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猪7号染色体上影响脊椎数变异的VRTN因果突变位点的筛选与验证

作　者: 欧阳子璇
导　师: 任军; 黄路生
学　校: 江西农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 猪脊椎数 QTL 基因型 QTN
分类号: S828
类　型: 硕士论文
年　份: 2012年
下　载: 22次
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内容摘要

猪脊椎数是影响胴体长和产肉量的重要经济性状,具有很高的遗传力。为了解析猪脊椎数表型变异的遗传机理,研究人员利用不同的资源群体分别在猪1、7号染色体上定位到了影响猪脊椎数变异的主效QTL。 NR6A1基因c.134G>A突变位点被鉴定为解释1号染色体上QTL效应的因果突变位点(QTN)。通过一系列的遗传分析,2011年Mikawa等认为VRTN基因是7号染色体上影响猪脊椎数变异的候选因果基因(QTG),并发现了9个候选因果突变位点。本实验室前期构建了大规模白色杜洛克×二花脸F2资源群体,测定了1029头F2屠宰个体的脊椎数表型,通过全基因组扫描共检测到了12个影响猪脊椎数的QTL,验证了7号染色体上的主效QTL。本研究在此基础上对VRTN基因9个候选QTN位点进行了筛选和影响效应分析。在前期工作的基础上,采用标记辅助分离分析方法判定了白色杜洛克×二花脸F2资源群体以及二花脸×通城猪F2资源群体共计30个F0/F,个体的QTL基因型。利用这30个个体对9个候选QTN进行PCR扩增及测序判型,通过对比判型结果与QTL基因型结果的一致性,确定了其中4个突变位点为候选因果突变。进一步通过哺乳动物多物种的序列保守性分析,发现只有NV123ins291bp和NV027(2)C>A两个位点符合因果突变的条件,其中NV123位点为291bp的大片段插入突变(PRE1元件),为最有可能的因果突变。该突变可能调节了同源异型框(homeobox)的表达,而同源异型框决定了胚胎期脊椎的分化,从而最终影响了脊椎数的数目。本研究针对该位点在大规模杜长大三元杂交猪群中开展了与脊椎数表型的关联性分析,结果显示该位点对猪胸椎数的影响效应极显著,ins/ins比-/-基因型的胸椎多出了0.9根,为种猪脊椎数的选育改良提供了重要的基因位点和分子标记。

全文目录

摘要  5-6
ABSTRACT  6-7
第一章文章综述  7-22
  1 猪的驯化与脊椎数的变异  7-9
  2 猪脊椎数表型变异的育种意义  9
  3 数量性状基因座(QTL)定位  9-13
    3.1 数量性状基因座简介  9-10
    3.2 QTL定位  10-13
      3.2.1 QTL定位的前提  10-13
  4 猪脊椎数变异遗传学基础的前期研究  13-15
  5 SSC1和SSC7脊椎数主效QTL的最新研究进展  15-16
    5.1 猪1号染色体上QTL精细定位及因果突变位点的鉴别  15
    5.2 猪7号染色体上QTL精细定位、候选因果基因及突变位点的搜寻  15-16
    5.3 其他染色体上影响猪脊椎数变异的QTL  16
  6 本实验室在解析猪7号染色体上影响脊椎数QTL的相关工作  16-20
    6.1 影响猪脊椎数变异的QTL初步定位  16-17
    6.2 QTL区域选择性清除效应检测  17
    6.3 白色杜洛克×二花脸F_2资源家系F_1公猪QTL基因型判定  17-18
    6.4 SSC7上QTL区域单倍型分析  18-20
  7 猪脊椎数变异研究尚未解决的科学问题  20-21
  8 本研究的目的及意义  21-22
    8.1 本研究的目的  21
    8.2 本研究的意义  21-22
第二章研究正文  22-38
  1 前言  22-23
  2 实验材料与方法  23-26
    2.1 实验动物  23
    2.2 表型测定  23
    2.3 DNA样品制备  23
    2.4 VRTN基因候选QTN的判型  23-24
    2.5 候选QTN的保守性分析  24-25
    2.6 NV123 ins 291bp在大规模远缘群体中的基因型判定  25
    2.7 数据的统计与分析  25-26
      2.7.1 QTL基因型统计方法  25
      2.7.2 远缘群体基因型与表型的相关性分析  25-26
  3 结果  26-34
    3.1 大规模远缘群体表型分布  26
    3.2 白色杜洛克×二花脸资源家系F_0母猪QTL基因型的判定  26-27
    3.3 二花脸×通城家系4头猪的QTL基因型判定  27-28
    3.4 利用QTL基因型已知个体筛选VRTN可能的因果突变  28-29
    3.5 候选QTN保守性分析结果  29-33
    3.6 VRTN基因NV123 ins 291bp在远缘群体中的判型  33
    3.7 NV123 ins 291bp在远缘群体中对脊椎数的影响效应  33-34
  4 讨论  34-38
    4.1 资源家系的构建  34-35
    4.2 脊椎数变异的QTN起源问题  35
    4.3 QTN鉴别和验证的方法与难度  35-36
    4.4 VRTN基因最有可能的QTN  36-37
    4.5 研究成果在育种实践中的意义  37
    4.6 展望  37-38
小结  38-39
参考文献  39-42
致谢  42-43

猪7号染色体上影响脊椎数变异的VRTN因果突变位点的筛选与验证

内容摘要

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