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12个STR基因座在四个品种犬中的遗传多样性分析及其在个体识别中的应用
作 者: 高一龙
导 师: 谢庄;张汇东
学 校: 南京农业大学
专 业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 犬 STR基因座 荧光标记复合扩增 遗传多样性 个体识别
分类号: S829.2
类 型: 硕士论文
年 份: 2010年
下 载: 9次
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内容摘要
本试验挑选12个位于犬不同染色体上的STR基因座位点,,对拉布拉多犬、史宾格犬、德国牧羊犬和藏獒四个品种的群体遗传结构和遗传多样性进行分析,并探索其在犬只个体身份识别中的应用,旨在:(1)了解这四个品种犬的遗传多样性,为犬品种资源的保存和开发利用提供理论依据;(2)应用荧光标记复合扩增技术对犬只个体身份进行鉴定,为进一步开发国产犬个体识别试剂盒奠定基础,建立便捷、快速、标准的犬DNA检测方法,促进我国工作犬DNA数据库的建立;(3)丰富完善中国工作犬DNA数据库,为公安刑事侦查和维护受害者权益提供技术支持。本文第—部分试验所用样本来自四个品种的工作犬,共244个样本(拉布拉多犬72头,史宾格犬49头,德国牧羊犬52头,藏獒71头);第二部分试验样本来自送检的检材,一只攻击人的中型犬的毛囊样本和血液样本,以及带有唾液斑痕的布料。本文主要研究内容分别为下列两个方面:1.12个STR基因座在四个品种犬群中的遗传多样性分析应用FHC2010、FHC2054、FHC2087、FHC2132、FHC2137、FHC2302、FHC2328、FHC2412、FHC2611、PEZ2、PEZ20和PEZ3等12个STR基因座组成荧光标记复合体系,研究在拉布拉多犬、史宾格犬、德国牧羊犬和藏獒中的多态信息含量(PIC)、期望杂合度(H(e))、观察杂合度(H(o))和有效等位基因(ne),分析这四个品种的遗传距离、系统聚类分析及F-统计量,并对这12个STR基因座的法医学应用指标进行了统计分析,研究结果如下:(1)构建的12个STR基因座荧光标记复合扩增体系扩增效果良好,无非特异性扩增现象,绝大部分样本扩增结果均一,产物峰值基本集中在1500-2000RFU,同色各STR基因座间无重叠。(2)在12个STR位点中,共检测到211个等位基因,基因频率分布在0.007-0.590,平均每个STR基因座等位基因数为18.58个,表明所选取的12个微卫星位点在这四个品种犬群中多态性很丰富。(3) 4个品种犬群体在不同STR基因座的多态信息含量(PIC)都较高,都在0.5以上,均为高度多态性位点。拉布拉多、史宾格、德牧和藏獒的12个STR基因座的平均多态信息含量为分别为0.763、0.768、0.728和0.847,平均杂合度分别为0.844、0.802、0.720和0.851,这表明4个品种犬群均具有丰富的遗传多样性,可以用来分析群体的遗传结构。(4) 4个品种犬群的总群体近交系数(Fit)为0.0680,群体内近交系数(Fis)为-0.0054,群体间基因分化系数(Fst)为0.073,说明四个品种犬群体间7.3%的遗传变异来自群体间,而92.7%的遗传变异是由各群体内个体间的差异引起的;基因流Nm平均值为3.1739。(5)经遗传距离分析,德国牧羊犬与拉布拉多犬的遗传距离最远(0.9171),而两者之间的遗传一致性最小(0.3997);藏獒与史宾格犬的遗传距离最近(0.3289),而两者之间的遗传一致性最高(0.7197)。两种聚类分析结果均表明,德国牧羊犬为外群,从聚类进化树上分析可知,德国牧羊犬单独聚为一类,拉布拉多与藏獒相聚为一类再与史宾格犬聚为一类,聚类结果与品种育成史基本一致。