学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示
猪BMP7基因外显子和内含子多态性检测及其与繁殖性状关系的研究
作 者: 周建设
导 师: 李明;陈其新
学 校: 河南农业大学
专 业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 猪 BMP7基因 外显子 内含子 多态性 繁殖性状
分类号: S828
类 型: 硕士论文
年 份: 2011年
下 载: 7次
引 用: 0次
阅 读: 论文下载
内容摘要
骨形态发生蛋白7(BMP7)是BMP家族成员之一,具有多方面的生物学活性,对动物繁殖机能具有重要的调控作用。目前在国内外尚未见到猪BMP7基因遗传多态性分析的文献报道。本研究首次对猪BMP7基因编码部位和内含子区域的遗传变异特性及其与猪繁殖性状相关性进行了分析。首先提取猪毛囊基因组DNA,构建DNA池,进行全基因测序,对猪BMP7基因的遗传变异位点进行筛选。在此基础上,应用PCR-RFLP技术,对3个品种258头猪BMP7外显子及内含子区的2个微卫星STC、STA,5个SNP位点T98C、T143C、T20C、T34C、T75C进行群体遗传学分析,并用SPSS16.0分析这7个多态位点对猪繁殖性状的影响。主要研究结果如下:(1)构建了猪毛囊提取的基因组DNA池,进行极端性状混合DNA池测序,首次发现在外显子区存在14个多态位点,在内含子区存在72个多态位点。在内含子1区存在6给微卫星。(2)对内含子1中存在的6个微卫星中的2个通过PAGE凝胶电泳进行多态性检测及分析,并将这2个微卫星做了群体内和不同品种间遗传分析及不同基因型与繁殖性能做了关联性分析。分析结果表明,STC位点有2种基因型,呈低度多态(0.231),不同猪品种间基因型差异极显著(p=0.006<0.01);在STA位点发现5种基因型,呈中度多态(0.391),不同猪品种间基因型差异极显著(p=8.07E-14<0.01)。关联分析发现STC位点对猪的繁殖相关的性状没有显著的影响。STA位点对猪总产仔数具有显著影响(p=0.05),其中AC型个体的各繁殖性状均值均大于其他基因型个体。2位点组合基因型中,AB/AC型个体的各项与繁殖性状相关的指标与其他基因型之间存在一定差异,表明这2个微卫星位点存在一定的互作。在对STC位点分型过程中发现,STC位点杂合子个体在PAGE胶上,除2条目的条带外,在胶孔的一端还有2条非目的条带。初步推测,这2条非目的条带可能为杂合子在PCR扩增过程中形成的异源双链。(3)以极端性状混合DNA池测序结果为基础,应用PCR-RFLP技术首次检测外显子2中2个SNP位点T98C、T143C和内含子2中3个SNP位点T20C、T34C和T75C。测序结果表明这5个SNP位点均为T/C突变,5个位点都有2个等位基因,3种基因型。遗传变异分析发现,T98C位点A是优势等位基因(0.657),优势基因型为AB型(0.500),该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,多态信息含量(PIC)、杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)分别为0.349、0.451、1.821,属中度多态,不同猪品种间基因型差异不显著(p>0.05)。T143C位点D是优势等位基因(0.607),优势基因型为DD型(0.426),该位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态,PIC、He、Ne分别为0.363、0.477、1.913,属中度多态,不同猪品种间基因型差异极显著(p=7.39E-6)。T20C位点E是优势等位基因(0.777),优势基因型为EE型(0.647),该位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态,PIC、He、Ne分别为0.286、0.346、1.530,属中度多态,不同猪品种间基因型差异极显著(p=2.47E-4)。