),其中AA和AC基因型个体的肌内脂肪含量比CC基因型个体分别增加了42.81%和28.76%,而AA和AC基因型个体之间的差异不显著。以上研究结果表明,猪ATGL基因和FATP1基因5’调控区的多态座位对脂肪性状具有一定的影响,提示这两个基因可能是猪脂肪性状合适的候选基因。

全文目录


摘要  6-8
ABSTRACT  8-10
缩略词表  10-15
第一章 文献综述  15-35
  1 动物脂肪代谢及其调控机理的研究进展  15-18
    1.1 脂肪组织概述  15-16
    1.2 脂肪的动员和分解调节  16-17
    1.3 脂肪酸的转运及其调控  17-18
  2 脂肪甘油三酯水解酶(ATGL)基因研究进展  18-23
    2.1 ATGL的结构特征  19-20
      2.1.1 ATGL的基因结构  19
      2.1.2 ATGL的蛋白质结构  19-20
    2.2 ATGL的组织表达变化  20
    2.3 ATGL的生物学功能  20-21
    2.4 ATGL的作用机制及其调控  21-22
    2.5 小结和展望  22-23
  3 脂肪酸转运蛋白1(FATP1)基因研究进展  23-26
    3.1 FATP家族的成员和分布  23
    3.2 FATP1的分子结构  23-24
    3.3 FATP1的生物学功能  24-25
    3.4 FATP1的作用机制及其表达调节  25-26
  4 单核苷酸多态性  26-27
  5 PCR-RFLP技术  27-28
    5.1 PCR-RFLP标记分类  27
    5.2 PCR-RFLP标记的特点  27
    5.3 错配PCR-RFLP技术  27-28
  6 四引物ARMS-PCR技术  28-30
    6.1 四引物ARMS-PCR的技术原理  28-29
    6.2 引物设计原则和方法  29-30
    6.3 分型方法  30
    6.4 应用前景  30
  7 生物信息学及其在动物遗传育种中的应用  30-33
    7.1 生物信息学的产生和发展  31
    7.2 生物信息学的主要研究内容  31-32
      7.2.1 序列比对  31-32
      7.2.2 序列分析  32
      7.2.3 蛋白质结构预测  32
    7.3 前景与展望  32-33
  8 本研究所涉及猪种的介绍  33-34
    8.1 金华猪  33
    8.2 岔路黑猪  33
    8.3 皮特兰猪  33-34
    8.4 杜洛克猪  34
    8.5 大约克猪  34
  9 本研究的目的和意义  34-35
第二章 材料与方法  35-44
  1 实验材料  35-37
    1.1 实验动物  35
    1.2 试验试剂  35-36
      1.2.1 基因组DNA提取试剂  35
      1.2.2 PCR试剂  35
      1.2.3 酶切和电泳试剂  35-36
    1.3 溶液的配制  36-37
    1.4 琼脂糖凝胶的制备  37
    1.5 仪器设备  37
  2 试验方法  37-43
    2.1 基因组DNA的提取与检测  37-38
      2.1.1 基因组DNA的抽提  37-38
      2.1.2 基因组DNA的检测  38
    2.2 测序引物设计和PCR反应体系  38-40
      2.2.1 测序引物设计  38-39
      2.2.2 引物的溶解、稀释  39
      2.2.3 PCR反应体系  39-40
      2.2.4 琼脂糖电泳检测分析  40
    2.3 生物信息学分析  40
      2.3.1 多态座位的寻找  40
      2.3.2 序列分析  40
    2.4 PCR-RFLP和四引物ARMS-PCR反应条件  40-43
      2.4.1 基因分型引物设计  40-41
      2.4.2 PCR反应体系  41-42
      2.4.3 限制性内切酶的设计  42
      2.4.4 酶切反应条件  42-43
  3 统计分析  43-44
    3.1 基因型频率和基因频率计算  43
    3.2 Hardy-Weinberg平衡检验  43
    3.3 基因效应的统计分析  43-44
第三章 结果与分析  44-66
  1 基因组DNA提取结果  44
  2 候选基因目的序列  44-46
    2.1 ATGL基因5'调控区目的序列  44-45
    2.2 FATP1基因5'调控区目的序列  45-46
  3 测序引物PCR扩增结果  46-47
  4 生物信息学分析结果  47-55
    4.1 多态座位的寻找  47-49
      4.1.1 ATGL基因5'调控区的SNP座位  47-48
      4.1.2 FATP1基因5'调控区的SNP座位  48-49
    4.2 序列分析  49-50
      4.2.1 ATGL基因5'调控区序列分析  49
      4.2.2 FATP1基因5'调控区序列分析  49-50
    4.3 多态座位的转录因子结合位点预测  50-55
      4.3.1 ATGL基因SNP座位转录因子结合位点预测  50-52
      4.3.2 FATP1基因SNP座位转录因子结合位点预测  52-55
  5 多态性座位检测结果  55-57
    5.1 ATGL基因的多态座位检测结果  55-56
      5.1.1 A-253C→T多态座位检测结果  55
      5.1.2 A-845G→C多态座位检测结果  55-56
    5.2 FATP1基因的多态座位检测结果  56-57
      5.2.1 F-586T→C多态座位检测结果  56
      5.2.2 F-1026G→A多态座位检测结果  56-57
      5.2.3 F-1240C→A多态座位检测结果  57
  6 SNP与猪脂肪性状的相关分析  57-66
    6.1 ATGL基因多态座位对猪脂肪性状的影响  57-61
      6.1.1 ATGL基因各多态座位在不同猪种中的分布情况  57-59
      6.1.2 ATGL基因各多态座位与猪脂肪及其它性状的相关分析  59-61
    6.2 FATP1基因多态座位对猪脂肪性状的影响  61-66
      6.2.1 FATP1基因各多态座位在不同猪种中的分布情况  61-63
      6.2.2 FATP1基因各多态座位与猪脂肪及其它性状的相关分析  63-66
第四章 讨论  66-73
  1 候选基因的选择  66-67
  2 四引物ARMS-PCR分析方法的优化  67-68
  3 ATGL基因和FATP1基因5'调控区的多态性  68-70
  4 ATGL基因5'调控区多态性与猪脂肪性状等的相关分析  70-71
  5 FATP1基因5'调控区多态性与猪脂肪性状等的相关分析  71-73
第五章 小结  73-75
  1 本研究的主要结论  73-74
  2 本研究的特色与创新点  74
  3 本研究的不足之处  74-75
参考文献  75-80
致谢  80