(6)法医学分析表明12个STR基因座的平均杂合度是0.811,平均多态信息含量是0.777,累积匹配率(TPm)、累积个体识别力(TDP)和累积排除率(CPE)在四个犬群中结果如下:拉布拉多犬中分别为3.56 x 10-13、0.9999999999996和0.99999999565;史宾格犬中分别为1.83×10-13、0.9999999999998和0.99999803150;德国牧羊犬中分别为1.33×10-H、0.9999999999867和0.99981801953;藏獒中分别为3.29 x 10-16、1.00000000000和0.99999995452。2.应用12个STR基因座对咬人嫌疑犬只身份进行个体识别应用包括FHC2132、FHC2302、PEZ3、PEZ2、FHC2010、FHC2137、FHC2412、FHC2611和PEZ20等12个STR基因座的建立的荧光复合扩增体系,对收到的检材:被攻击者裤子上的唾液斑痕、肇事犬只毛囊样本,以及嫌疑犬只的血液样本进行DNA检测。经DNA图谱比对,嫌疑犬只的血液样本DNA与现场提取到的毛发、唾液斑痕扩增的DNA图谱几乎完全一致,其偶合概率(PM)为4.2×1-19,似然比率(LR)为2.38×1018,可以认定该嫌疑犬只就是肇事(咬人)犬,为维护受害者权益提供了理论依据。
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全文目录
摘要 6-8ABSTRACT 8-11第一部分 文献综述 11-33 第一章 综述 11-33 1 我国犬资源现状和存在问题 11-14 1.1 犬在系统分类学中的地位和起源 11 1.2 犬的分类 11-12 1.3 我国犬资源现状 12-13 1.4 警用工作犬资源存在的问题 13 1.5 国外犬品种资源研究现状 13-14 2 遗传标记 14-18 2.1 遗传标记概述 14-15 2.2 微卫星 15-18 3 微卫星技术在犬遗传育种中的应用 18-29 3.1 犬基因组图谱的构建 18-19 3.2 功能基因的标记辅助选择及QTL定位 19-20 3.3 遗传疾病的诊断和连锁分析 20-21 3.4 群体结构及遗传关系分析 21-22 3.5 犬亲权鉴定和个体识别 22-27 3.6 构建犬DNA数据库 27-29 参考文献 29-33第二部分 试验研究 33-73 第二章 12个STR基因座在四个品种犬中的遗传多样性分析 33-68 1 材料与方法 33-40 1.1 试验动物与样本采集 33-34 1.2 主要仪器设备 34-35 1.3 主要药品和试剂 35 1.4 溶液配制 35-37 1.5 样本DNA提取与纯化及质量鉴定 37-38 1.6 荧光标记复合扩增 38-39 1.7 PCR产物毛细管电泳检测与基因座等位基因分型 39-40 1.8 数据统计分析 40 2 结果 40-60 2.1 部分DNA样本扩增电泳图 40-44 2.2 12个STR基因座遗传学应用分析 44-54 2.3 品种内的遗传差异 54-58 2.4 群体遗传分化和基因流 58-60 3 讨论 60-65 3.1 荧光标记复合扩增电泳基因分型图谱 60-61 3.2 四个品种犬群的遗传多样性 61-64 3.2.1 群体内的遗传变异 61-62 3.2.2 群体间的遗传变异 62-64 3.3 个体识别和亲权关系主要指数分析 64-65 4. 小结 65-66 参考文献 66-68 第三章 应用12个STR基因座确定咬人嫌疑犬只身份案件一例 68-73 1. 案件简介 68 2. 检材和检测方法 68-70 2.1 检材 68-69 2.2 试剂及仪器 69 2.3 基因组DNA提取 69 2.4 DNA样品质量鉴定 69 2.5 模板DNA稀释 69 2.6 荧光标记复合PCR扩增 69 2.7 PCR扩增产物电泳检测与基因座等位基因分型 69 2.8 偶合概率和似然比率的计算 69-70 3. 结果 70-71 4. 讨论 71-72 参考文献 72-73全文总结 73-74攻读硕士学位期间发表的学术论文目录 74-75致谢 75
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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 犬
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