T34C位点G是优势等位基因(0.624),优势基因型为GH型(0.450),该位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,PIC、He、Ne分别为0.359、0.469、1.884,属中度多态,不同猪品种间基因型差异极显著(p=5.71E-5)。T75C位点J是优势等位基因(0.822),优势基因型为JJ型(0.822),该位点处于Hardy-Weinberg非平衡状态,PIC、He、Ne分别为0.250、0.293、1.414,属中度多态,不同猪品种间基因型差异不显著(p>0.05)。(4)将检测到5个SNP位点与繁殖性状相关的生产数据进行关联分析。结果显示,T98C、T34C、T75C在猪总产仔数、产活仔数、出生窝重和21日龄窝重表现为差异不显著。对T143C位点和T20C位点进行关联分析,结果表明,T143C位点在猪繁殖性状21日龄窝重上表现为差异显著(p=0.025<0.05),该位点主要以加性效应起作用,CC型个体21日龄窝重比DD型个体重3.484kg,差异显著(p<0.05)。T20C位点在猪产活仔数和出生窝重表现为差异显著(p<0.05),对21日龄窝重各基因型间差异极显著(p=0.000<0.01)。E、F等位基因之间存在超显性效应,该位点主要以显性效应起作用,其中EF型个体产活仔数比EE型个体多0.429头(p<0.05);EF型个体出生窝重比EE型个体重0.754kg (p<0.05);EF型个体21日龄窝重比EE型个体重4.385kg (p<0.01)。在猪的选育过程中,对于产活仔数、出生窝重和21日龄窝重可以考虑在T20C位点杂种优势的利用。基于以上结果,可得出如下结论:(1)猪BMP7基因所测序部分共筛选到多态位点92个。包括6个微卫星、7个Indel、79个SNP,该基因遗传变异丰富,可能对基因表达乃至表型产生较大的影响。(2)在所鉴定的7个位点中,STA、T143C、T20C 3个位点与猪若干繁殖性状显著关联,可望作为分子标记用于育种中的辅助选择。
|
全文目录
致谢 4-5摘要 5-7Abstract 7-13文献综述 13-25 1 骨形态发生蛋白7(BMP7)的研究进展 13-17 1.1 BMP7 基因的结构特点 13-16 1.2 BMP7 基因的受体及信号传递 16 1.3 BMP7 基因的调节作用 16-17 2 BMP7 基因的生物学作用 17-18 2.1 BMP7 基因在胚胎发育过程中的作用 17 2.2 BMP7 基因在动物繁殖过程中的作用 17-18 3 BMP7 基因的应用前景 18-19 4 生物多态性分子遗传标记 19-25 4.1 限制性片段长度多态性 20-22 4.1.1 限制性片段长度多态性原理 20 4.1.2 限制性片段长度多态性技术特点 20-21 4.1.3 限制性片段长度多态性技术的应用 21-22 4.1.4 限制性片段长度多态性技术的影响因素 22 4.2 微卫星DNA(Microsatellite DNA)标记 22-23 4.2.1 微卫星分析原理 22-23 4.2.2 微卫星标记特点 23 4.2.3 微卫星技术的应用 23 4.3 单核苷酸多态性标记 23-25引言 25-26第1章 猪BMP7 基因多态位点的筛选 26-36 1.1 材料与方法 26-30 1.1.1 材料 26-27 1.1.1.1 试剂 26 1.1.1.2 主要仪器 26-27 1.1.1.3 溶液配制 27 1.1.2 方法 27-30 1.1.2.1 猪毛囊基因组DNA 的提取 27 1.1.2.2 DNA 质量检测 27-28 1.1.2.3 DNA 池构建 28 1.1.2.4 猪BMP7 基因多态位点的筛选 28-30 1.2 结果与分析 30-33 1.2.1 DAN 质量检测结果 30-31 1.2.2 猪BMP7 基因DNA 池测序 31-33 1.3 讨论 33-34 1.3.1 毛囊提取DNA 的优点 33-34 1.3.2 毛囊数的选择 34 1.3.3 采样时间的选择 34 1.4 小结 34-36第2章 猪BMP7 基因微卫星多态性检测与分析 36-47 2.1 材料与方法 36-39 2.1.1 材料 36-37 2.1.1.1 试剂 36 2.1.1.2 主要仪器 36 2.1.1.3 溶液配制 36-37 2.1.2 方法 