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猪MKK6、AKT2基因的克隆、SNP检测及与生产性状的关联分析

作　者: 胡敏
导　师: 熊远著
学　校: 华中农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 猪 MKK6 AKT2 多态性组织表达谱
分类号: S828
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
下　载: 95次
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内容摘要

传统的育种与分子育种相结合已经成为现在家畜育种的主要方法之一。寻找与重要经济性状相关的主效基因和分子标记是进行分子育种的基础。根据肌肉发育调控网络,生理生化知识,和人、鼠等生物种已经取得的研究结果,选取了MKK6和AKT2基因作为影响猪肌肉品质性状的候选基因。利用比较基因组和电子克隆的方法,分离鉴定了猪MKK6和AKT2基因。利用半定量RT-PCR方法对目的基因进行了组织表达谱的研究;利用直接测序法对所分离的片段进行多态性分析;并在大梅F₂资源家系中进行了性状关联分析。研究结果如下:1.MKK6基因（1）获得了猪MKK6基因获得了包括CDS在内1516bp的cDNA序列。ORF为1005bp,编码334个氨基酸。与人91%同源与小鼠90%同源。获得了第3、8内含子序列。（2）对所获得的序列进行了多态性检测,建立了MKK6基因第8内含子667bp处的PCR-FspBI-RFLP分型技术。（3）遗传标记与重要经济性状的关联分析结果表明该位点的不同基因型组合间的肥肉率、瘦肉率、瘦肥肉比例、眼肌面积存在显著差异。AA基因型的肥肉率显著高于AB基因型（p＜0.05）。AA基因型的瘦肉率极显著低于BB基因型（p＜0.01）。AA基因型的瘦肥肉比例显著低于BB基因型（p＜0.05）。AA基因型的眼肌面积显著低于BB基因型（p＜0.05）。（4）通过半定量RT-PCR的方法分析了MKK6基因在四月龄梅山的肝脏、子宫、卵巢、肺、胃、心、小肠、肾脏、脂肪、脾、肌肉等十一个组织中的表达情况。MKK6基因在肌肉中表达量最高,在心脏和肾中也有表达,在其余组织中均不表达。2.AKT2基因（1）获得了猪AKT2基因获得了包括CDS在内1589bp的cDNA序列。ORF为1344bp,编码447个氨基酸,CDS序列与人93%同源,与鼠92%同源。获得了第5、7内含子序列。（2）对所获得的序列进行了多态性检测,建立了AKT2基因第10内含子348bp处的PCR-SacI-RFLP分型技术。（3）遗传标记与重要经济性状的关联分析结果表明位点的不同基因型组合间的肩部最厚处膘厚,肌肉PH值（BF）,系水率（LD）,水分（LD）存在显著差异。AA基因型肩部最厚处膘厚显著低于BB基因型（p＜0.05）。AB基因型的肌肉PH值（BF）显著高于BB基因型（p＜0.05）。AA基因型的系水率（LD）显著高于AB基因型（p＜0.05）。AB基因型的水分（LD）显著高于BB基因型（p＜0.05）。（4）通过半定量RT-PCR的方法分析了AKT2基因在四月龄梅山的肝脏、子宫、卵巢、肺、胃、心、小肠、肾脏、脂肪、脾、肌肉等十一个组织中的表达情况。AKT2基因在肌肉、子宫、心脏中表达量最高,在肝和肾中也有表达,在其余组织中均不表达。

全文目录

摘要  7-9
Abstract  9-11
缩略词表  11-13
第一章文献综述  13-23
  1 前言  13-14
  2 候选基因法在猪分子育种中的应用  14-16
    2.1 候选基因法  14-15
    2.2 影响猪肉质性状重要候选基因  15-16
  3 拟分离基因的研究现状  16-18
    3.1 MKK6在p38MAPK通路中的作用及其研究现状  16-17
    3.2 AKT2基因的研究现状  17-18
  4 单核苷酸多态性(SNP)的研究现状  18-20
    4.1 SNP的概念  18
    4.2 SNP的特点  18-19
    4.3 SNP的检测方法  19
    4.4 SNP在猪育种中的应用  19-20
  5 利用EST克隆新基因的基因克隆策略  20-23
    5.1 EST概述  20-21
    5.2 电子克隆的方法  21-23
第二章研究的目的和意义  23-24
第三章材料和方法  24-32
  1 实验材料  24-26
    1.1 试验样品和性状测定  24
    1.2 主要仪器和设备  24
    1.3 主要药品及试剂  24-25
    1.4 缓冲液和常用试剂的配制  25-26
  2 总RNA的提取及利用RT-PCR方法扩增cDNA  26-29
    2.1 总RNA的提取  26-27
    2.2 RNA的反转录(Reverse transcription,RT)  27
    2.3 猪基因组DNA的提取  27-28
    2.4 PCR产物的回收、纯化和克隆测序  28-29
  3 DNA序列的生物信息学分析  29-32
    3.1 引物设计  29-30
    3.2 PCR扩增条件  30-31
    3.3 PCR- RFLP方法检测猪MKK6和AKT2基因的多态性  31-32
第四章结果  32-40
  1 猪基因组DNA以及总RNA的提取与质量检测结果  32
  2 猪MKK6基因研究的相关结果  32-36
    2.1 猪MKK6基因序列的克隆和鉴定结果  32-33
    2.2 猪MKK6基因组织表达谱研究结果  33-34
    2.3 猪MKK6基因的SNP检测与多态分布  34
    2.4 FspBI-PCR-RFLP多态性在大白猪和梅山猪中的多态分布情况  34
    2.5 MKK6基因FspBI-PCR-RFLP多态性与主要生产性状的关联分析  34-36
  3 猪AKT2基因研究的相关结果  36-40
    3.1 猪AKT2基因序列的克隆和鉴定结果  36-37
    3.2 猪AKT2基因组织表达谱研究结果  37
    3.3 猪AKT2基因的SNP检测与多态分布  37-38
    3.4 SacI-PCR-RFLP多态性在大白猪和梅山猪中的多态分布情况  38
    3.5 AKT2基因SacI-PCR-RFLP多态性与主要生产性状的关联分析  38-40
第五章讨论  40-44
  1.关于候选基因的选择  40-41
  2 基因组结构的分析  41
  3.关于SNPs的检测  41-42
  4 关于基因与部分经济性状的关联分析  42-43
  5 关于MKK6、AKT2基因的组织表达谱  43
  6.下一步工作  43-44
第六章小结  44-45
参考文献  45-50
致谢  50

猪MKK6、AKT2基因的克隆、SNP检测及与生产性状的关联分析

内容摘要

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