学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

中国9个地方山羊品种遗传多样性的微卫星分析

作　者: 樊睿
导　师: 罗军；刘丑生
学　校: 西北农林科技大学
专　业: 遗传学
关键词: 中国地方山羊品种 微卫星 遗传多样性 群体结构
分类号: S827
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
下　载: 37次
引　用: 1次
阅　读: 论文下载
 

内容摘要


本研究以9个中国地方山羊品种(河南牛腿、广丰、赣西、马头、宜昌白、湘东黑、福清、戴云和川东白山羊)和1个引进品种(波尔山羊)共计563个个体作为研究对象,采用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)联合推荐的16对微卫星引物,以ABI3100-Avant全自动基因序列分析仪为平台,结合荧光-多重PCR技术对10个山羊品种的遗传多样性进行分析研究,为我国地方山羊遗传资源的合理利用及保护提供依据,实验结果如下:1.16个微卫星位点在这10个品种中共检测到162个等位基因,其中15个微卫星位点的等位基因数大于4个,故采用15个微卫星位点进行分析。等位基因数目最多的是DRBP1,共检测到16个等位基因,ETH10和SRCRSP3检测到的最少,为6个等位基因。不同品种中相同微卫星位点的等位基因的分布规律不同。2.哈代-温伯格平衡检验结果显示:每一个品种在2-8个位点上偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05),15个微卫星位点中,只有DRBP1在所有的品种中偏离哈代-温伯格平衡。3.15个微卫星位点在10个山羊群体中,除了ETH10微卫星位点在福清山羊和戴云山羊两个品种中没有多态性,其他14个微卫星位点在9个地方品种和引进品种中均呈现多态性。10个山羊群体的多态信息含量(PIC)在0.4429-0.6442之间,观察杂合度的范围在0.3732-0.6442之间,期望杂合度的变化范围在0.5040-0.6890之间。4.F-统计检验结果显示:9个地方山羊品种在15个位点上的亚群体固定指数(Fis)的平均值为0.113,反映了9个山羊群体存在一定程度的近交。Fst的平均值为0.105,说明89.5%的遗传变异存在于品种内,而10.5%的遗传变异存在于品种间。群体间的基因流(Nm)在0.878-20.583之间变动。5.根据Nei氏标准遗传距离(DS)和DA遗传距离进行系统发生树的UPGMA法聚类和N-J法聚类,结果表明,图(DA,UPGMA)较为可靠。马头山羊和宜昌白山羊首先聚为一类,然后是川东白山羊加入,赣西山羊和湘东黑山羊作为一类加入,然后河南牛腿山羊和广丰山羊依次加入,福清山羊和戴云山羊聚在一起作为另一类加入。最后,9个地方山羊品种同波尔山羊聚在一起。6.用Structure软件对10个山羊品种的群体结构进行分析,可以将其分为4组。所得到的群体关系同聚类图得到的结果基本一致。

