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健康和溶藻弧菌感染条件下斜带石斑鱼消化道菌群结构的研究

作　者: 凌泽春
导　师: 叶继丹
学　校: 集美大学
专　业: 水产养殖
关键词: 斜带石斑鱼消化道菌群结构溶藻弧菌 DGGE
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

本文以斜带石斑鱼仔稚鱼、不同生长速度的两批幼鱼及溶藻弧菌感染后的斜带石斑鱼为研究对象,利用纯培养方法结合PCR/DGGE方法对石斑鱼消化道菌群结构进行研究,主要结果如下:1、斜带石斑鱼仔稚鱼消化道菌群结构的研究以斜带石斑鱼孵化后2 d(未开口)仔鱼、8 d(开口仔鱼)、22 d仔鱼、40 d稚鱼为研究对象,分析由孵化到稚鱼的不同生长阶段消化道菌群结构。结果表明,仔稚鱼消化道可培养细菌总数随着生长日龄的增加而逐渐递增,由4.0×102 CFU/尾增加到1.4×107 CFU/尾;2 d仔鱼分离到乳酸菌,未分离到弧菌;8 d、22 d仔鱼及40 d幼鱼均未分离到乳酸菌,22 d仔鱼、40 d幼鱼分离到弧菌;开口前后可培养细菌种类变化较大,种类由多到少。2 d、8 d、22 d仔鱼和40 d幼鱼可培养细菌种类分别为6种、3种、5种、10种;2 d、8 d及22 d仔鱼与进水口细菌种类有一定的相似,8 d仔鱼及22 d仔鱼与其饵料细菌种类有一定程度的相似。DGGE结果显示,2 d、8 d和22 d仔鱼消化道菌群DGGE图谱相似,仔鱼和40 d稚鱼消化道菌群DGGE图谱存在明显差异;仔鱼与养殖水体菌群DGGE图谱具有一定的相似性;22 d仔鱼与后期饵料轮虫菌群图谱相似性较高,8 d仔鱼与早期饵料牡蛎受精卵的相似性较低。2、不同生长速度斜带石斑鱼幼鱼消化道菌群结构的研究利用纯培养方法结合PCR/DGGE方法,分析不同生长速度70 d幼鱼消化道菌群结构。纯培养试验结果表明,生长速度慢的幼鱼消化道细菌总数(5.4×106 CFU/g)少于生长速度快的幼鱼消化道细菌总数(9.0×106 CFU/g),但生长速度慢的幼鱼消化道弧菌数量(6.0×105 CFU/g)明显多于生长速度快的幼鱼(3.4×105 CFU/g),生长速度慢的幼鱼消化道乳酸菌数量(1.5×105 CFU/g)也多于生长速度快的幼鱼消化道乳酸菌数量(6.0×104 CFU/g)。水样中分离到的细菌总数(5.4×105 CFU/ml)、弧菌数(2.2×103 CFU/ml)均少于幼鱼消化道;水样中未分离到乳酸菌。生长速度慢的幼鱼消化道中四种弧菌占细菌总数的12.3%,生长速度快的幼鱼消化道中仅两种弧菌,占细菌总数的比例降低到3.6%;生长速度慢的幼鱼消化道中假单胞菌所占细菌比例12.0%,生长速度快的幼鱼消化道中假单胞菌占细菌总数降低到5.6%。仅在生长速度快的幼鱼消化道分离到短小芽孢杆菌、克劳氏芽孢杆菌和嗜冷杆菌且数量占绝对优势。抑菌试验表明,短小芽孢杆菌、克劳氏芽孢杆菌和嗜冷杆菌对弧菌具有抑制生长作用。提示短小芽孢杆菌、克劳氏芽孢杆菌和嗜冷杆菌可能与石斑鱼的生长和健康有关。系统进化树结果表明,两组幼鱼消化道的17种细菌隶属于γ-变形杆菌纲,β-变形杆菌纲和芽孢杆菌纲。DGGE结果显示,生长速度慢的幼鱼消化道菌群多样性明显低于生长速度快的幼鱼消化道。割胶测序结果显示,生长速度快的幼鱼消化道优势菌隶属于不动杆菌属细菌(Acinetobacter baumannii)、结核杆菌(Mycobacterium tuberculosis)、脱硫肠球菌属细菌(Desulfotomaculum reducens)和Petrotoga mobilis;生长速度慢的幼鱼优势菌均隶属于不动杆菌属(Acinetobacter)。3、溶藻弧菌感染后斜带石斑鱼消化道菌群结构的研究溶藻弧菌感染后斜带石斑鱼消化道菌群分析结果显示,对照组胃(1.2×105 CFU/g )、前肠(5.1×106 CFU/g)和后肠(2.8×105 CFU/g)和实验组的胃(3.0×105 CFU/g)、前肠(3.1×106 CFU/g)、后肠(3.1×106 CFU/g)的细菌总数量相近;对照组石斑鱼胃和后肠细菌种类明显多于实验组石斑鱼胃和后肠,但对照组前肠细菌种类少于实验组前肠细菌种类。DGGE结果显示,对照组和实验组细菌多样性具有明显差异。斜带石斑鱼胃菌群结构在灌胃溶藻弧菌后第1 d到第3 d细菌多样性变化不大,但第4 d细菌种类明显减少,第5 d细菌种类则呈回升趋势;前肠细菌多样性分析显示,实验组第1 d和对照组有一定的相似性,实验组第3 d和第4 d相似性较高,细菌多样性明显减少;后肠细菌多样性分析显示,灌胃溶藻弧菌第1 d时,细菌种类较多,第4 d时,细菌多样性降到最低,对照组和实验组第1 d和第5 d相似性较高,实验组第3 d和第4 d相似性较高。割胶测序结果显示,Escherichia coli、Petrotoga mobilis和Vibrio furnissii三种菌在对照组和实验组5 d内的胃、前肠、后肠均检测到,实验组第4 d细菌可检出细菌种类很少,而Shewanella sp.和Vibrio fischeri泳带很强,为第4 d的优势菌。

