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南海海域五种笛鲷的SSR和D-loop序列分析

作　者: 李培
导　师: 刘楚吾
学　校: 广东海洋大学
专　业: 海洋生物学
关键词: 红鳍笛鲷 千年笛鲷 紫红笛鲷 孟加拉笛鲷 四带笛鲷 SSR标记 D-loop 遗传多样性
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要


笛鲷属(Lutjanus)鱼类隶属鲈形目(Perciformes)笛鲷科(Lutjanidae),是广泛分布于热带和亚热带的岩礁鱼类,是我国南海海域重要的捕捞和海水网箱养殖对象之一。本文采用SSR标记和D-loop序列分析两种分子技术,分析三亚海域红鳍笛鲷(Lutjanus erythopterus)的野生及养殖群体、紫红笛鲷(Lutjanus argentimaculatus)的野生及养殖群体;湛江及三亚2个不同海域千年笛鲷(Lutjanus sebae)的养殖群体、孟加拉笛鲷(Lutjanus bengalensis)和四带笛鲷(Lutjanus kasmira)的野生群体5种笛鲷10个群体的遗传多样性及群体分化水平。采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从西大西洋笛鲷(Lutjanus campechanus)和勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)的微卫星引物中筛选出适用于红鳍笛鲷、紫红笛鲷、千年笛鲷、孟加拉笛鲷和四带笛鲷的微卫星引物,结果表明:在千年笛鲷中有13对引物可扩增出重复性好的特异性条带;在紫红笛鲷和孟加拉笛鲷中都各有12对引物可扩增出重复性好的特异性条带;在红鳍笛鲷和四带笛鲷中都各有10对引物可稳定扩增出特异性条带。10个笛鲷群体的多态信息含量(polymorphism information content)在0.3854~0.5660的范围内,期望杂合度(Expected Heterozygosity)在0.4843~0.6141的范围内。SSR标记群体遗传变异的结果表明:除了千年笛鲷的两个养殖群体遗传多样性稍低以外,其他群体的遗传多样性都较为丰富;而且同种笛鲷不同群体间都存在不同程度的遗传分化。测定10个笛鲷群体84个个体的D-loop全序列,共检测到78种单倍型。10个群体的单倍型多样性为0.8930~1.0000,群体内核苷酸多样性水平(Pi)平均为0.0035~0.0229,平均核苷酸差异数(K)为3.0560~19.8570,与SSR技术所得结论一致:除了千年笛鲷的两个养殖群体遗传多样性稍低以外,其他群体的遗传多样性都较为丰富。这五种笛鲷中,紫红笛鲷养殖与野生群体之间的分化最大,遗传距离为0.1900;养殖千年笛鲷湛江与三亚群体之间的分化最小,遗传距离为0.0050。

全文目录


摘要  6-7
Abstract  7-10
1 绪论  10-19
  1.1 生物多样性与遗传多样性  10-11
  1.2 笛鲷属鱼类的分类及生存现状  11-12
    1.2.1 笛鲷属鱼类的分类现状  11-12
    1.2.2 笛鲷属鱼类的生存现状  12
  1.3 笛鲷属鱼类遗传多样性的研究进展  12-17
    1.3.1 形态学水平  13
    1.3.2 细胞学水平  13-14
    1.3.3 生物化学水平  14
    1.3.4 分子水平  14-17
  1.4 本研究的立题依据和意义  17-19
2 材料与方法  19-28
  2.1 材料与试剂  19-23
    2.1.1 实验鱼  19
    2.1.2 主要药品及试剂  19-20
    2.1.3 主要仪器设备  20-21
    2.1.4 微卫星引物的筛选  21-23
  2.2 实验方法  23-28
    2.2.1 基因组DNA 的提取  23-24
    2.2.2 微卫星 PCR  24-26
    2.2.3 D-loop 控制区PCR  26-28
3 结果与分析  28-52
  3.1 红鳍笛鲷和紫红笛鲷养殖与野生群体的结果与分析  28-37
    3.1.1 两种笛鲷养殖和野生群体形态学差异  28-29
    3.1.2 基因组DNA 的提取  29
    3.1.3 SSR 技术实验结果  29-34
    3.1.4 D-loop 控制区分析结果  34-37
  3.2 湛江与三亚养殖千年笛鲷的结果与分析  37-42
    3.2.1 基因组DNA 的提取  37
    3.2.2 SSR 技术实验结果  37-40
    3.2.3 D-loop 控制区分析结果  40-42
  3.3 湛江与三亚野生孟加拉笛鲷和四带笛鲷的结果与分析  42-49
    3.3.1 基因组DNA 的提取  42
    3.3.2 SSR 技术实验结果  42-47
    3.3.3 D-loop 控制区分析结果  47-49
  3.4 五种笛鲷D-loop 区的聚类分析结果  49-52
4 讨论  52-60
  4.1 红鳍笛鲷和紫红笛鲷养殖与野生群体的遗传多样性分析  52-55
    4.1.1 两种笛鲷养殖与野生群体遗传多样性的SSR 数据分析  52-53
    4.1.2 D-loop 区结果分析  53-54
    4.1.3 SSR 标记和D-loop 区标记分析结果的比较  54-55
  4.2 湛江与三亚养殖千年笛鲷的遗传多样性分析  55-56
    4.2.1 千年笛鲷湛江与三亚养殖群体遗传多样性的SSR 数据分析  55-56
    4.2.2 千年笛鲷D-loop 区序列变异及多样性分析  56
    4.2.3 两种标记分析结果的比较  56
  4.3 湛江与三亚野生孟加拉笛鲷和四带笛鲷的遗传多样性分析  56-59
    4.3.1 两种笛鲷不同群体SSR 遗传多样性分析  56-58
    4.3.2 D-loop 区全序列的测定及分析  58
    4.3.3 SSR 标记和D-loop 区标记分析结果的比较  58-59
  4.4 五种笛鲷D-loop 区的聚类分析  59-60
5 结论  60-61
参考文献  61-67
致谢  67-68
作者简介  68-69
导师简介  69

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