37-39 2.1.2.1 引物设计 37 2.1.2.2 PCR 扩增 37 2.1.2.3 PAGE 凝胶的制备(29:1,12%) 37-38 2.1.2.4 PAGE 凝胶电泳 38 2.1.2.5 银染 38 2.1.2.6 遗传多态性的统计学分析 38-39 2.2 结果与分析 39-43 2.2.1 BMP7 内含子1 中2 个微卫星位点PCR 扩增产物的检测及PAGE 凝胶电泳 39-40 2.2.2 内含子1 微卫星的遗传特征分析 40-43 2.2.2.1 群体内遗传变异分析 40-42 2.2.2.2 猪BMP7 基因内含子1 微卫星座位多态性与繁殖性状的相关性分析 42-43 2.3 讨论 43-46 2.3.1 微卫星座位的多态性 43-44 2.3.2 内含子1 微卫星多态性与繁殖性能的关系 44 2.3.3 微卫星基因型判型 44-46 2.4 小结 46-47第3章 猪BMP7 基因SNP 多态性检测与分析 47-60 3.1 材料与方法 47-49 3.1.1 材料 47 3.1.1.1 试剂及酶 47 3.1.1.2 主要仪器 47 3.1.1.3 溶液配制 47 3.1.2 方法 47-49 3.1.2.1 引物设计 47-48 3.1.2.2 猪BMP7 基因SNP 位点PCR 扩增 48 3.1.2.3 猪BMP7 基因SNP 位点 PCR-RFLP 分型及测序 48-49 3.1.2.4 遗传多态性的统计学分析 49 3.2 结果与分析 49-56 3.2.1 猪BMP7 基因SNP 位点PCR 扩增结果 49 3.2.2 猪BMP7 基因SNP 位点PCR-RFLP 分型及测序 49-52 3.2.3 猪BMP7 基因SNP 的遗传特征分析 52-56 3.2.3.1 群体内遗传变异分析 52-54 3.2.3.2 猪BMP7 基因外显子2、内含子2 多态性与繁殖性能分析 54-56 3.3 讨论 56-59 3.3.1 SNP 位点在群体内的遗传变异分析 56-57 3.3.2 猪BMP7 基因外显子2、内含子2 多态性与繁殖性状的关系 57-58 3.3.3 基因多态性的生物学作用 58-59 3.4 小结 59-60结论及进一步研究内容 60-61 1 结论 60 2 需要进一步开展的工作 60-61创新点 61-62参考文献 62-65
|
相似论文
- 猪前脂肪细胞分化过程中抵抗素基因表达水平及其影响因素,R587.1
- 缺血性脑血管病患者CYP2C19基因多态性分析,R743
- 猪粪堆肥的理化特征及腐熟度评价研究,S141.4
- 猪BMP7基因启动子多态性及其与繁殖性状关联性分析,S828
- 湖羊BMP4基因克隆、表达与多态性分析,S826
- 铁皮石斛叶绿体微卫星的开发应用及其种间通用性研究,S567.239
- 猪链球菌2型与猪胸膜肺炎放线杆菌基因工程亚单位疫苗的研究,S858.28
- 营养调控对猪生产性能及氮磷排放影响的研究,S828.5
- 鸡CFL2基因遗传变异及其效应与表达的研究,S831
- PRRSV的感染差异性和抗体依赖性增强作用研究,S858.28
- 猪繁殖与呼吸综合征病毒遗传变异分析及猪α干扰素的真核表达,S858.28
- 猪圆环病毒2型Cap蛋白单克隆抗体的制备与鉴定,S852.65
- 猪细小病毒河南流行株的分离、鉴定及部分生物学特性研究,S852.65
- 水稻胁迫应答基因3’UTR模体及相关miRNA的生物信息学研究,Q943.2
- 马链球菌兽疫亚种类M蛋白与猪血管内皮细胞互作蛋白筛选,S852.611
- 水稻pib基因内含子1、2对Pib启动子活性影响的转基因分析,S511
- 极端低蛋白日粮对初产小梅山母猪繁殖性能及其后代生长性能与免疫功能的影响,S828
- 副猪嗜血杆菌,猪传染性胸膜肺炎放线杆菌和猪链球菌2型三重PCR方法的建立与应用,S858.28
- 太湖猪卵巢组织FSHR基因表达水平与5’调控区多态性分析,S828
- 副猪嗜血杆菌的分离鉴定及其在模拟体内发病条件下培养的蛋白组学研究,S858.28
中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 猪
© 2012 www.xueweilunwen.com
|