全文目录

摘要  4-6
Abstract  6-12
第1章引言  12-19
  1.1 鱼类消化道菌群的研究现状  12-16
    1.1.1 消化道菌群的作用  12-13
    1.1.2 影响消化道菌群的因素  13-14
    1.1.3 消化道菌群的研究手段  14-15
    1.1.4 DGGE 技术在鱼类消化道微生态研究上的应用  15-16
  1.2 溶藻弧菌的致病性研究  16-17
    1.2.1 溶藻弧菌的致病机理  16-17
    1.2.2 溶藻弧菌引起的疾病  17
  1.3 本文研究目的及意义  17-19
第2章斜带石斑鱼仔稚鱼消化道菌群结构的研究  19-35
  2.1 材料与方法  19-23
    2.1.1 试验动物  19
    2.1.2 试验试剂  19-20
    2.1.3 试验仪器  20
    2.1.4 试验方法  20-23
  2.2 结果  23-32
    2.2.1 仔稚鱼消化道、水体和饵料细菌数量  23
    2.2.2 仔稚鱼消化道、水体和饵料细菌组成  23-29
    2.2.3 仔稚鱼体内细菌总DNA 的提取、PCR 扩增及DGGE 分析  29-32
  2.3 讨论  32-34
    2.3.1 斜带石斑鱼仔稚鱼消化道可培养细菌菌群结构分析  32-33
    2.3.2 斜带石斑鱼仔稚鱼消化道细菌多样性分析  33-34
  2.4 小结  34-35
第3章不同生长速度石斑鱼幼鱼消化道菌群结构研究  35-47
  3.1 材料与方法  35-37
    3.1.1 试验动物  35
    3.1.2 试验试剂  35
    3.1.3 试验仪器  35
    3.1.4 试验方法  35-37
  3.2 结果  37-45
    3.2.1 不同生长速度幼鱼消化道及养殖水体细菌数量  37
    3.2.2 不同生长速度幼鱼消化道和养殖水体的细菌组成  37-42
    3.2.3 体外抑菌试验  42
    3.2.4 细菌系统进化树分析  42
    3.2.5 细菌总DNA 的提取、PCR 扩增及DGGE 分析结果  42-45
  3.3 讨论  45-46
    3.3.1 不同生长速度斜带石斑鱼消化道可培养细菌菌群结构分析  45
    3.3.2 不同生长速度斜带石斑鱼消化道细菌DGGE 分析  45-46
  3.4 小结  46-47
第4章溶藻弧菌感染条件下石斑鱼消化道菌群结构的研究  47-62
  4.1 材料与方法  47-49
    4.1.1 试验动物  47
    4.1.2 试验试剂  47
    4.1.3 试验仪器  47-48
    4.1.4 试验方法  48-49
  4.2 结果  49-59
    4.2.1 灌胃组斜带石斑鱼消化道可培养细菌组成  49-53
    4.2.2 灌胃组斜带石斑鱼消化道内容物可培养细菌组成  53
    4.2.3 溶藻弧菌感染后斜带石斑鱼消化道细菌结构多样性  53-59
  4.3 讨论  59-61
    4.3.1 溶藻弧菌感染后可培养细菌菌群结构的分析  59-60
    4.3.2 DGGE 分析溶藻弧菌感染后斜带石斑鱼消化道菌群  60-61
    4.3.3 溶藻弧菌感染后斜带石斑鱼消化道可培养细菌和细菌群落结构多样性的结合分析  61
  4.4 小结  61-62
全文结论  62-63
致谢  63-64
参考文献  64-73
附录  73-76
在学期间发表的学术论文  76

健康和溶藻弧菌感染条件下斜带石斑鱼消化道菌群结构的研究

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