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牛ATGL基因的克隆、组织表达研究和遗传变异分析

作　者: 崔欢欢
导　师: 昝林森
学　校: 西北农林科技大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 牛 ATGL基因 克隆 组织表达 SNP 肉质性状
分类号: S823
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


本研究采用RT-PCR克隆了牛ATGL基因的全长CDS,使用半定量PCR技术检测了牛ATGL基因的表达情况,并利用焦磷酸测序技术分析了五个黄牛品种ATGL基因的遗传变异。分析了该基因的遗传结构和遗传多样性,并将多态位点与部分秦川牛的肉质和胴体性状进行相关分析,以检验此基因的多态位点对肉质和胴体性状的遗传效应,以期发现对重要经济性状具有显著效应的遗传标记,为中国黄牛的选育和种质资源保存及利用提供遗传学依据,为分子标记数据库的建立提供基本素材。本研究获得了以下结果:1.牛ATGL基因的CDS区的克隆克隆得到了牛ATGL基因的CDS序列,并提交到GenBank(收录号为:FJ798978)。牛ATGL基因CDS全长1461bp,编码486个氨基酸,与人、小鼠、大鼠、狗和猪的核苷酸序列同源性分别为87.3%,84.7%,82.4%,86.8%,87.5%。系统进化树分析表明牛和猪的亲缘关系最近。蛋白分析显示ATGL蛋白N端具有Patatin结构域,三级结构分析表明ATGL蛋白包含无规则卷曲连接的5个α螺旋和6个β折叠。2.牛ATGL基因的组织表达规律应用半定量RT-PCR技术研究了ATGL基因在秦川牛11种组织中的表达规律,结果表明:ATGL基因在脂肪和瘤胃中高丰度表达,在睾丸中没有检测到,而在其他8种组织中中度表达。以上结果表明ATGL基因在牛各个组织中起着广泛的生物学作用。3.牛ATGL基因多态性及其与肉质性状的关联分析在试验的5个牛群体的ATGL基因中共检测到了4个SNPs位点:3166T>C,3289G>C,3514A>T和3947G>T。位点3166T>C与背膘厚和大理石纹等级显著相关,CC型和TC型个体的背膘厚显著高于TT型,CC型个体的大理石纹等级显著高于TC型和TT型;位点3289G>C与背膘厚呈极显著相关,CC型个体的背膘厚极显著高于GG型和GC型;位点3514A>T与屠宰率和大理石纹等级显著相关,TT型个体的屠宰率和大理石纹等级显著高于AA型和AT型;位点3947G>T与大理石纹等级和嫩度之间存在显著相关,TT型和GT型个体的大理石纹等级显著高于GG型,而GG型和GT型个体的嫩度显著高于TT型。多个试验群体在这四个点为中度多态且处于Hardy-Weinberg平衡状态,可作为潜在的分子标记。

全文目录


摘要  6-7
ABSTRACT  7-10
文献综述  10-24
  第一章 脂肪代谢研究进展  10-21
    1.1 脂肪细胞的脂解和脂动员  10-11
    1.2 研究脂解和脂动员的方法学  11-12
    1.3 脂解中的脂酶和蛋白-脂相互作用研究  12-21
      1.3.1 脂滴相关蛋白和脂结合蛋白  12-15
      1.3.2 酯酶和三酰甘油水解作用  15-18
      1.3.3 脂肪酸的选择性动员  18-19
      1.3.4 HSL 和ATGL 表达的调控  19-21
  第二章 ATGL 的研究进展  21-24
    2.1 ATGL 的发现  21
    2.2 ATGL 简介  21-22
    2.3 ATGL 的表达与调控  22-23
    2.4 ATGL 基因多态性研究  23-24
实验研究  24-52
  第三章 牛ATGL 基因的克隆、序列分析及组织表达研究  24-32
    3.1 材料与方法  24-26
      3.1.1 材料  24
      3.1.2 方法  24-26
    3.2 结果与分析  26-30
      3.2.1 ATGL 基因CDS 的克隆  26
      3.2.2 ATGL 基因的组织表达  26-27
      3.2.3 ATGL 基因的同源性分析  27
      3.2.4 ATGL 基因编码氨基酸序列的遗传进化树分析  27
      3.2.5 牛ATGL 蛋白质信息分析  27-30
    3.3 讨论  30-32
      3.3.1 关于牛ATGL 基因的CDS 克隆和序列分析  30-31
      3.3.2 关于扩增循环数对基因表达定量的影响  31
      3.3.3 关于ATGL 基因的组织表达  31-32
  第四章 牛ATGL 基因SNPs 检测及其与肉质性状相关性研究  32-51
    4.1 材料与方法  32-35
      4.1.1 材料  32
      4.1.2 主要药品及试剂的配制  32
      4.1.3 试验方法  32-35
    4.2 结果与分析  35-46
      4.2.1 ATGL 基因3166 T>C 位点遗传分析及其与肉质性状的相关性分析  35-38
      4.2.2 ATGL 基因3289G>C 位点遗传分析及其与肉质性状的相关性分析  38-40
      4.2.3 ATGL 基因3514A>T 位点遗传分析及其与肉质性状的相关性分析  40-43
      4.2.4 ATGL 基因3947G>T 位点遗传分析及其与肉质性状的相关性分析  43-46
    4.3 讨论  46-51
      4.3.1 关于焦磷酸测序及其常见问题  46-48
      4.3.2 ATGL 基因多态性及其与肉质性状的关联分析  48-51
  第五章 结论  51-52
参考文献  52-57
附录  57-62
致谢  62-63
作者简介  63

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 牛
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