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江西斑点叉尾鮰养殖种群遗传多样性及其分子检测

作　者: 毕承武
导　师: 朱学春；胡成钰
学　校: 南昌大学
专　业: 动物学
关键词: 斑点叉尾鮰 遗传多样性 AFLP 分子检测
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
下　载: 12次
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内容摘要


采集江西省斑点叉尾鮰4个养殖群体共72个个体,利用AFLP技术研究斑点叉尾鮰种群遗传多样性,并对主要的多态性片段进行克隆和测序及其同源性分析。研究成果和结论如下：1.从64对EcoRⅠ+3/MseⅠ+3引物组合中,筛选到条带清晰、多态性好的组合20对,其中多态性信息含量高的4对引物组合共扩增出179个位点,多态性位点数为109,占总数的60.89%。引物组E4/M7最好,多态性百分比为66.67%。2.江西省斑点叉尾鮰4个养殖群体的遗传分化系数为0.1314,表明4个群体间发生了一定程度的遗传分化。4个群体的Shannon多样性指数基本相同,平均值为0.2910,说明遗传变异主要发生在群体内。AMOVA分析显示,群体的遗传变异90.98%来源于群体内的个体间,9.02%来源于4个群体间。聚类分析表明,四个群体所产生的遗传分化主要来源于种群内。3.江西省不同养殖场的斑点叉尾鮰分化不够明显,只是由1个大的群体分成若干小群体而已。4.对多态性片段进行克隆和测序,在NCBI上共提交14个序列,大小在56-248 bp,并获得序列号。这些序列与免疫和自身保护相关的基因、生长发育相关的基因、能量与信号传导相关的基因和蛋白合成相关的基因等有关。综合分析得出,多态性序列JXE3M8aflp4和JXE3M8aflp6可确定为优良性状的分子标记。

全文目录


摘要  3-4
ABSTRACT  4-9
第1章 引言  9-21
  1.1 斑点叉尾鮰概况  9-12
    1.1.1 斑点叉尾鮰养殖及其应用状况  9-10
    1.1.2 斑点叉尾鮰种质资源状况  10-11
    1.1.3 斑点叉尾鮰目前存在问题  11-12
  1.2 遗传多样性的研究  12-17
    1.2.1 遗传多样性的研究意义  13
    1.2.2 遗传多样性的研究方法  13-16
    1.2.3 斑点叉尾鮰遗传多样性研究状况  16-17
  1.3 AFLP在动物学研究中的应用  17-20
    1.3.1 遗传连锁图谱的构建  17-18
    1.3.2 遗传多样性的分析  18-19
    1.3.3 种质和性别的鉴定分析  19-20
    1.3.4 基因方面的研究  20
  1.4 本研究的目的和意义  20-21
第2章 斑点叉尾鮰基因组DNA的提取与检测  21-27
  2.1 实验材料  21
    2.1.1 斑点叉尾鮰(4个养殖群体)  21
    2.1.2 主要试剂和试剂盒  21
  2.2 主要仪器和设备  21-22
  2.3 实验方法  22-24
    2.3.1 相关试剂的配制  22
    2.3.2 斑点叉尾鮰取样  22
    2.3.3 斑点叉尾鮰尾静脉取血  22-23
    2.3.4 斑点叉尾鮰基因组DNA的提取  23-24
    2.3.5 斑点叉尾鮰基因组DNA的检测  24
  2.4 结果与分析  24-27
    2.4.1 斑点叉尾鮰血液质量分析  24-25
    2.4.2 基因组DNA提取方法分析  25
    2.4.3 斑点叉尾鮰基因组DAN质量分析  25-27
第3章 AFLP分析江西斑点叉尾鮰养殖群体遗传多样性  27-41
  3.1 实验材料  27-28
  3.2 主要仪器和设备  28
  3.3 实验方法  28-34
    3.3.1 酶切  29
    3.3.2 人工接头的连接  29-30
    3.3.3 预扩增  30-31
    3.3.4 选择性扩增  31-32
    3.3.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染  32-33
    3.3.6 数据分析  33-34
  3.4 结果与分析  34-39
    3.4.1 基因组DNA酶切结果  34-35
    3.4.2 选择性扩增结果  35
    3.4.3 引物筛选  35-36
    3.4.4 AFLP扩增条带统计  36-37
    3.4.5 种群的遗传结构和遗传多样性分析  37-38
    3.4.6 聚类分析  38-39
  3.5 江西省斑点叉尾鮰养殖群体遗传多样性总体分析  39-41
第4章 斑点叉尾鮰多态性DNA片段的分析  41-60
  4.1 实验材料  41
  4.2 主要仪器和设备  41
  4.3 实验方法  41-45
    4.3.1 聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染  41-42
    4.3.2 回收聚丙烯酰胺凝胶上的多态性条带  42
    4.3.3 二次PCR  42
    4.3.4 回收琼脂糖凝胶上的目的片段  42-43
    4.3.5 多态性片段的克隆  43-45
    4.3.6 多态性片段的测序  45
    4.3.7 多态性片段的序列分析  45
  4.4 结果与分析  45-52
    4.4.1 二次PCR的检测结果  45-46
    4.4.2 菌液PCR的检测结果  46
    4.4.3 多态性片段的测序结果  46-47
    4.4.4 多态性片段序列同源性分析  47-52
  4.5 斑点叉尾鮰多态性序列功能及其相关性状分析  52-58
    4.5.1 免疫和自身保护相关的基因  52-54
    4.5.2 转座子相关基因  54-55
    4.5.3 能量和信号传导相关基因  55-56
    4.5.4 生长发育相关基因  56-57
    4.5.5 蛋白质合成相关基因  57-58
    4.5.6 特殊序列和功能未知序列  58
  4.6 小结  58-60
第5章 结论与展望  60-61
  5.1 结论  60
  5.2 进一步工作的方向  60-61
致谢  61-62
参考文献  62-68

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中图分类: > 农业科学 > 水产、渔业 > 水产基础科学 > 水产生物学 > 水产动物学
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