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青岛近海域噬藻体g20基因多样性的研究

作　者: 闫群
导　师: 汪岷
学　校: 中国海洋大学
专　业: 遗传学
关键词: 噬藻体 多样性 RFLP 青岛近海
分类号: Q933
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


噬藻体是一类感染原绿球藻、聚球藻以及其它单细胞蓝细菌的病毒。噬藻体广泛分布于各类海洋生态系统中,是海洋微生物群落的重要组成部分,在维持海洋生态系统的稳定,调控海洋生物生产量和碳氮循环,影响蓝细菌的结构演替以及防止藻类污染等方面都起到了非常重要的作用。研究噬藻体在不同海域、不同环境中的遗传多样性有助于我们探索噬藻体的分布规律及其生态地位,为进一步探讨人类活动和环境污染对其多样性的影响奠定基础,也为环境评价提供数据参考和理论依据。噬藻体是海洋生态系统中多样性极其丰富的一类生物群体。研究者们利用g20基因陆续对南大洋、太平洋东岸、北冰洋和大西洋北部海域中噬藻体的多样性进行了研究,并取得了丰硕的成果,而对于太平洋西岸海域中噬藻体多样性的情况尚未有涉猎。在我国噬藻体的研究主要集中在淡水噬藻体的分离、全基因组的测序等方面,未有对海洋噬藻体多样性方面的研究报道。本文首次报道了位于太平洋西岸的青岛近海海域中噬藻体的种群组成及其亲缘关系,填补了我国海洋噬藻体遗传多样性研究的空白。青岛近海(35-36.8°N,119-121.6°E)位于西太平洋的边缘,全部为大陆架所占的浅海,是我国海洋研究的重点区域之一。本文采用RFLP技术对随机挑取的600个阳性克隆进行分析,获得了16个海洋噬藻体的g20基因型,其多样性介于其它海域之间,这表明青岛近海海域中噬藻体的遗传多样性较为丰富。通过对获得的序列进行系统树构建和遗传学分析将其分为两簇。一簇与ClusterⅢ聚为一团,该簇代表宿主为聚球藻WH7803和类似WH7803的裂解性噬藻体,并广泛分布于各类不同的海洋生态系统中。该簇中的6条序列与P77的核苷酸序列相似度高达97%。另一簇是一簇新颖的噬藻体,该簇噬藻体是在青岛近海中首次发现的,将其命名为Cluster W。该簇序列以100%的置信值聚在一起,但未能与其它的噬藻体序列聚类,并且与邻近簇的遗传学距离相差较大,其确切的分类地位需要进一步研究确定,极富研究价值。

全文目录


摘要  5-7
Abstract  7-11
第一章 海洋噬藻体遗传多样性的研究概况  11-31
  1 噬藻体的分类  13-16
    1.1 肌尾科噬藻体(Cyanomyovirus)  15
    1.2 长尾科噬藻体(Cyanostylovirus)  15-16
    1.3 短尾科噬藻体(Cyanopodovirus)  16
  2 影响噬藻体遗传多样性的因素  16-19
    2.1 噬藻体自身的遗传变异与基因漂移  16-17
    2.2 宿主  17-18
    2.3 空间分布  18
    2.4 季节  18-19
    2.5 盐度等其它环境因素  19
  3 噬藻体遗传多样性研究常用的靶基因  19-24
    3.1 g20基因  20-21
    3.2 光合基因  21-22
    3.3 DNA聚合酶基因  22-23
    3.4 MazG基因  23
    3.5 g91基因  23-24
  4 噬藻体遗传多样性的研究方法  24-29
    4.1 RFLP技术  24-26
    4.2 DGGE技术  26
    4.3 PFGE技术  26-27
    4.4 FISH技术  27-28
    4.5 宏基因组学  28-29
  5 结语  29-31
第二章 青岛近海海域噬藻体g20基因多样性的研究  31-48
  1 材料和方法  32-36
    1.1 试剂与仪器  32-33
      1.1.1 试剂  32-33
      1.1.2 仪器  33
    1.2 方法  33-36
      1.2.1 样品的采集及浓缩  33-34
      1.2.2 DNA的提取  34
      1.2.3 目的片段的扩增和PCR产物的纯化  34
      1.2.4 克隆文库的构建与阳性克隆的筛选  34-35
      1.2.5 RFLP分析和测序  35
      1.2.6 系统树的构建  35-36
  2 实验结果  36-41
    2.1 病毒的浓缩和DNA的提取  36
    2.2 目的片段的扩增  36-37
    2.3 克隆文库的构建和筛选  37-38
    2.4 RFLP分析和测序  38-39
    2.5 系统树的构建  39-41
  3 讨论  41-47
  4 小结  47-48
参考文献  48-54
致谢  54-55
附录  55

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中图分类: > 生物科学 > 微生物学 > 微生物遗传学
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