全文目录


摘要  5-6
ABSTRACT  6-10
第一章 文献综述  10-23
  1.1 畜禽遗传多样性的概念及意义  10
  1.2 世界畜禽遗传资源现状  10-11
  1.3 我国畜禽遗传资源现状  11
  1.4 家畜遗传资源的保护  11-12
  1.5 家畜遗传资源的评估方法  12-17
    1.5.1 形态学标记  12
    1.5.2 细胞学标记  12-13
    1.5.3 生物化学标记  13
    1.5.4 分子标记  13-17
  1.6 微卫星在绵、山羊上研究进展  17-19
    1.6.1 国内研究进展  17-18
    1.6.2 国外研究进展  18-19
  1.7 我国山羊品种的起源、分类和所选山羊品种的介绍  19-21
    1.7.1 我国山羊品种的起源  19
    1.7.2 我国山羊品种的分类  19
    1.7.3 所选山羊品种的介绍  19-21
  1.8 本研究的目的与意义  21-23
第二章 材料与方法  23-50
  2.1 试验材料  23
  2.2 试验方法  23-30
    2.2.1 微卫星引物的选择与分组  23-25
    2.2.2 试验仪器  25-26
    2.2.3 试验试剂  26-27
    2.2.4 山羊血样采集  27-28
    2.2.5 山羊基因组DNA 的提取  28
    2.2.6 PCR 反应  28-29
    2.2.7 电泳检测PCR 扩增结果  29
    2.2.8 用ABI3100 对微卫星DNA 多态进行分析  29-30
  2.3 数据统计  30-32
    2.3.1 群体内的遗传分析  30-31
    2.3.2 群体间的遗传分析  31-32
  2.4 使用软件  32-33
  2.5 结果与分析  33-50
    2.5.1 山羊基因组DNA 琼脂糖检测  33
    2.5.2 PCR 扩增产物的聚丙烯酰胺凝胶电泳银染检测  33
    2.5.3 ABI3100 遗传分析仪检测结果  33-36
    2.5.4 等位基因数目和频率  36-37
    2.5.5 稀有等位基因和频率  37-39
    2.5.6 哈代-温伯格平衡检验  39
    2.5.7 群体的有效等位基因数  39-40
    2.5.8 群体杂合度、多态信息含量  40-42
    2.5.9 群体间的F-统计检验和基因流  42-44
    2.5.10 10 个山羊品种的遗传距离与聚类结果  44-47
    2.5.11 山羊群体结构分析  47-50
第三章 讨论  50-55
  3.1 关于微卫星位点的选择和样本含量  50
  3.2 关于双重PCR 及微卫星位点判型的准确性  50-51
  3.3 关于稀有等位基因  51
  3.4 10 个山羊群体的遗传多样性  51-54
    3.4.1 山羊群体内的遗传多样性  51-52
    3.4.2 山羊群体间的相互关系  52-54
  3.5 聚类分析与遗传分化  54-55
第四章 结论  55-56
参考文献  56-62
致谢  62-63
个人简介  63

相似论文

  1. 夏季湖光岩玛珥湖浮游细菌和浮游活性菌遗传多样性的比较,Q938
  2. 利用AFLP标记对四个多鳞鱚群体的遗传结构分析,S917.4
  3. 湛江北部湾深水海域马氏珠母贝四种壳色选育系F5的生长速度、生长模型及其遗传多样性的SSR分析,S968.31
  4. 河南省小麦纹枯病菌致病力分化及遗传多样性研究,S435.121
  5. 21个荷花品种遗传多样性的ISSR分析,S682.32
  6. 中国玉米南方锈菌的分子遗传多样性和超微结构研究,S435.131.4
  7. 运用SRAP和SSR分子标记研究粉花石斛的遗传多样性和居群遗传结构,S567.239
  8. 铁皮石斛叶绿体微卫星的开发应用及其种间通用性研究,S567.239
  9. 夏南牛和皮南牛微卫星标记研究及生长发育模型的建立,S823
  10. 水葫芦对浮游动物群落及部分种群遗传结构的影响分析,X174
  11. 黄淮麦区禾谷孢囊线虫ITS分子特征及遗传多样性分析,S435.121
  12. 中国大豆地方品种群体的遗传结构和连锁不平衡特征及主要育种性状QTL的关联分析,S565.1
  13. 中国野生大豆的群体结构和连锁不平衡特点以及育种有关性状QTL的关联分析,S565.1
  14. 我国栽培大豆品种的遗传多样性分析与青籽粒性状QTL的关联定位,S565.1
  15. 菊属及其近缘属植物遗传多样性及亲缘关系初步研究,S682.11
  16. 利用DNA分子标记研究梨、樱桃种质资源遗传多样性,S661.2
  17. 新疆维吾尔族与哈萨克族人群17个Y-STR基因座遗传多态性研究,R394
  18. 棉铃虫种群的遗传多样性与基因流研究,S435.622.3
  19. 中国野生秋子梨群体特征及遗传多样性评价,S661.2
  20. 湖羊多羔性状的分子标记研究,S826
  21. 12个STR基因座在四个品种犬中的遗传多样性分析及其在个体识别中的应用,S829.2

中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 山羊
© 2012 www.xueweilunwen.com