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京海黄鸡IGF-I基因多态性与生产性能的关系及其遗传规律的研究

作　者: 王慧华
导　师: 王金玉
学　校: 扬州大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 京海黄鸡 IGF-I基因 PCR-RFLP PCR-SSCP 遗传多样性
分类号: S831
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


本研究以鸡IGF-I基因作为影响鸡生长性能和产蛋性能的候选基因,采用测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了该基因5’UTR核苷酸序列的变异,并研究IGF-I基因对京海黄鸡的生长性状的影响;对所发现的基因在京海黄鸡连续3个世代的遗传特性进行了研究,探讨多态性与生长性状的关系,挖掘新的有利于经济性状的基因座位,以及选育过程对IGF-I基因在世代间传递的影响。利用优良基因,最终通过标记辅助选择可以加速经济性状的改良速度和新品种的培育进程,从而为我国鸡的标记辅助选择提供新的有效的分子标记,积累有价值的参考资料。本论文得到的结论如下:利用测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了该基因5’UTR核苷酸序列的变异,共发现8个多态位点,其中7个SNP多态位点,一个小片段GAAAA的插入。7个SNP中5个为GA突变,一个CT突变,均为转换,一个AC突变属于颠换。按其所在DNA序列位置将突变位点命名分别为:G49754A、G49778A、G49824A、A49944C、G49961A、G50034A、DelGAAAA50077以及C50180T。G49754A、G49778A和G50034A位置突变分别导致Tru1I和TaiI和PstI酶切位点发生改变,并发现PstI酶切位点与Nagaraja等发现的PstI酶切位点为同一酶切位点。Tru1I和TaiI酶切结果及SSCP结果均显示G49754A和G49778A位点完全连锁,实验中将G49754A和G49778A位点看做一个位点记为G49754A/G49778A位点。PstI酶切时发现DelGAAAA50077位点的N等位基因总是与G50034A位点A等位基因同时出现,说明在京海黄鸡中G50034A位点的A等位基因和DelGAAAA50077位点的N等位基因可能为连锁。本文研究了京海黄鸡、尤溪麻鸡以及AA鸡中G49754A/G49778A、G50034A和DelGAAAA50077位点的基因型,表明外来鸡种AA鸡未检测到突变;G49754A/G49778A和G50034A位点在京海黄鸡和尤溪麻鸡中均以杂合型居多;DelGAAAA50077位点只有京海黄鸡中检测到。连锁不平衡分析结果显示京海黄鸡中G49754A与G49778A为完美连锁不平衡,G50034A与DelGAAAA50077位点间具有很强连锁不平衡,G49754A/G49778A与G50034A位点间达到了较强的连锁不平衡关系;G49754A/G49778A和DelGAAAA50077位点之间连锁不平衡则较弱。京海黄鸡中G49754A/G49778A、G50034A和DelGAAAA50077位点理论上应有8种单倍型组合,实际检测出有效单倍型(P>0.03)只有4种,其中又以AAGN、GGAN单倍型组合为主。通过IGF-I基因G49754A/G49778A、G50034A和DelGAAAA50077位点各基因型与产蛋性状的相关性分析发现,3个多态位点与300日龄产蛋数和平均蛋重均无显著影响(P>0.05)。与生长性状的相关性分析发现,G49754A/G49778A位点对初生重有显著差异外,对4、8周龄体重均无影响,12、16周龄以及300日龄体重中AA/AA基因型均大于其他基因型,可以推断在12周龄之后增重中A/A等位基因为优势基因。G50034A位点对初生重、4、8周龄体重均无影响, 12、16周龄以及300日龄体重中GG型均大于其他基因型,可以推断在12周龄之后增重中G等位基因为优势基因。DelGAAAA50077位点对初生重、4、8、12、16周龄以及300日龄体重中DD型均小于NN型和ND型,且NN型16周龄体重显著大于DD型。本文研究了G49754A/G49778A、G50034A、DelGAAAA50077、InsAA56493和G95852A位点(后2个位点为实验室之前发现的突变位点)连续3个世代的遗传规律,结果表明G49754A/G49778A、G50034A和G95852A位点基因型频率呈规律性变化。G49754A/G49778A位点AA/AA型频率由7世代0.234到9世代0.393,AA等位基因由7世代0.493增加到9世代0.628;G50034A位点的AA基因型频率由7世代0.291增加到9世代0.325,A等位基因在7世代的0.541增加到9世代0.573;G95852A位点GG型频率由7世代的0.110到9世代的0.308,G等位基因频率随着世代的增加由7世代0.344增加到9世代0.547。独立性检验表明:G49754A/G49778A、G50034A、InsAA56493和G95852A这3个位点3个世代之间基因型分布不是独立的,基因型频率分布与世代有关,而DelGAAAA50077位点基因型与世代变化无关。遗传多态性指标显示G49754A/G49778A、G50034A和G95852A位点出现规律性变化,而DelGAAAA50077、InsAA56493位点都未出现规律性变化。

