学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

甘肃马鹿肌细胞生成素（MyoG）基因克隆、序列分析及其多态性研究

作　者: 宋兴超
导　师: 杨福合
学　校: 中国农业科学院
专　业: 特种经济动物饲养
关键词: 甘肃马鹿肌细胞生成素基因克隆序列分析 PCR-SSCP
分类号: S829.9
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
下　载: 83次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载

内容摘要

鹿肉以高蛋白、低脂肪、易消化、营养丰富、味道鲜美而著称,同时还具有提高人体代谢强度和抵抗力的功能,因而一直受到人们的青睐。本研究将肌细胞生成素(MyoG)基因作为影响鹿产肉性能的候选基因,在其它哺乳动物(牛、山羊、猪、人、鼠)MyoG基因研究基础上,首先采用PCR技术克隆了甘肃马鹿MyoG基因,利用生物信息学方法对该基因的分子特征和结构进行了分析和预测,然后利用PCR-SSCP技术,对甘肃马鹿MyoG基因5’UTR部分序列进行了多态性分析,对不同基因型个体的PCR产物进行了克隆测序、序列比较及突变前后转录因子结合位点的预测。主要研究结果如下:(1)首次成功地克隆了甘肃马鹿肌细胞生成素(MyoG)基因序列。该基因全长为3168bp,包含3个外显子和2个内含子,其中5’侧翼序列长381bp,3’侧翼序列长696bp;外显子1～3大小分别是480bp、82bp和122bp,共编码227个氨基酸;内含子大小分别为799bp和608bp;内含子和外显子之间的序列由GT/AG隔开,符合真核基因结构组成特点。该序列已经提交GenBank(登录号:FJ746497)。(2)通过序列分析,发现甘肃马鹿MyoG基因序列核苷酸组成富含GC(57.8%),外显子GC含量(62.7%)明显高于内含子(56.6%);甘肃马鹿与牛、山羊、马、野猪、家鼠、挪威鼠、人、原鸡、火鸡、斑马鱼、鲶鱼、非洲爪蟾和热带爪蛙的MyoG基因编码区序列的同源性分别为95.7%、96.6%、89.6%、90.9%、87.5%、87.2%、88.8%、70.5%、68.5%、55.5%、56.1%、54.5%和55.3%;甘肃马鹿MyoG基因编码的氨基酸序列与牛、山羊、野猪、家鼠和人的同源性分别为98.7%、98.7%、96.4%、93.8%和93.3%。(3) MyoG基因编码蛋白质的理化特性、二级结构及保守功能域预测结果表明:该蛋白质的分子质量为25kDa,理论等电点为5.68,其二级结构以α-螺旋和无规卷曲为主,第1-136位氨基酸可能为bH-L-H结构域,是MRFs基因家族成员共有的结构域。(4) MyoG基因分子进化结果表明:甘肃马鹿与山羊、牛的亲缘关系最近,与猪、鼠、人、恒河猴的亲缘关系较近,其次是与原鸡、火鸡等禽类的亲缘关系,与鱼类、两栖类的亲缘关系较远。在动物分类学上,甘肃马鹿、山羊与牛都属于反刍动物,本实验所得结果与甘肃马鹿在动物分类学上的地位一致。(5) PCR-SSCP分析结果表明,所检测的部分5’UTR存在多态性,该多态位点由A和B两个等位基因控制;经测序发现MyoG基因5’UTR(-237位点)处存在G→A的变异,导致等位基因A变为B,A基因为优势等位基因;变异位点PIC表现为低度多态;该变异经过转录因子结合位点预测,发现可能减少1个Sp1转录因子。

