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散发型嗜铬细胞瘤1号染色体拷贝数缺失的研究

作　者: 王栋
导　师: 李汉忠
学　校: 北京协和医学院
专　业: 泌尿外科
关键词: SNP芯片散发型嗜铬细胞瘤实时荧光定量PCR 全基因组DNA拷贝数异常
分类号: R736.6
类　型: 博士论文
年　份: 2012年
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内容摘要

目的：对散发型的嗜铬细胞瘤病例的全基因组DNA拷贝数异常(Copy number variations,CNVs)进行系统分析,在1号染色体上精确定位发生缺失的染色体片段，从而准确地获得与散发型嗜铬细胞瘤密切相关的染色体区域。为进一步寻找散发型嗜铬细胞瘤的易感基因奠定基础。方法：1、收集我院2010-9至2012-1临床诊断的的39例散发型嗜铬细胞瘤病例(包括肿瘤组织和全血中的白细胞),包括1例恶性病例。2、对每例的正常对照组织应用Soquenom MassArray时间飞行质谱生物芯片系统进行23个已知遗传性嗜铬细胞瘤点基因突变的检测。3、对已知点基因突变检测正常的散发型病例,选取14例,应用SNP6.0芯片扫描每一选取病例的肿瘤组织正照组织(外周血的白细胞)基因组,寻找不少于一半的的病例发生缺失的共同区域。应用Affymetrix公司提供的SNP6.0芯片操作流程及质控标准来监测实验过程。对于SNP6.0芯片的扫描数据,先进行信号值的提取和归纳,然后使用Birdseed模型对SNP6.0芯片的扫描数据进行初步降噪处理。同时对等位基因的特异信号进行提取和统计计算,再结合两者以归纳出基因分型的簇数据,进而求得每一个探针上的Log R Ration (LRR)数据,LRR足用来指示拷贝数的指标。通过对整张SNP芯片上探针荧光值的统计学整理和归纳,可以求出在拷贝数为2时探针的平均荧光值。芯片上每个探针(CNV探针)的荧光值与其进行比较后,可以推断出相应位点的拷贝数变化情况。这样就可以构建基于全基因组CN数据。对比分析来源于同一病例的肿瘤组织与正常组织(外周血白细胞)染色体变异情况(CNV),从而初步确定与散发型嗜铬细胞瘤；发生相关的主要染色体区域。4、然后,通过实时荧光定量PCR (Q-PCR)技术在剩余的散发型嗜铬细胞瘤病例中验证SNP6.0基因芯片确定的发生缺失的主要染色体片段。将Q-PCR中超过50%的染色体缺失区域作为散发型嗜铬细胞瘤的易感基因的热点区域。5、最后,通过借助UCSC数据库从这些缺失的染色体片段寻找与散发型嗜铬细胞瘤发生相关的可能基因。结果：1、39例中除1例为遗传型嗜铬细胞瘤外,其余38例均为散发型嗜铬细胞瘤。2、14例嗜铬细胞瘤中发生DNA缺失的染色体缺失的有13例,发生缺失的区域包括：…现缺夫的染色体包括1p、3q、17p、22q、11q。78.6%(11／14)的病例出现1号染色体短臂部分区域拷贝数的缺失,其中50%病例发生染色体缺失的区域为chrl：85592199-85598821,chrl：70877065-70905276,chrl：101491482-101552821。3、Q-PCR验证发现多数病例(75%)仍然在chrl：85592199-85598821和chrl：70877065-70905276区域发生缺失。4、缺失片段中发现的与散发型嗜铬细胞瘤可能相关的的基因共有133个。结论：1. SNP6.0芯片能够有效发现和精确定位散发型嗜铬细胞瘤全基因组DNA拷贝数的变化微小区域,可以精确定位染色体的缺失区域。2.多数散发型的嗜铬细胞瘤存在1号染色体部分片段的缺失,提示这些缺失的1号染色体DNA片段上可能存在与散发型嗜铬细胞瘤相关的易感基因。DNA发生缺失可能与散发型嗜铬细胞瘤的发生有关,可能是散发型嗜铬细胞瘤的发病基础。3、检测结果为进一步定位筛选和克隆与散发型嗜铬细胞瘤相关基因提供了重要的线索和理论信息。

全文目录

英文缩略语表对照表  5-6
摘要  6-8
Abstract  8-11
前言  11-16
  参考文献  14-16
材料与方法  16-33
  1. 实验设计  16-18
  2. 研究对象  18
  3. 实验材料和设备  18-21
    3.1 遗传性嗜铬细胞瘤已知点基因突变检测的实验设备  18
    3.2 Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6实验设备和试剂  18-20
    3.3 Q-PCR实验设备和软件  20-21
  4. 实验方法和过程  21-33
    4.1 DNA提取实验步骤  21-22
    4.2 遗传性嗜铬细胞瘤点基因突变的检测步骤  22-30
    4.3 SNP Array 6.0检测  30
    4.4 Q-PCR验证  30-33
    4.5 UCSC数据库分析及寻找相关的基因  33
结果  33-43
  1. DNA提取结果  33-34
  2. 已知遗传性嗜铬细胞瘤点基因突变的检测结果  34
  3. SNP芯片发现的染色体缺失区域  34-37
  4. Q-PCR结果  37-40
  5. 1号染色体短臂缺失区域包含的基因  40-43
讨论  43-50
结论  50-51
参考文献  51-53
个人简历  53-54
致谢  54

散发型嗜铬细胞瘤1号染色体拷贝数缺失的研究

内容摘要

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