学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

基因组可变剪接特征分析与预测

作　者: 章天骄
导　师: 王亚东
学　校: 哈尔滨工业大学
专　业: 计算机科学与技术
关键词: 可变剪接 序列特征 外显子芯片 维数约减
分类号: TP311.13
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
下　载: 46次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载
 

内容摘要


前体mRNA的可变剪接是扩大真核生物蛋白质组多样性的重要基因调控机制。可变剪接的错误调节可以引起多种人类疾病。虽然对于可变剪接的调控机制已经进行了大量研究工作,但人们对于蛋白质-RNA网络调控可变剪接的多样性和复杂性还缺乏全面的认识。最近一些全基因组范围的可变剪接机制研究取得了重大进展,这为可变剪接特征模型的构建提供了方法和数据支持。本文的主要研究目标是对可变剪接的序列特征进行整理,建立全基因组可变剪接的特征模型,以此来分析可变剪接事件,揭示可变剪接事件的调控机制。本文首先对可变剪接的生物学机制进行阐述,给出了不同数据下可变剪接研究方法的总体框架,为可变剪接的特征分析提供了生物学依据。第二,系统地介绍了外显子芯片的设计原理和分析流程,具体说明了利用外显子芯片数据分析可变剪接事件的方法,为可变剪接的特征分析提供了技术支持。第三,利用已有影响可变剪接的特征,综合使用外显子芯片表达数据,应用一种基于线性回归和信息论的方法建立可变剪接特征的模型,获得了包含146个特征的可变剪接特征集合。第四,应用此特征集合对可变剪接事件进行预测,预测率较之以往的方法所有提高。最后,建立了AS2Disease数据库,对数据库中的数据进行简单统计分析,并利用可变剪接外显子与疾病的关系数据对特征集合的生物合理性进行了部分验证。综上,本文建立的可变剪接特征模型可以有效地标识可变剪接事件,说明了序列特征对可变剪接事件的影响,部分地揭示了可变剪接的调控机制。

全文目录


摘要  4-5
Abstract  5-8
第1章 绪论  8-12
  1.1 课题研究的背景、目的及意义  8-10
    1.1.1 课题研究的背景  8-9
    1.1.2 课题研究的目的及意义  9-10
  1.2 可变剪接分析的研究现状  10-11
  1.3 本文的主要工作  11
  1.4 本文的内容安排  11-12
第2章 可变剪接生物学机制与研究方法  12-22
  2.1 前体信使RNA 可变剪接的生物学机制  12-18
    2.1.1 中心法则与可变剪接  12-13
    2.1.2 前体信使RNA 的剪接过程  13-15
    2.1.3 可变剪接的类型  15
    2.1.4 可变剪接的调控机制  15-18
  2.2 前体信使RNA 可变剪接的研究方法  18-21
    2.2.1 基于EST 数据的全基因组可变剪接研究  18-19
    2.2.2 基于芯片技术的全基因组可变剪接研究  19-21
    2.2.3 基于新一代测序技术的全基因组可变剪接研究  21
  2.3 本章小结  21-22
第3章 外显子芯片分析技术  22-30
  3.1 引言  22
  3.2 生物芯片技术  22-24
    3.2.1 基因芯片技术  22-23
    3.2.2 外显子芯片技术  23-24
  3.3 外显子芯片分析流程  24-28
    3.3.1 数据标准化和背景校正  25
    3.3.2 外显子和基因表达量估计  25-26
    3.3.3 外显子芯片数据过滤  26-27
    3.3.4 可变剪接事件分析  27-28
  3.4 本章小结  28-30
第4章 可变剪接特征模型的构建  30-43
  4.1 引言  30
  4.2 数据准备和预处理  30-38
    4.2.1 可变剪接相关特征的整理  30-34
    4.2.2 外显子芯片数据的处理  34-37
    4.2.3 外显子序列数据的提取  37-38
  4.3 可变剪接特征模型的构建  38-42
    4.3.1 可变剪接外显子表达数据的处理  38-40
    4.3.2 可变剪接特征集合的筛选  40-42
  4.4 本章小结  42-43
第5章 可变剪接特征模型的预测性能及验证  43-52
  5.1 引言  43
  5.2 可变剪接特征模型的预测性能  43-45
    5.2.1 分类器的设计  43-44
    5.2.2 分类器的性能评价  44-45
  5.3 可变剪接特征模型的验证  45-51
    5.3.1 人类可变剪接-疾病数据库  46-51
    5.3.2 可变剪接特征的数据库验证  51
  5.4 本章小结  51-52
结论  52-54
参考文献  54-61
攻读硕士学位期间发表的论文  61-63
致谢  63

相似论文

  1. 烟粉虱田间种群抗药性监测及BtGluClα1基因组结构的分析,S433
  2. 幽门螺杆菌感染调控胃癌相关基因可变剪接的初步研究,R735.2
  3. 黑麂（Muntiacus crinifrons）AFLP-SCAR种特异性探针研制,S865
  4. 基于DOM建模的网页木马检测的分类器设计,TP309.5
  5. 秀丽线虫缺氧相关基因可变剪接变体的研究,Q75
  6. 棉花抗逆相关基因GhDr1的克隆与功能分析,S562
  7. 半监督降维和分类算法研究,TP181
  8. 利用feeding RNAi技术筛选线虫体内低氧应答剪接相关因子的研究,Q78
  9. 甲状腺激素受体βpre-mRNA新剪接方式体外蛋白水平的研究,Q75
  10. 基于多特征融合的乳腺癌相关基因预测方法研究,R737.9
  11. 东亚飞蝗蜕皮相关基因Lm-TSP功能分析及其可变剪接体克隆,S433
  12. 基于混沌理论的汽轮机组振动状态监测与预测研究,TK267
  13. 真核基因剪接位点识别算法研究,Q78
  14. 牛Meg8基因的克隆、组织表达及印记状态分析,S823
  15. 基于神经网络的结构损伤检测方法的研究,TP391.41
  16. 脆性X综合征致病基因FMR1一个新的外显子及其鉴定,R596.1
  17. 第三内含子+11G>A SNP对hURAT1基因转录的影响,Q75
  18. 山羊LF基因序列分析及SNPs研究,S827
  19. 猪MMP-2和TIMP-2基因特征与功能分析,S828
  20. 脆性X综合征分子诊断方法体系的建立及其疾病基因新型可变剪接转录产物的鉴定,R450

中图分类: > 工业技术 > 自动化技术、计算机技术 > 计算技术、计算机技术 > 计算机软件 > 程序设计、软件工程 > 程序设计 > 数据库理论与系统
© 2012 www.xueweilunwen.com