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冠心病、糖尿病肾病及乳腺癌相关基因的初步研究

作　者: 徐迅
导　师: 罗国安
学　校: 华东理工大学
专　业: 制药工程与技术
关键词: 非高血脂冠心病 糖尿病肾病 生物芯片 实时荧光定量PCR 乳腺癌
分类号: R587.2;R737.9
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要


基于基因芯片技术(Gene chip)和实时荧光定量PCR(Real time fluorescence quantitative PCR, Real time-qPCR)技术,本文从基因水平对冠心病(Coronary heart disease,CHD)、糖尿病肾病(Diabetic nephropathy, DN)和乳腺癌(Breast cancer, BC)的病理机制进行了初步研究。首先,采用基因芯片技术研究高血脂冠心病(Hyperlipidemia-CHD, H-CHD)与非高血脂冠心病(Non hyperlipidemia-CHD, NH-CHD)差异基因,筛选得到564个差异基因,对其进行生物信息学分析。基因本体论(Gene Oncology, GO)和通路注释分析发现,有4个显著富集的GO节点涉及脂代谢相关的生物学过程(10.5%),5个显著富集的通路涉及脂代谢相关反应,GO节点分析结合通路分析得到了6个重要的目标基因。从基因水平揭示了冠心病与脂代谢的相关性,目标基因可能为H-CHD和NH-CHD预诊断研究提供新思路。其次,利用实时荧光定量PCR (Real time-qPCR)技术检测3个血流动力学易感基因的表达量,探讨糖肾方(TSF)治疗糖尿病肾病(Diabetic Nephropathy, DN)患者对易感基因表达量的影响。从给药前DNⅢ期和DNIV期患者到给药后3个月和6个月,肾小球滤过率(Glomerular filtration rate, GFR)和尿微量白蛋白(Microalbuminuria, MALB)水平有所改善,3个基因表达量均具有不断接近正常人水平的趋势,给药6个月的基因表达改善效果优于给药3个月。揭示通过TSF长期调理逐步改善DN患者体内代谢紊乱,缓解其血流动力学异常状况,为中药复方TSF的临床疗效提供了评价指标。最后,建立了乳腺癌(Breast cancer, BC)相关基因表达量的Real time-qPCR检测方法,测定了17例正常人和15例BC患者VEGF、Bcl-2、Cox-2基因的表达量。从分子生物学水平阐述了基因表达变化与BC的相关性,为乳腺癌诊断方法提供新的思路。

全文目录


摘要  5-6
Abstract  6-11
第1章 引言  11-27
  1.1 基因组学和转录组学的研究与进展  11-13
    1.1.1 基因组学简介  11
    1.1.2 基因组学研究进展  11-12
    1.1.3 转录组学简介  12
    1.1.4 转录组学进展与应用  12-13
  1.2 冠心病、糖尿病肾病和乳腺癌相关基因研究  13-20
    1.2.1 冠心病相关基因研究  13-16
    1.2.2 糖尿病肾病血流动力学相关基因研究  16-18
    1.2.3 乳腺癌相关基因研究  18-20
  1.3 基因芯片技术概述和实时荧光定量PCR技术概述  20-25
    1.3.1 基因芯片实验原理与检测方法  20-21
    1.3.2 实时荧光定量PCR实验原理与检测方法  21-24
    1.3.3 基因芯片与实时荧光定量PCR的应用  24-25
  1.4 本论文的主要内容及创新点  25-27
    1.4.1 研究背景  25-26
    1.4.2 课题研究内容及方法  26
    1.4.3 本论文的创新点  26-27
第2章 血脂差异冠心病基因水平的初步研究  27-39
  2.1 本章引论  27
  2.2 实验样本  27-28
  2.3 实验试剂和仪器  28
  2.4 芯片实验方法  28-30
    2.4.1 芯片样本制备  28
    2.4.2 芯片杂交过程  28-29
    2.4.3 差异基因分析与检测  29-30
  2.5 结果与讨论  30-37
    2.5.1 总RNA质量鉴定  30
    2.5.2 差异基因聚类分析  30-31
    2.5.3 差异基因Go term注释分析  31-32
    2.5.4 差异基因KEGG通路注释分析  32-33
    2.5.5 差异基因互作网络分析  33-37
  2.6 本章小结  37-39
第3章 糖肾方对糖尿肾病血流动力学相关基因表达的影响  39-49
  3.1 本章引论  39
  3.2 实验样本  39-40
  3.3 实验试剂和仪器  40
  3.4 实验方法  40-44
    3.4.1 引物和探针的设计  40-41
    3.4.2 总RNA提取  41
    3.4.3 cDNA的合成  41-42
    3.4.4 纯化产物的生成  42-43
    3.4.5 标准曲线的建立  43
    3.4.6 样本定量检测  43-44
    3.4.7 PCR数据处理  44
    3.4.8 实验方法的重复性  44
  3.5 结果与讨论  44-48
    3.5.1 AGT基因的表达  44-45
    3.5.2 AGTR2基因的表达  45
    3.5.3 ADR β 3基因的表达  45-46
    3.5.4 糖肾方防治糖尿病肾病的机理探讨  46-48
  3.6 本章小结  48-49
第4章 乳腺癌相关基因的初步研究  49-55
  4.1 本章引论  49
  4.2 实验部分  49-50
    4.2.1 实验样本  49
    4.2.2 实验试剂和仪器  49
    4.2.3 实验方法  49-50
  4.3 结果与讨论  50-53
    4.3.1 VEGF基因  50-51
    4.3.2 Cox-2基因  51-52
    4.3.3 Bcl-2基因  52-53
  4.4 本章小结  53-55
第5章 结论  55-56
  5.1 研究总结  55
  5.2 需进一步开展的工作  55-56
参考文献  56-62
致谢  62-63
硕士期间发表的学术论文  63-64
附录一.GO生物学过程注释  64-66
附录二.KEGG通路注释  66

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中图分类: > 医药、卫生 > 肿瘤学 > 泌尿生殖器肿瘤 > 乳腺肿瘤
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