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中国海南鲌遗传多样性的比较研究

作　者: 黎瑞宝
导　师: 章群
学　校: 暨南大学
专　业: 微生物学
关键词: 中国海南鲌控制区ND2基因遗传多样性
分类号: S917.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要

海南鲌（Culter recurviceps）作为我国海南岛水系和珠江水系特有珍贵鲤科鱼类，具有重要的经济和生态双重重要价值，既是宾馆酒店的名贵鱼类，又能维持水域生态系统的稳定，防止水域鱼类种群小型化。然而随着水环境污染的不断加重、水利的大量兴建以及过度捕捞和电鱼、炸鱼等不良人为因素的严重影响，导致海南鲌种群小型化和低龄化，野生资源也快速减少，加上海南鲌人工繁殖的滞后性，长此以往，海南鲌将面临物种灭绝的威胁。目前鱼类遗传学家还未对海南鲌进行全面系统的遗传进化研究，使海南鲌的相关保护建议、措施缺乏科学理论基础。为此，本文通过测定211尾来自海南岛水系和珠江水系12个海南鲌地理群体线粒体控制区ND2基因的序列，研究其遗传多样性、遗传结构和评估其历史扩张动态情况，获得了以下几个重要结果，为海南鲌的遗传保护、人工增殖放流、物种资源的可持续开发利用以及防止相关水域鱼类种群小型化、低龄化现象提出了科学依据。结果有：1.海南鲌密码子碱基组成上具有明显的A（32.9%）、C（31.9%），轻T（22.6%）、G（12.6%）的现象，其编码的疏水氨基酸含量明显多于亲水型氨基酸。2.海南岛水系和珠江水系的海南鲌遗传多样性较低，皆呈现高单倍型多样性（Hd=0.81）低核苷酸多样性（Pi=0.0079）特点。琼山群体（Hd=0.59064，Pi=0.0099）遗传多样性最高，儋州群体（Hd=0.11111，Pi=0.0001）最低。3.海南岛水系和珠江水系海南鲌存在较为明显的谱系结构和地理聚群现象。琼中、琼山、合浦和博白聚为一支系。其中，合浦群体以及郁南群体与其他群体遗传分化较高，亲缘关系较远。置信度大于90%，但D<0.05，是否存在亚种还需进一步研究。4.综合Tajima’s D和Fu’Fs中性检验及核苷酸不配对分析、单倍型多样性分析、核苷酸多样性分析、分子系统进化树分析以及歧点分布图分析等发现海南鲌种群可能在更新世晚期经历了种群扩张。5.合浦和郁南遗传分化较高，可考虑单独给予保护。可优先保护遗传多样较高的两个地理群体，即琼山群体（Hd=0.59064，Pi=0.0099）及横县群体（Hd=0.93333，Pi=0.00775）。

全文目录

摘要  3-5
Abstract  5-9
前言  9-28
  1. 海南鲌的研究概述  9-28
    1.1 海南鲌生物学特征  9-11
    1.2 海南鲌系统发育的研究进展  11-13
    1.3 鱼类遗传多样性及常见的研究方法  13-21
    1.4 鱼类线粒体控制区 DNA 分子标记的概述  21-25
    1.5 海南鲌遗传多样性的现状  25-26
    1.6 海南岛主要水系及珠江水系的简介  26-27
    1.7 本文研究目的及意义  27-28
第二章材料和实验方法  28-33
  2. 材料与方法  28-33
    2.1 材料  28-29
    2.2 实验仪器设备与药品试剂  29-30
    2.3 实验方法  30-33
第三章实验结果与分析  33-63
  3.1 海南鲌线粒体控制区 ND2 基因序列的特征分析  33-39
    3.1.1 海南鲌线粒体 ND2 基因组成特征分析  33-34
    3.1.2 海南鲌 ND2 基因编码的氨基酸组成分析  34-37
    3.1.3 海南鲌控制区 ND2 基因的结构组成  37-39
  3.2 分析海南鲌群体遗传结构多样性  39-45
  3.3 海南鲌 12 个地理群体间的遗传分化分析  45-50
  3.4 海南鲌的种群历史动态分析  50-62
    3.4.1 海南鲌遗传系数和基因流分析  50-52
    3.4.3 海南鲌中性检测  52-53
    3.4.4 海南鲌歧点分布研究  53-60
    3.4.5 海南鲌 12 个群体单倍型网状支系分布情况  60-62
  3.5 海南鲌 AMOVA 分析  62-63
第四章讨论与分析  63-66
  4.1 海南鲌种群历史动态分析  63
  4.2 海南鲌遗传多样性研究分析  63-64
  4.3 海南鲌群体遗传分化的分析与讨论  64-65
    4.3.1 海南岛水系海南鲌群体遗传分化的分析与讨论  64
    4.3.2 珠江水系海南鲌群体遗传分化的分析与讨论  64-65
  4.4 海南鲌遗传多样性的保护建议  65-66
第五章总结与展望  66-67
参考文献  67-75
硕士期间发表的论文  75-76
致谢  76

中国海南鲌遗传多样性的比较研究

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