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鸭TLR2基因多态性及其与免疫性能的相关研究

作　者: 马永升
导　师: 卢立志; 石放雄
学　校: 南京农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 鸭 免疫性状 TLR2基因 PCR-SSCP
分类号: S834
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
下　载: 9次
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内容摘要


本研究以鸭TLR2基因为候选基因,利用生物信息学方法,克隆了鸭TLR2(Toll like receptor2)基因的编码全序列,在群体范围内进行了PCR-SSCP分析,并对鸭TLR2单核苷酸多态性及其与部分免疫性能指标之间进行关联分析,筛选与鸭的早期免疫性状相关的分析标记,为鸭的分子标记辅助育种提供理论基础。一、鸭TLR2基因的克隆及其生物信息学分析本实验克隆得到的鸭TLR2基因编码全序列,全长2383bp,由一个开放阅读框组成,编码793个氨基酸,分子量为90416.6Da,等电点为7.08。鸭TLR2基因与人、牛、猪、老鼠和鸡TLR2基因序列的比对结果显示,鸭TLR2基因与鸡TLR2基因序列同源性最高为80.0%,人(63.5%)次之,顺次为猪(61.4%),鼠(60.0%)和牛(58.4%)。蛋白的2、3级结构预测显示,该序列内存在5次跨膜分子组成TLR超家族的基序。鸭推定TLR2蛋白的三维结构以人TLR2蛋白为模型,相似度为77.397%。二、鸭TLR2PCR-SSCP检测及其多态与免疫性能的关联分析试验采用PCR-SSCP的方法对所克隆的鸭TLR2基因部分编码序列进行了SNPs检测。试验设计的4对引物中,在M2和M4两对引物扩展序列中检测到了多态性,均表现为2种基因型。鸭群体中SNPM2以等位基因A为主,等位基因频率达到0.8335,等位基因B频率仅为0.1665。SNPM4以等位基因C为主,等位基因频率达到0.8415,等位基因D频率仅为0.1585。x2适合性检验结果表明,鸭群体在SNPM2和SNPM4均处于平衡状态(P>0.05)。SNPM2和SNPM4的多态信息含量分别为0.239和0.231,属低度多态。最小二乘分析和显著性检验表明：SNPsM2和SNPsM4两个变异位点各形成的两种基因型个体的免疫器官指数之间差异都不显著(P>0.05)。对缙云麻鸭TLR2基因编码全序列部分片段不同基因型与免疫细胞因子进行最小二乘均值多重比较,结果表明SNPsM2变异位点所形成的AA、AB两种基因型个体的IFN-γ和IL-2之间差异不显著(P>0.05)。SNPsM4变异位点所形成的CC、CD基因型个体的IFN-γ之间差异不显著(P>0.05),但二者的IL-2差异显著(P<0.05),CC基因型的IL-2的含量显著高于CD基因型的IL-2的含量。可初步考虑将TLR2基因作为影响蛋鸭免疫性状的候选基因。

全文目录


摘要  6-7
ABSTRACT  7-9
英文缩写说明  9-10
第一章 文献综述  10-18
  前言  10-11
  1 分子标记在畜禽育种中的应用  11-13
    1.1 SNP作为遗传标记的优势  11-12
    1.2 PCR-SSCP检测技术  12-13
  2 Toll Like Receptor受体2的相关研究  13-15
    2.1 TLR2的结构与生物学功能  13-14
    2.2 TLR2与天然免疫的关系  14-15
    2.3 TLR2在不同家禽群体和组织中的表达研究  15
  3 TLR2基因及其多态性研究进展  15-17
    3.1 TLR2基因的克隆与定位  15-16
    3.2 TLR2基因突变与分枝杆菌易感性相关性研究  16-17
    3.3 TLR2基因突变在畜禽上的研究  17
  4 研究目的和意义  17-18
第二章 鸭TLR2基因克隆及其生物信息学分析  18-36
  1 材料与方法  18-25
    1.1 试验动物及采样方法  18
    1.2 酶及化学试剂  18
    1.3 主要仪器  18-19
    1.4 鸭血液DNA提取和检测  19-20
    1.5 鸭TLR2基因的PCR扩增  20-22
    1.6 PCR产物的纯化回收  22
    1.7 纯化PCR扩增产物的克隆及测序  22-24
    1.8 序列选取及比对  24
    1.9 蛋白结构及功能位点预测  24-25
  2 结果与分析  25-32
    2.1 鸭TLR2基因克隆  25-28
    2.2 TLR2基因序列的生物信息学分析  28-32
  3 讨论  32-36
第三章 鸭TLR2基因PCR-SSCP检测及其多态与免疫器官指数的关联分析  36-52
  1 材料与方法  36-40
    1.1 试验动物及采样方法  36
    1.2 酶及化学试剂  36
    1.3 主要仪器  36
    1.4 PCR扩增  36-37
    1.5 PCR-SSCP分析  37-38
    1.6 PCR产物的纯化回收及克隆测序  38
    1.7 序列分析  38
    1.8 统计分析  38-40
  2 结果与分析  40-45
    2.1 鸭TLR2基因PCR-SSCP检测与突变区域的测序  40-42
    2.2 生物信息学方法预测TLR2内的SNP对转录因子结合位点的影响  42-43
    2.3 鸭群体内TLR2基因SNP的群体遗传学分析  43
    2.4 TLR2基因的SNP基因效应与蛋鸭群体天然免疫性能的关联分析  43-45
  3 讨论  45-52
    3.1 影响PCR-SSCP的关键因素分析  45-46
    3.2 鸭TLR2基因突变及其多态性分析  46-47
    3.3 TLR2基因内的SNP对转录因子结合位点的影响  47-48
    3.4 TLR2基因群体遗传结构分析  48
    3.5 鸭品种之间免疫器官指数比较分析  48-49
    3.6 鸭TLR2基因对天然免疫性能关联性分析  49-52
全文结论  52-54
参考文献  54-60
附录  60-70
  附录1：主要仪器设备及化学试剂  60-63
  附录2 鸭TLR2基因编码全序列  63-65
  附录3 鸭TLR2基因编码全序列内的转录因子结合位点预测  65-70
致谢  70-72
作者简介  72

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家禽 > 鸭
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