学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

中国异蚤蝇属性二型DNA鉴定及系统发育关系研究

作　者: 申熙熙
导　师: 刘广纯
学　校: 沈阳大学
专　业: 动物学
关键词: 异蚤蝇性二型 DNA条码系统发育
分类号: Q963
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
下　载: 19次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载

内容摘要

异蚤蝇属是双翅目Diptera蚤蝇科Phoridae中最大的类群，体型较小，具典型性二型现象，超过60%为单性种类。在此基础上划分建立的属内阶元和分类系统存在较大争议，因此面临物种鉴定、雌雄配对与系统发育重建的难题。形态学上有效鉴别特征的缺乏导致传统分类方法无法完成这一任务，而依靠分子生物学和网络技术发展起来的DNA条形码技术，为解决异蚤蝇属内难题带来了新突破点。本研究针对传统分类学研究难点，应用DNA条形码技术拟解决异蚤蝇属物种鉴定、雌雄配对难题并对系统发育关系进行探讨。研究选取异蚤蝇属2亚属8组种类55种，COⅠ基因为分子标记，提取245个样品总DNA，扩增得到116条目的序列，GenBank下载16条。132条序列A、T、G、C平均含量分别为29.2%、39.0%、15.6%、16.2%，A+T含量明显高于G+C含量，具有线粒体基因的碱基偏好性。NJ树显示异蚤蝇属22种均以较高支持率聚为一支，其中包含18个二型种雌雄个体，说明应用线粒体基因COⅠ序列可以有效鉴定物种、对性二型蚤蝇的同种类个体雌雄进行配对。其中东亚异蚤蝇较高支持率聚为两支，且两分支个体间序列差异较大，说明该种类群内可能存在隐存分类单元或是不同物种气门的趋同进化导致鉴定存疑。脊尾和暗须异蚤蝇聚为一支，序列差异值小，这表明两物种间的亲缘关系近，有可能为近期分化种。基于线粒体基因COⅠ552bp序列构建了异蚤蝇属55个种类的DNA数据库，得到异蚤蝇属种内、种间序列差异标准。异蚤蝇属内228对种内差异，差异范围为0.00-4.88%，7032对种间序列差异，差异范围为3.36-23.77%。结果表明异蚤蝇属的种内、种间差异同其他类群相似，略偏大。MP树显示异蚤蝇属种类同外群交叉在一起，且属间序列差异范围同异蚤蝇属内种间平均差异比较有一定的重叠，从分子水平上支持了形态学结论：异蚤蝇属为并系。异蚤蝇属8组种类相互混合在一起，无明显按亚属、组聚为一支，相反却是形态上分为不同组的个体以较高支持率聚为一支，说明异蚤蝇属内8组的形态分类特征并不稳定，存在一定的交叉和重叠现象，将其分为8组也并非系统发育关系的真实体现。

全文目录

摘要  5-6
Abstract  6-9
1 绪论  9-19
  1.1 异蚤蝇属概述  9-13
    1.1.1 研究进展概况  9-10
    1.1.2 分类地位及系统发育关系  10-11
    1.1.3 当前研究中存在的问题  11-13
  1.2 DNA条形码概述  13-17
    1.2.1 DNA条形码的产生和原理  14
    1.2.2 分子标记的选择  14-15
    1.2.3 分析方法  15-16
    1.2.4 DNA条形码的优势  16-17
  1.3 DNA条形码在蚤蝇中的应用  17-18
    1.3.1 物种鉴定与雌雄配对  17
    1.3.2 探讨系统发育关系  17-18
  1.4 本论文研究的目的和意义  18-19
2 材料与方法  19-27
  2.1 实验总体思路  19-20
  2.2 实验材料与设备  20-21
    2.2.1 标本的采集与储存  20
    2.2.2 实验仪器与试剂  20-21
  2.3 实验方法  21-27
    2.3.1 总DNA的提取  21-22
    2.3.2 PCR扩增与检测  22-24
    2.3.3 序列测定  24
    2.3.4 实验数据处理  24-27
3 结果与分析  27-47
  3.1 PCR凝胶电泳结果  27
  3.2 数据分析  27-33
    3.2.1 序列位点分析  28
    3.2.2 碱基组成分析  28-33
    3.2.3 饱和度分析  33
  3.3 基于线粒体基因CO Ⅰ 552 bp序列邻接法构建NJ树  33-37
  3.4 基于线粒体基因CO Ⅰ 552 bp序列最大简约法构建MP树  37-41
  3.5 序列差异分析  41-47
    3.5.1 异蚤蝇属所有物种序列差异  42-43
    3.5.2 异蚤蝇属种内序列差异  43-44
    3.5.3 异蚤蝇属种间序列差异  44-46
    3.5.4 属间序列差异  46-47
4 讨论  47-53
  4.1 标本采集与保存问题  47
  4.2 分子实验中需要注意的问题  47
    4.2.1 总DNA提取  47
    4.2.2 PCR反应  47
  4.3 DNA条形码对异蚤蝇属种类的鉴定的有效性  47-48
  4.4 DNA条形码对雌雄配对的有效性  48-49
  4.5 异蚤蝇属昆虫种内种间序列差异标准  49-50
    4.5.1 种内差异标准  49
    4.5.2 种间差异标准  49-50
  4.6 几个物种界定问题  50-51
    4.6.1 种内差异大  50
    4.6.2 种间差异小  50-51
  4.7 异蚤蝇属系统发育关系的初步探讨  51-53
    4.7.1 异蚤蝇属的单系性  51-52
    4.7.2 异蚤蝇属内分亚属分组  52-53
5 结论  53-55
参考文献  55-61
附录  61-95
  附录A  61-67
  附录B  67-95
在学期间研究成果  95-97
致谢  97-98

中国异蚤蝇属性二型DNA鉴定及系统发育关系研究

内容摘要

全文目录

相似论文