全文目录


中文摘要  8-11
ABSTRACT  11-14
第一章 文献综述  14-22
  1 研究背景  14-21
    1.1 IGF-I 的发现  14-15
    1.2 鸡IGF-I 基因的结构和定位  15-16
    1.3 IGF-I 对家禽生长发育的调控  16-17
    1.4 鸡IGF-I 的生物学功能  17-18
      1.4.1 IGF-I 与生长发育  17
      1.4.2 IGF-I 与骨骼生长  17-18
      1.4.3 IGF-I 与肉品质  18
      1.4.4 IGF-I 与产蛋性能  18
    1.5 鸡IGF-I 基因的遗传多样性  18-21
      1.5.1 IGF-I 基因的多态性与生长性状的相关性  18-19
      1.5.2 IGF-I 基因的多态性与屠宰性状的相关性  19-20
      1.5.3 IGF-I 基因的多态性与产蛋性状的相关性  20-21
  2 京海黄鸡  21-22
第二章 鸡IGF-I 基因5'非编码区多态位点的研究  22-44
  1 实验目的  22
  2 实验材料  22-23
    2.1 试验鸡来源  22
    2.2 主要仪器与设备  22
    2.3 主要试剂  22-23
  3 试验方法  23-26
    3.1 引物设计  23
    3.2 禽血DNA 的提取步骤  23-24
    3.3 DNA 浓度和纯度的检测  24
    3.4 DNA 池构建  24
    3.5 PCR 扩增  24-25
    3.6 制胶及染胶  25
    3.7 PCR-SSCP 分析  25
    3.8 PCR-RFLP 分析  25-26
  4 数据处理  26-27
    4.1 序列比对以及酶切位点的寻找  26
    4.2 突变前后转录因子结合位点的预测  26
    4.3 基因频率和基因型频率的计算  26
    4.4 Hardy-Weinberg 平衡状态的检验  26-27
  5 结果与分析  27-38
    5.1 DNA 抽提结果  27
    5.2 PCR 扩增结果  27-28
    5.3 池DNA 测序结果  28-30
    5.4 酶切位点的发现  30
    5.5 PCR-RFLP 结果  30-32
    5.6 PCR-SSCP 结果  32-33
    5.7 PCR-SSCP 测序结果  33-34
    5.8 转录因子预测  34-36
    5.9 不同鸡品种基因频率和基因型频率  36-38
  6 讨论  38-44
    6.1 突变位点的发现和命名  38-39
    6.2 PCR-SSCP 及PCR-RFLP 位点的发现  39-41
    6.3 转录因子的预测  41-42
    6.4 不同鸡品种IGF-I 基因的分布  42-44
第三章 京海黄鸡IGF-I 基因多态性与生产性能的相关性研究  44-54
  1 实验目的  44
  2 实验材料  44-45
    2.1 试验动物及生产性能测定  44-45
    2.2 基因组DNA 提取(同第二章)  45
  3 实验方法  45
    3.1 引物设计  45
    3.2 PCR 扩增(同第二章)  45
    3.3 PCR-SSCP、PCR-RFLP 分析  45
  4 数据处理  45-46
    4.1 连锁不平横检验及单倍型分析  45
    4.2 基因型与生产性状的相关分析  45-46
  5 结果与分析  46-50
    5.1 连锁不平衡检验及单倍型分析结果  46-48
      5.1.1 连锁不平衡分析  46-47
      5.1.2 单倍型分析  47-48
    5.2 IGF-I 基因多态性位点与生产性能的关系  48-50
  6 讨论  50-54
    6.1 连锁不平衡检验及单倍型分析  50-51
    6.2 IGF-I 与生产性能的影响  51-54
第四章 京海黄鸡连续三个世代IGF-I 基因遗传规律研究  54-66
  1 实验目的  54
  2 实验材料  54
    2.1 试验动物  54
    2.2 基因组DNA 提取(同第二章)  54
  3 实验方法  54-56
    3.1 引物设计  54-55
    3.2 PCR 扩增(同第二章)  55
    3.3 SSCP 以及RFLP 分析  55-56
  4 数据处理  56-57
    4.1 基因频率和基因型频率(同第二章)  56
    4.2 Hardy-weinberg 平衡状态的检验(同第二章)  56
    4.3 独立性检验  56-57
    4.4 遗传多态性参数分析  57
  5 结果与分析  57-64
    5.1 基因频率和基因型频率  57-61
    5.2 独立性检验  61-62
    5.3 遗传特性分析  62-64
  6 讨论  64-66
总结论  66-68
参考文献  68-76
致谢  76-77
攻读硕士学位期间发表的论文  77

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家禽 > 鸡
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