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外源性绵羊肺腺瘤病毒NM株的基因克隆及序列分析

作　者: 韩硕
导　师: 刘淑英
学　校: 内蒙古农业大学
专　业: 基础兽医学
关键词: 绵羊肺腺瘤病 外源性绵羊肺腺瘤病毒 克隆 序列分析 蛋白结构预测
分类号: S852.65
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


为了扩增外源性绵羊肺腺瘤病毒NM株基因序列,参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒(AF105220)的基因序列,设计合成5对引物,从自然感染绵羊肺腺瘤病毒的肺脏组织中提取总RNA,以RNA为模板,应用RT-PCR技术分别对exJSRV-NM株基因进行扩增,产物分别为5个(442bp,1124bp,2796bp,2054bp,535bp)特异性基因片段,将其分别克隆入pMD19-T载体中进行双向测序并用DNAstar软件进行序列序列分析,获得各段exJSRV-NM株基因序列。结果表明,pro基因含有930个核苷酸,编码290个氨基酸；pol基因含有2628个核苷酸,编码873个氨基酸,env基因含有1848个核苷酸,编码615个氨基酸。其中在pol基因的3’末端还重叠一个额外的开放阅读框(orf-x)。基因两端分别存在一个长末端重复区(LTR),LTR-5长443bp,LTR-3长为537bp。exJSRV-NM株基因组在pol基因的3’末端重叠一个额外的开放阅读框(orf-x)。在env基因编码的TM区发现外源性exJSRV特异性的“YXXM”基序,位于env基因编码氨基酸序列的第590到593位上。这是具有致病性外源性exJSRV的特有序列,说明JSRV-NM是具有致病力的毒株。exJSRV-NM各段基因分别与国外已报道的外源性exJSRV进行同源性比较,并绘制进化树来估计它们的系统进化关系。通过遗传进化树发现我国分离株与外源性美国代表株(AF105220)具有比较近的亲源关系。应用生物信息学分析技术并对exJSRV-NM株pro、pol和env基因所编码的蛋白分别进行蛋白结构预测,均为亲水蛋白。这是我国首次应用RT-PCR技术扩增出外源性JSRV基因,并为我国科研工作者进行更深入的研究奠定基础。

全文目录


摘要  3-4
Abstract  4-8
1 引言  8-22
  1.1 绵羊肺腺瘤概述  8
  1.2 绵羊肺腺瘤病流行病学  8-9
    1.2.1 绵羊肺腺瘤病的发现与分布  8-9
    1.2.2 绵羊肺腺瘤病的流行病学特征  9
    1.2.3 OPA的传染源及传播途径  9
  1.3 绵羊肺腺瘤病的病原学  9-11
    1.3.1 病原的确定  9-10
    1.3.2 JSRV的分类地位  10
    1.3.3 JSRV的形态及理化性质  10
    1.3.4 JSRV的组织嗜性  10-11
    1.3.5 JSRV的抗原性  11
  1.4 绵羊肺腺瘤病的发病机理  11-14
  1.5 绵羊肺腺瘤病的临床症状与病理变化  14-15
  1.6 绵羊肺腺瘤病的诊断  15-16
    1.6.1 绵羊肺腺瘤病的临床和病理学诊断  15-16
    1.6.2 绵羊肺腺瘤病的分子生物学诊断  16
  1.7 绵羊肺腺瘤病的防制  16-17
  1.8 JSRV基因组结构及其编码的蛋白  17-20
    1.8.1 外源性绵羊肺腺瘤病毒的基因组结构  17
    1.8.2 JSRV基因组结构及其编码的蛋白  17-20
  1.9 JSRV的复制及其生活周期  20-21
  1.10 JSRV的受体  21-22
  1.11 绵羊肺腺瘤病与人的细支气管肺泡癌  22
  1.12 本研究的目的与意义  22
2 试验一外源性绵羊肺腺瘤病毒NM株基因LTR-5,pro,pol,env,LTR-3序列的克隆  22-40
  2.1 材料与仪器  23-25
    2.1.1 病毒材料  23
    2.1.2 主要仪器和耗材  23
    2.1.3 药品  23
    2.1.4 试剂  23-24
    2.1.5 试剂盒  24-25
  2.2 试验方法  25-28
    2.2.1 肺组织RNA的提取方法  25
    2.2.2 RT-PCR方法  25
    2.2.3 PCR产物的回收纯化  25-26
    2.2.4 目的片段与载体的连接与转化  26
    2.2.5 阳性克隆鉴定  26-27
    2.2.6 质粒的提取  27
    2.2.7 DNA测序  27
    2.2.8 序列比较分析  27-28
  2.3 结果  28-39
    2.3.1 exJSRV-NM基因分段扩增结果  28
    2.3.2 菌落PCR鉴定结果  28
    2.3.3 exJSRV-NM株LTR-5,pro,pol,env,LTR-3基因序列  28-33
    2.3.4 exJSRV-NM株基因pro,pol,env序列比较分析  33-39
  2.4 讨论  39-40
3 总体结论  40-42
致谢  42-43
参考文献  43-49
作者简介  49

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 动物医学（兽医学） > 兽医基础科学 > 家畜微生物学（兽医病原微生物学） > 家畜病毒学
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