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氟烷基因在中国地方猪种中的分布及其PCR产物序列多态性研究

作　者: 赵秀娟
导　师: 帅素容
学　校: 四川农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 猪氟烷基因 PCR-RFLP DNA序列多态性
分类号: S828.1
类　型: 硕士论文
年　份: 2003年
下　载: 130次
引　用: 5次
阅　读: 论文下载

内容摘要

氟烷基因是导致猪应激综合征、影响猪肉品质的一个主效基因。nn型个体表现对应激敏感，胴体出现较高频率的PSE肉，给养猪生产造成严重的经济损失。本实验采用PCR-RFLP技术检测了中国地方猪种成华猪、雅南猪、内江猪和太湖猪的氟烷基因型，并对氟烷基因PCR产物序列多态性进行了分析。 PCR-RFLP分析结果表明，所酶切的196个样品（成华猪36头，内江猪60头，太湖猪62头，雅南猪30头。）氟烷基因型均为NN。在本次研究中，总共测定了五个品种（四个地方猪种和一个外种猪）16个个体659bp氟烷基因PCR产物序列。将所测的16条序列与网上下载的5条序列结合起来进行分析，分析结果表明：在这21条序列中，共发现16个变异位点，根据这些变异位点界定出15种单倍型。在这些变异位点中，其中有三个为颠换，其余的为转换。在这些变异位点中，内江猪四个个体18662位碱基均为T，而其它品种则无此突变，T¹⁸⁶⁶²为内江猪品种特征。在其他品种内并未发现其他有品种特征的碱基突变。所测16条序列碱基组成相似。对这些序列进行分析，品种内的单倍型多样度和核苷酸多样度以及品种间的群体间平均核苷酸差异数（K）、群体间平均每位点核苷酸替代数（Dxy）、每位点净核苷酸替代数（Da）都较低。用双参数模型来计算各个品种内和品种间的遗传距离，也得到了类似的结论。氟烷基因PCR产物序列中445～579为外显子部分，仅仅发现同义突变。将所测的序列翻译为氨基酸后，没有发现有氨基酸变异。

全文目录

中文摘要  5-6
1 前言  6-12
  1.1 氟烷基因的作用机理  6
  1.2 氟烷基因连锁群  6-7
  1.3 氟烷基因定位  7
  1.4 氟烷基因(或RYR1／CRC基因)克隆和序列分析  7-8
  1.5 氟烷基因型的鉴别  8-10
    1.5.1 氟烷测定法  8
    1.5.2 血液遗传标记鉴定法  8
    1.5.3 DNA诊断法  8-10
      1.5.3.1 探针检测法  9
      1.5.3.2 PCR-RFLP法  9-10
  1.6 氟烷基因在各个猪种中的分布  10
  1.7 氟烷基因对生产性能的影响  10-12
    1.7.1 氟烷基因对生长性状的影响  10-11
    1.7.2 氟烷基因对繁殖性能的影响  11
    1.7.3 氟烷基因对胴体品质和肉质的影响  11-12
2 本研究的目的、意义  12
3 试验方案  12-18
  3.1 试验猪群  12-13
  3.2 所需仪器设备  13
  3.3 试剂及配制  13-15
  3.4 采样  15
  3.5 氟烷基因型的检测  15-17
    3.5.1 基因组DNA抽提  15
    3.5.2 氟烷基因PCR扩增  15-16
      3.5.2.1 氟烷基因PCR扩增体系  16
      3.5.2.2 PCR反应条件  16
      3.5.2.3 PCR产物的检测  16
    3.5.3 PCR扩增产物的RFLP分析及氟烷基因型判定  16-17
      3.5.3.1 酶切反应体系  16
      3.5.3.2 酶切电泳  16
      3.5.3.3 基因型判定  16-17
  3.6 氟烷基因PCR产物的序列分析  17-18
    3.6.1 测序品种及数量  17
    3.6.2 氟烷基因扩增产物的回收  17
    3.6.3 测序反应  17
    3.6.4 测序反应产物的纯化  17
    3.6.5 上样  17-18
    3.6.6 数据分析  18
4 实验结果与分析  18-26
  4.1 地方猪种氟烷基因型检测结果与分析  18-20
    4.1.1 基因组DNA抽提  18
    4.1.2 氟烷基因特异片段的PCR扩增  18-19
    4.1.3 Hal基因PCR-RFLP分析  19-20
  4.2 猪氟烷基因PCR产物序列分析结果  20-26
    4.2.1 氟烷基因PCR产物回收  20
    4.2.2 氟烷基因PCR产物序列多态性  20-25
      4.2.2.1 氟烷基因PCR产物序列  20-21
      4.2.2.2 猪氟烷基因PCR产物多态位点  21-22
      4.2.2.3 氟烷基因PCR产物序列间的转换(TS)、颠换(TV)、同义突变(Ks)与非同义突变(Ka)  22-23
      4.2.2.4 序列碱基组成  23
      4.2.2.5 氟烷基因PCR产物在各品种内和品种间的差异比较  23-24
      4.2.2.6 遗传距离  24-25
    4.2.3 猪氟烷基因659bp编码区的氨基酸序列  25-26
      4.2.3.1 猪氟烷基因659bpDNA区域的内含子与外显子的结构  25
      4.2.3.2 氨基酸序列的变异  25-26
5 讨论  26-31
  5.1 PCR试验条件的确定  26-28
    5.1.1 引物的设计与筛选  26-27
    5.1.2 DNA模板的要求  27
    5.1.3 引物模板比  27
    5.1.4 TaqDNA聚合酶  27
    5.1.5 PCR反应的缓冲液  27-28
  5.2 猪氟烷基因型的判定  28-29
  5.3 猪氟烷基因多态性  29-30
  5.4 氟烷基因多态性与PSS的关系  30
  5.5 序列分析中所需实验条件的确定  30-31
    5.5.1 PCR扩增产物特异性对测序质量的影响  30-31
    5.5.2 测序反应后反应模板的纯化  31
    5.5.3 测序反应模板用量对测序质量的影响  31
6 今后的研究与发展前景  31-32
7 结论  32-33
参考文献  33-38
英文摘要  38-39
致谢  39-40
附录: 猪氟烷基因PCR产物DNA序列  40-47

氟烷基因在中国地方猪种中的分布及其PCR产物序列多态性研究

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