相似论文

  1. 猪前脂肪细胞分化过程中抵抗素基因表达水平及其影响因素,R587.1
  2. 猪粪堆肥的理化特征及腐熟度评价研究,S141.4
  3. 南京地区西花蓟马Frankliniella occidentalis （Pergande）的发生调查及其线粒体基因组研究,S433
  4. 猪BMP7基因启动子多态性及其与繁殖性状关联性分析,S828
  5. 猪BMP7基因外显子和内含子多态性检测及其与繁殖性状关系的研究,S828
  6. 河南低致病性禽流感病毒（H9亚型）分离鉴定及生物学特性研究,S852.65
  7. 猪链球菌2型与猪胸膜肺炎放线杆菌基因工程亚单位疫苗的研究,S858.28
  8. 营养调控对猪生产性能及氮磷排放影响的研究,S828.5
  9. PRRSV的感染差异性和抗体依赖性增强作用研究,S858.28
  10. 猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传变异分析及猪α干扰素的真核表达,S858.28
  11. 猪圆环病毒2型Cap蛋白单克隆抗体的制备与鉴定,S852.65
  12. 鸡传染性支气管炎病毒的分离鉴定及S1、N基因的序列分析,S852.65
  13. 猪细小病毒河南流行株的分离、鉴定及部分生物学特性研究,S852.65
  14. 马链球菌兽疫亚种类M蛋白与猪血管内皮细胞互作蛋白筛选,S852.611
  15. 新疆小麦1Dx5基因的分离克隆及表达载体构建,S512.1
  16. 一个芥菜型油菜品种资源的线粒体基因组序列分析,S565.4
  17. 极端低蛋白日粮对初产小梅山母猪繁殖性能及其后代生长性能与免疫功能的影响,S828
  18. 副猪嗜血杆菌，猪传染性胸膜肺炎放线杆菌和猪链球菌2型三重PCR方法的建立与应用,S858.28
  19. 太湖猪卵巢组织FSHR基因表达水平与5’调控区多态性分析,S828
  20. 副猪嗜血杆菌的分离鉴定及其在模拟体内发病条件下培养的蛋白组学研究,S858.28
  21. 多个猪IgGⅡB类Fc受体剪接异构体的分子生物学特征,S828

中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 猪
© 2012 www.xueweilunwen.com