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应用外显子芯片对胃癌进行全基因表达的研究

作　者: 魏成国
导　师: 李凡
学　校: 吉林大学
专　业: 微生物学
关键词: 胃癌外显子芯片聚类富集分析
分类号: R735.2
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

我国胃癌发生率在各类恶性肿瘤中位居第二,但其死亡率居各类恶性肿瘤之首。胃癌的病因尚不明确,但是近年来关于胃癌相关基因的研究使人们认识到胃癌的发生和发展是多基因表达异常所致。本研究应用含有22011个基因的AFFY外显子芯片,以临床切除的胃癌组织和正常对照胃粘膜组织为研究对象,通过芯片显著性分析算法(Significance Analysis of Microarrays,SAM)筛选胃癌差异表达基因。然后使用DAVID数据库进行基因功能(Gene Ontology的Biological Processes、Molecular function)分类富集、基因所在pathway富集进行分析;并使用SVM从正常组织芯片和癌症组织芯片中提取特征,按贡献程度挑选5个对分类最重要的基因,和芯片进行二维聚类。另外我们挑选低、中、高分化程度胃癌患者各四名,比较其差异表达的基因,选择Fold Change大于2且p值最小的44个基因,和患者进行二维聚类。结果发现,在胃癌组织共筛选出2637个差异表达基因,其中807个基因表达上调,1830个基因表达下调。通过差异表达基因的功能分类富集分析,显示这些基因主要涉及到GO功能分类的细胞周期、RNA处理、细胞因子分泌正调控、细胞间信号交换、金属离子转运、周期性核苷酸介导的信号转导等重要细胞代谢过程及信号通路;应用SVM挑选出的5个基因完全可以将正常和癌症芯片分开。挑选的44个基因基本可以将患者按癌症的低、中、高分化程度分开。

全文目录

内容提要  4-5
英文缩写词表  5-8
第1章综述  8-24
  1.1 胃癌的现状  8-12
    1.1.1 胃癌的病因  8-10
    1.1.2 胃癌的分型  10-11
    1.1.3 胃癌发生的相关基因  11-12
  1.2 基因芯片概述  12-17
    1.2.1 基因芯片的原理  12-14
    1.2.2 基因芯片的应用  14
    1.2.3 基因芯片在胃癌研究中的应用  14-17
  1.3 基因芯片数据分析  17-24
    1.3.1 基因芯片表达数据预处理  17-19
    1.3.2 基因表达差异的显著性分析  19-21
    1.3.3 基因表达谱聚类分析  21-22
    1.3.4 支持向量机  22-23
    1.3.5 GO及KEGG  23-24
第2章材料和方法  24-31
  2.1 标本和试剂  24-25
    2.1.1 标本  24-25
    2.1.2 主要试剂  25
    2.1.3 主要仪器  25
  2.2 实验方法  25-31
    2.2.1 标本收集  25-26
    2.2.3 cRNA的制备及芯片的杂交、洗涤与扫描  26
    2.2.4 基因芯片表达数据处理  26-31
第3章结果  31-45
  3.1 总RNA提取、纯化及片段化  31
  3.2 基因芯片表达数据预处理  31-34
  3.4 胃癌组织差异表达基因的生物学功能分析  34-43
  3.5 胃癌组织差异表达基因的聚类分析  43-45
    3.5.1 SVM筛选的5 个差异表达基因与芯片的二维聚类  43
    3.5.2 低、中、高分化期胃癌组织与正常组织差异表达基因差异倍率和患者进行二维聚类  43-45
第4章讨论  45-49
第5章结论  49-50
附录  50-51
参考文献  51-54
致谢  54-55
中文摘要  55-57
Abstract  57-58

应用外显子芯片对胃癌进行全基因表达的研究

内容摘要

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