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运用ISSR分子标记对腐食酪螨不同种群遗传多样性的研究

作　者: 许睿
导　师: 夏斌
学　校: 南昌大学
专　业: 动物学
关键词: ISSR 腐食酪螨 遗传多样性
分类号: Q953
类　型: 硕士论文
年　份: 2007年
下　载: 73次
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内容摘要


本研究采用ISSR分子标记探讨了江西省内不同种群的腐食酪螨遗传多样性及其种群遗传结构。主要研究内容及结果如下。（1）探索了提取腐食酪螨基因组DNA的最适条件：腐食酪螨个体数：100只；消化体系配方（250μL）：SDS（10％）40μL、蛋白酶K（10mg／mL）10μL、STE 200μL；消化温度：45℃。（2）腐食酪螨ISSR-PCR反应体系的优化。腐食酪螨ISSR-PCR的最佳反应体系：（25μL）Buffer 2.5 mM；Mg2+1.5 mM；dNTPs 0.2 mM；ISSR引物0.2μM；模板DNA 20 ng；Taq DNA聚合酶0.75U。（3）实验从40条ISSR引物中筛选了12条扩增稳定、条带清晰、多态性高能引物，分析了采集于赣州饲料（GZ-S）、九江饲料（JJ-S）、南昌饲料（NC-S）、南昌食用菌（NC-J）中4个腐食酪螨种群的遗传多样性情况。一共获得121条清晰条带，其中84条具有多态性，多态带百分率（PPB）达69.42％。在种群水平上，平均期望杂合度（He），Shannon指数（I）和多态带百分率分别为0.1576，0.2259，和36.57％；在物种水平上，平均期望杂合度（He），Shannon指数（I）和多态带百分率（PPB）分别为0.2839，0.4118和69.42％。九江饲料（JJ-S）种群相对其他三个种群遗传多样性较高（H=0.2175；I=0.3127；PPB=51.24％）。（4）遗传距离表和UPMGA系统发生树表明，各种群间的遗传距离（SD）在0.1005—0.1810之间，平均遗传距离为0.1435±0.0277，各种群间的遗传相似系数（SD）在0.8344—0.9044之间，平均遗传相似系数0.8666±0.0251，Nei′s遗传多样性分析表明种群间基因流水平较低（Gst=0.3496；Nm=0.9302）；分析其结果可看出：江西地区腐食酪螨种群发生了一定的分化，南昌腐食酪螨两种群亲缘关系最为紧密；九江种群与其他种群亲缘关系较远，说明地域限制因素对于系统分化以及基因交流的影响强于寄主因素的影响。

全文目录


摘要  3-4
ABSTRACT  4-8
第一章 前言  8-15
  1.1 DNA 分子标记方法在螨类研究上的应用  9
  1.2 ISSR 标记技术及其在动物遗传多样性研究中的应用  9-13
    1.2.1 评估种群遗传多样性  10-12
    1.2.2 品种和种质鉴定  12
    1.2.3 物种和种群亲缘关系研究  12-13
  1.3 课题研究目的、意义  13-15
第二章 材料与方法  15-25
  2.1 实验材料  15-16
    2.1.1 供试螨种  15
    2.1.2 种类鉴定  15
    2.1.3 粉螨饲养  15-16
  2.2 试剂和仪器  16-17
    2.2.1 试剂  16
    2.2.2 仪器  16-17
  2.3 实验方法  17-25
    2.3.1 腐食酪螨基因组 DNA 的提取与检测  17-19
    2.3.2 腐食酪螨 ISSR-PCR 扩增反应  19-22
    2.3.3 数据分析  22-23
    2.3.4 遗传多样性参数指标  23-25
第三章 结果与分析  25-44
  3.1 基因组 DNA 的提取  25-28
    3.1.1 蛋白酶 K、SDS 最适浓度的确定  25-26
    3.1.2 最适消化条件的确定  26-27
    3.1.3 最适宜样品数的确定  27-28
  3.2 ISSR 最佳反应体系的建立  28-33
    3.2.1 最佳模板 DNA 浓度的确定  29
    3.2.2 最佳 Mg~(2+) 浓度的确定  29-30
    3.2.3 最佳 dNTPs 浓度的确定  30-31
    3.2.4 最佳引物浓度的确定  31-32
    3.2.5 最佳 Taq DNA 聚合酶用量的确定  32-33
    3.2.6 最佳退火温度的确定  33
  3.3 ISSR 引物的筛选及扩增结果分析  33-36
    3.3.1 ISSR 引物的筛选  33-34
    3.3.2 ISSR 引物扩增结果  34-36
  3.4 遗传多样性分析  36-38
    3.4.1 物种水平上的遗传多样性  36-37
    3.4.2 各种群的遗传多样性特点  37-38
  3.5 种群分化关系及遗传结构  38-44
    3.5.1 腐食酪螨群体间遗传变异分析  38-39
    3.5.2 基于遗传距离的种群间系统发生树  39-44
第四章 小结与讨论  44-49
  4.1 粉螨基因组 DNA 提取方案建立  44
  4.2 粉螨 ISSR-PCR 系统优化  44-45
  4.3 种群遗传多样性  45-46
  4.4 种群遗传分化  46-47
  4.5 研究有待改进的地方与展望  47-49
致谢  49-50
参考文献  50-55
附录一  55-57
附录二  57-60
附录三  60-61
攻读学位期间的研究成果  61

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中图分类: > 生物科学 > 动物学 > 动物遗传学
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