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浦东白猪毛色遗传及与其它猪种间的关系研究

作　者: 盛中华
导　师: 潘玉春
学　校: 上海交通大学
专　业: 动物营养与饲料科学
关键词: 浦东白猪 mtDNA D-loop区系统进化树遗传距离 KIT基因白毛色 PCR-SSCP
分类号: S828
类　型: 硕士论文
年　份: 2008年
下　载: 57次
引　用: 1次
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内容摘要

浦东白猪不仅繁殖力高、肉质好、适应性强,而且属于我国唯一一个毛色全白的地方猪种,因而已被农业部列为重点保护品种。然而,多年以来人们对该品种白毛色的分子遗传基础及与其它猪种间的进化关系一直存有疑问,从而严重影响了该品种的保护、选育与利用。有鉴于此,本文重点做了两项工作并取得了一系列重要的结果。概而言之,如下:(1)浦东白猪KIT基因的分析本研究通过聚合酶链式反应-单链构象多态性分析(PCR-SSCP)和测序,检测了造成长白猪和大白猪毛色全白的基因KIT在浦东白猪中的状态,结果证明浦东白猪与长白猪和大白猪一样,其KIT基因内含子17 (intron17)发生了G→A的突变,内含子18(intron18)的序列中存在AGTT的缺失。这同荣昌猪全白色个体的白色形成机制不同。说明作为地方品种,浦东白猪的白色具有独特价值;但另一方面也说明仅从毛色上无法判断其起源。(2)浦东白猪mtDNA D-loop区的序列分析本研究对25头非同母浦东白猪和9头沙乌头猪mtDNA D-loop区1200bp左右序列进行了测序,利用测序结果与GenBank上查到的国内外猪种mtDNA D-loop区序列进行了系统进化分析,构建了系统进化树,计算了种内、种间的遗传距离。结果显示,25头浦东白猪聚为一类(bootstrap值为97%)且组内遗传距离为0.0002±0.0001,远小于与其它品种(尤其是国外品种)间的遗传距离,基本上确定就母系起源而言其为独立的地方品种。显然,这一研究对于探明浦东白猪的形成历史,进而对其保种、选育和利用具有一定的指导意义。随着分子生物学技术的不断发展和各种相关研究的不断深入,对浦东白猪可从新的视点和新的角度开展更深入的研究。

全文目录

摘要  5-6
ABSTRACT  6-11
1 导论  11-27
  1.1 研究背景  11-12
    1.1.1 浦东白猪概况  11
    1.1.2 研究的必要性  11-12
  1.2 研究动态  12-25
    1.2.1 猪的毛色遗传  12-16
      1.2.1.1 猪毛色表型的分类  12-13
      1.2.1.2 猪毛色的遗传模式  13
      1.2.1.3 猪毛色形成的生物学基础  13-14
      1.2.1.4 影响猪毛色表型的主要因素  14-15
      1.2.1.5 KIT 基因的突变与猪的毛色  15
      1.2.1.6 荣昌猪KIT 基因的相关研究  15-16
    1.2.2 猪的起源及猪群体间的亲缘关系  16-19
      1.2.2.1 遗传标记的应用  16
      1.2.2.2 MTDNA 的应用  16-19
    1.2.3 序列分析及相关软件的应用  19-22
      1.2.3.1 序列分析  19-21
      1.2.3.2 序列分析软件的应用  21-22
      1.2.3.3 BOOTSTRAPING 法简介  22
    1.2.4 极大似然法计算遗传距离的原理  22-23
    1.2.5 PCR-SSCP 技术  23-25
      1.2.5.1 PCR-SSCP 的原理  23
      1.2.5.2 PCR-SSCP 分析的基本程序  23-24
      1.2.5.3 PCR-SSCP 的优点与缺点  24
      1.2.5.4 影响PCR-SSCP 分析的因素  24-25
      1.2.5.5 PCR-SSCP 方法在动物遗传育种中的应用  25
  1.3 研究目的  25-27
2 浦东白猪KIT 基因分析  27-37
  2.1 引言  27
  2.2 材料与方法  27-33
    2.2.1 试验动物及材料  27
    2.2.2 主要仪器设备  27-28
    2.2.3 主要试剂药品  28-29
    2.2.4 猪耳组织DNA 的提取  29-30
    2.2.5 引物的设计合成  30
    2.2.6 目的片段测序  30-31
      2.2.6.1 PCR 扩增  30-31
      2.2.6.2 PCR 产物电泳检测  31
      2.2.6.3 KIT 基因测序  31
    2.2.7 聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）  31-33
      2.2.7.1 电泳装置准备  31
      2.2.7.2 聚丙烯酰胺凝胶制备  31-32
      2.2.7.3 灌胶步骤  32
      2.2.7.4 电泳  32
      2.2.7.5 E 银染显色  32-33
  2.3 结果与分析  33-35
    2.3.1 KIT 基因的PCR 扩增结果  33-34
    2.3.2 KIT 基因的SSCP 检测结果  34
    2.3.3 KIT 基因的序列分析结果  34-35
      2.3.3.1 内含子17  34-35
      2.3.3.2 内含子18  35
  2.4 讨论  35-37
3 浦东白猪MTDNA D-LOOP 区序列分析  37-51
  3.1 引言  37
  3.2 材料与方法  37-42
    3.2.1 试验动物及材料  37
    3.2.2 主要仪器设备  37
    3.2.3 主要试剂药品  37
    3.2.4 主要分子生物学软件和互联网资源  37-38
    3.2.5 猪耳组织DNA 的提取  38
    3.2.6 引物的设计合成  38
    3.2.7 目的片断测序  38-42
      3.2.7.1 PCR 扩增  38-39
      3.2.7.2 PCR 产物电泳检测  39
      3.2.7.3 感受态细胞的制备  39
      3.2.7.4 回收片段同T 载体的连接及质粒的转化  39-40
      3.2.7.5 转化菌落的PCR 鉴定与培养  40
      3.2.7.6 质粒的回收  40
      3.2.7.7 质粒的酶切鉴定及测序  40-42
      3.2.7.8 测序结果分析  42
    3.2.8 查找其它猪品种mtDNA D-loop 区序列  42
    3.2.9 序列分析  42
  3.3 结果与分析  42-48
    3.3.1 mtDNA D-loop 区PCR 扩增结果  42-43
    3.3.2 测序结果  43-44
    3.3.3 多序列比对  44
    3.3.4 聚类分析  44-48
    3.3.5 遗传距离  48
  3.4 讨论  48-51
4 结语  51-53
参考文献  53-59
致谢  59-61
攻读硕士期间发表的文章  61

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