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EB病毒相关胃癌基因表达谱的研究

作　者: 贾玉平
导　师: 罗兵
学　校: 青岛大学
专　业: 病原生物学
关键词: 表达谱芯片 EBV相关胃癌 EBV阴性胃癌 基因差异表达 肿瘤相关基因 microRNA real-time PCR
分类号: R735.2
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要


目的：①应用表达谱芯片技术检测分析EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系表达谱差异,筛选可能与EBV相关胃癌(EBVaGC)相关的差异表达基因。②选取EBVaGC与EBV阴性胃癌(EBVnGC)临床组织标本进行微小RNA155 (miR-155)定量检测,探讨其表达水平与EBV感染以及细胞差异表达基因的关系。方法：①TRIzol一步法提取4种胃癌细胞系(GT38, PT, SNU-719为EBV阳性细胞系；SGC7901为EBV阴性细胞系)总RNA并纯化,一步法合成cDNA第一链和第二链,利用荧光染料(Cy3)标记aaUTP,转录合成标记的cRN A,与安捷伦人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,计算机分析比较EBV阳性与阴性胃癌细胞系之间的表达谱差异。选取特定的差异表达基因,应用实时荧光RT-PCR验证芯片结果。②TRIzol法或RNeasy FFPE试剂盒提取EBVaGC与EBVnGC组织标本总RNA,采用实时荧光定量RT-PCR方法检测分析两种胃癌组织中miR-155的表达,分析其表达水平与胃癌各种临床指标的关系。③结合基因表达谱的研究,利用上海博豪生物芯片公司的SAS系统,对miR-155可能作用的差异基因进行分类,分析miR-155与EBV感染、细胞差异表达基因的关系。结果：①EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系比较,共有993条基因的表达存在明显差异,其中与肿瘤相关的基因涉及转录翻译、信号转导、黏附、细胞增生和凋亡以及免疫应答等多种生物学过程。选取6条差异表达基因进行验证,其表达趋势均与芯片结果一致。②EBVaGC和EBVnGC组织中miR-155扩增的△Ct值分别为6.71±1.94和6.15±1.31,统计学分析表明,两者间无显著性差异(t=0.207,P=0.837)。miR-155表达水平在性别、发病部位、病理分型和淋巴结转移的差异均无显著性差异(P值均>0.05),而在不同年龄组中miR-155表达水平有显著性差异(F=2.98,P=0.026),50-岁表达水平明显高于40-岁、60-岁(P=0.006,0.005),而其他年龄组之间差异无显著性。③EBV相关的差异表达基因中,miR-155可能的靶基因有36条,其中11条基因功能不详,其余25条基因中,与DNA结合功能相关的基因为主(12/25,48%),且全部为上调基因；其次为与蛋白质结合功能相关的基因,共7条基因(7/25,28%),有6条为上调基因,1条为下调基因；少数靶基因涉及分子跨膜转运、受体活化、基因的转录翻译以及细胞凋亡等功能。结论：①EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系两种细胞系基因表达存在明显差异,提示EBV感染可影响胃癌细胞相关基因的表达,进而在EBVaGC的发生、发展以及预后中发挥作用。②差异表达基因涉及多种生物学过程,提示EBVaGC的发生是多基因参与的过程,多基因变异的结果,分析这些差异表达基因有助于阐明EBV感染在EBVaGC发生发展中的作用机制以及与细胞基因表达间的内在关联,为进一步筛选EBVaGC特异性肿瘤标记物以及进行生物治疗提供理论依据。③EBV感染未显著影响胃癌组织中miR-155表达水平,推测可能与EBVaGC组织中EBV的特殊潜伏状态有关；miR-155在特定年龄的胃癌病人中表达水平较高,但其表达与性别、发病部位、.病理分型和淋巴结转移无关。④miR-155相关的差异表达基因中,多数涉及转录相关基因,说明在EBVaGC中,EBV和miR-155可能在调控细胞基因转录水平上发挥相互作用,为以后的研究提供了理论依据和研究方向。

全文目录


摘要  2-4
Abstract  4-7
引言  7-9
第一章 基因表达谱芯片在筛选EBVaGC肿瘤相关基因中的研究应用  9-35
  摘要  9-11
  材料和方法  11-18
  结果  18-28
  讨论  28-30
  小结  30-31
  参考文献  31-35
第二章 EBV相关胃癌组织中microRNA-155的表达  35-52
  摘要  35-38
  材料和方法  38-42
  结果  42-47
  讨论  47-48
  小结  48-50
  参考文献  50-52
综述  52-66
  参考文献  62-66
攻读学位期间的研究成果  66-67
致谢  67-68

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中图分类: > 医药、卫生 > 肿瘤学 > 消化系肿瘤 > 胃肿瘤
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