学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

针叶树生斑痣盘菌分子系统学研究

作　者: 王曼曼
导　师: 侯成林
学　校: 首都师范大学
专　业: 微生物学
关键词: 针叶树生斑痣盘菌系统发育学 LSU序列 ITS序列最大简约法邻接法贝叶斯演绎法
分类号: Q93
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
下　载: 62次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载

内容摘要

斑痣盘菌目成员在生物学上具有广泛的多样性,其寄主范围很广,包括裸子、被子及蕨类植物,它涉及的寄主植物多达58科,是世界菌物资源中的一个重要组成部分。该目成员的真菌系统学研究历史悠久且错综复杂,国内外关于斑痣盘菌目及相关类群的分子系统进化研究才刚刚起步。本试验通过DNA提取,PCR扩增,序列测定等步骤,共获得62个28S-rDNA序列和17个ITS序列,分别对28S-rDNA序列,ITS序列以及28Sr-DNA与ITS的联合序列进行分析,利用最大简约法和邻接法两种建树方法对针叶树生斑痣盘菌及其相关种的序列构建系统发育树,并以贝叶斯演绎法中的后验概率值(PP)和自展法(bootstrap)评估和分析所构建的系统发育树。具体结论如下:1、传统的斑痣盘菌目成员Naemacyclus sp.526c和Cyclaneusma minus 45与柔膜菌目亲缘关系更近,而形态学属于柔膜菌目的地锤菌科(Cudoniaceae)成员,Cudonia lutea,cudonia circinans,Cudonia sichuanensis,Spathularia flavida与斑痣盘菌目亲缘关系更近。这也与Gernandt et al.(2001)对18S-rDNA序列分析以及Hou(2004)对28S-rDNA序列分析所得出的结论一致。2、针叶树生斑痣盘菌形成一个大的进化支,而生长在阔叶树上的斑痣盘菌虽然在系统树中能够聚集到一起,但未能与针叶树生斑痣盘菌形成的分支完全分开;生长于针叶树不同部位的斑痣盘菌也形成不同的进化分支。3、根据分子生物学方法构建的系统树与根据形态学方法所建立的分类系统有所不同,形态上属于不同种、属或更高级分类单元的成员在本试验所构建的系统树中却能聚集到一起。这可能是由于形态学分类标准存在一些人为因素,两种分类方法所得到的结果也有所区别。如本试验所构建的ITS系统树中,Meloderma desmazieriAF203470,Meloderma desmazieri AF426056,Elytroderma deformans AF203469等种在Lophodermium属成员所形成的进化支中。因此形态学的一些分类标准,如子囊果在寄主组织中的埋生位置,子囊、子囊孢子的形状等单一因子做为属的分类特征并不合适。4、对28S-rDNA序列、ITS序列以及28S-rDNA序列与ITS序列的联合序列进行分析构建的系统树基本一致,而且部分分支得到很高的bootstrap值和后验概率值支持,但很多进化支依然没有得到解决,PP和bootstrap值相对较低,因此需要进一步研究,建议联合使用RPB2,mtSSU等基因序列进行多基因序列分析。

全文目录

摘要  4-5
Abstract  5-8
第1章文献综述  8-25
  1.1 斑痣盘菌目及其成员的分类历史  8-10
  1.2 斑痣盘菌的形态学及解剖学特征  10-12
  1.3 菌物分子系统学研究  12-22
    1.3.1 分子生物学研究方法  12-16
      1.3.1.1 PCR和RAPD  14-15
      1.3.1.2 RFLP  15
      1.3.1.3 AFLP  15-16
      1.3.1.4 SSR  16
      1.3.1.5 SCAR  16
    1.3.2 系统发育学方法  16-21
      1.3.2.1 多序列比对  17-18
      1.3.2.2 建立取代模型  18
      1.3.2.3 系统树构建方法  18-20
      1.3.2.4 系统树的检验与评估  20-21
    1.3.3 斑痣盘菌目分子系统学研究概况  21-22
  1.4 研究目的和意义  22-25
第2章材料与方法  25-41
  2.1 试验材料  25-26
    2.1.1 材料和标本  25
    2.1.2 仪器和试剂  25-26
  2.2 试验方法  26-41
    2.2.1 植物标本的镜检  26-27
    2.2.2 真菌的分离培养  27-29
    2.2.3 基因组DNA的提取  29-30
    2.2.4 核糖体DNA-ITS序列和LSU序列的扩增  30-32
    2.2.5 PCR产物的处理及测序  32-40
    2.2.6 测序结果的分析与处理  40-41
第3章结果与分析  41-59
  3.1 总DNA的提取与序列的测定  41
  3.2 同源性比较分析  41-42
  3.3 系统发育树分析  42-59
    3.3.1 28S-rDNA序列分析  42-48
    3.3.2 ITS序列分析  48-54
    3.3.3 28S-rDNA与ITS序列联合数据分析  54-59
第4章结论与讨论  59-61
参考文献  61-65
致谢  65

针叶树生斑痣盘菌分子系统学研究

内容摘要

全文目录

相似论文