全文目录

摘要  6-7
Abstract  7-13
第一章绪论  13-26
  1.1 研究背景  13-14
  1.2 甘肃马鹿资源介绍  14-15
    1.2.1 外貌特征  14
    1.2.2 生活习性  14-15
    1.2.3 繁殖特性  15
    1.2.4 肉用前景  15
  1.3 鹿肉的营养特性及国内外研究概况  15-19
    1.3.1 食用价值  16
    1.3.2 药用价值  16-17
    1.3.3 国内外鹿肉的研究概况  17-19
  1.4 MRFS 家族中MYOG 基因的研究进展  19-22
    1.4.1 MyoG 基因的定位与结构特点  19-20
    1.4.2 MyoG 基因多态性与生产性能的相关性研究  20-21
    1.4.3 MyoG 基因的发展前景  21-22
  1.5 PCR-SSCP 技术及其在动物遗传育种中的应用  22-24
    1.5.1 PCR-SSCP 技术的原理  22
    1.5.2 PCR-SSCP 技术的特点  22-23
    1.5.3 PCR-SSCP 技术在动物遗传育种中的应用  23-24
  1.6 本研究的目的、意义及主要研究内容  24-26
第二章甘肃马鹿MYOG 基因克隆、全序列测定及分析  26-53
  2.1 实验材料  26-28
    2.1.1 动物血样来源  26
    2.1.2 主要仪器设备及产地  26
    2.1.3 主要试剂及试剂盒  26-27
    2.1.4 主要试剂和溶液的配置  27-28
  2.2 实验方法  28-33
    2.2.1 基因组DNA 的提取与检测  28
    2.2.2 PCR 扩增反应  28-30
    2.2.3 PCR 产物的纯化、检测及与载体连接  30-31
    2.2.4 连接产物的转化及蓝白斑筛选  31-32
    2.2.5 重组质粒的提取与鉴定  32-33
    2.2.6 序列测定与分析  33
  2.3 结果与分析  33-35
    2.3.1 基因组DNA 的提取检测结果  33-34
    2.3.2 PCR 扩增及产物纯化结果  34
    2.3.3 重组质粒的PCR 鉴定  34-35
    2.3.4 重组质粒的酶切鉴定  35
  2.4 甘肃马鹿MYOG 基因测序与序列分析  35-49
    2.4.1 测序、序列拼接及鉴定  35-36
    2.4.2 MyoG 基因序列外显子、内含子与启动子的预测  36-38
    2.4.3 MyoG 基因核苷酸组成分析  38-39
    2.4.4 MyoG 基因编码区序列的比对  39-42
    2.4.5 MyoG 基因氨基酸序列组成分析、比对及密码子使用  42-44
    2.4.6 MyoG 基因编码蛋白质的一级结构与二级结构预测  44-46
    2.4.7 MyoG 基因编码蛋白质的结构域及功能基序分析  46-48
    2.4.8 MyoG 基因的系统进化树及亲缘关系分析  48-49
  2.5 讨论  49-53
    2.5.1 甘肃马鹿MyoG 基因的Touch-Down PCR 克隆策略  49-50
    2.5.2 关于甘肃马鹿MyoG 基因序列的分析  50-51
    2.5.3 关于甘肃马鹿MyoG 基因系统进化树的分析  51-52
    2.5.4 小结  52-53
第三章甘肃马鹿MYOG 基因5’UTR 部分序列SSCP 分析  53-62
  3.1 实验材料  53-54
    3.1.1 动物血样来源  53
    3.1.2 主要试剂和试剂盒  53
    3.1.3 主要仪器设备  53
    3.1.4 溶液的配制  53-54
  3.2 实验方法  54-56
    3.2.1 甘肃马鹿基因组DNA 的提取  54
    3.2.2 引物的设计与合成  54
    3.2.3 PCR 扩增反应  54
    3.2.4 SSCP 分析与银染  54-55
    3.2.5 克隆测序  55
    3.2.6 基因多态性的统计分析方法  55-56
  3.3 结果与分析  56-59
    3.3.1 PCR 扩增结果  56
    3.3.2 PCR 产物的SSCP 检测结果  56-57
    3.3.3 测序结果与分析  57
    3.3.4 群体遗传多态性指标计算分析  57-58
    3.3.5 MyoG 基因5’UTR 部分序列变异前后转录因子结合位点的预测  58-59
  3.4 讨论  59-62
    3.4.1 PCR-SSCP 影响因素的分析  59
    3.4.2 关于 MyoG 基因多态性的分析  59-60
    3.4.3 本领域进一步研究方向  60-62
第四章全文结论  62-63
参考文献  63-69
附录  69-71
致谢  71-72
作者简历  72

甘肃马鹿肌细胞生成素（MyoG）基因克隆、序列分析及其多态性研究

内容摘要

全文目录

相似论文