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海南樱桃番茄和哈密瓜上几种双生病毒的分子鉴定

作　者: 林韶东
导　师: 罗大全
学　校: 海南大学
专　业: 植物病理学
关键词: 双生病毒樱桃番茄哈密瓜分子鉴定
分类号: S432.41
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要

双生病毒是一类具有孪生颗粒形态的植物单链环状DNA病毒,在世界范围内广泛发生,并已在多种重要经济作物上造成严重损失。自上世纪90年代起,我国相继在云南、广西、广东、海南、河南等省份的烟草、番茄、南瓜和番木瓜等多种作物上已发现了双生病毒的侵染。本研究对海南樱桃番茄和哈密瓜上几种双生病毒进行了分子鉴定。利用双生病毒的简并性引物PA/PB,对采白海南乐东黄流镇和三亚崖城镇的32份疑似双生病毒侵染的樱桃番茄样品,其中23个样品中存在双生病毒侵染,共检测到2种不同类型的双生病毒,FQ12病毒的DNA-A全长2774个核苷酸,与Malvastrum leaf curl virus isolate G100(AM260699)的序列相似性最高,仅为81.9%,根据国际病毒分类委员会的分类原则,该病毒为一个双生病毒的新种,命名为海南番茄曲叶病毒(Tomato leaf curl Hainan virus, ToLCHNV)。FQ13病毒的DNA-A全长为2746个核苷酸,与中国胜红蓟黄脉病毒(Ageratum yellow vein China virus-[Hn2-19])的序列相似性最高,为96%,该病毒为AYVCNV的一个分离物,命名为中国胜红蓟黄脉病毒FQ13分离物(Ageratum yellow vein China virus isolate FQ13, AYVCNV-[FQ13])。所有样品都没有发现卫星DNAβ组分。进一步检测发现,三亚采集的样品中仅含有AYVCNV,而乐东采集的样品中存在ToLCHNV和AYVCNV复合侵染的现象。利用双生病毒的简并性引物PA/PB,对采自海南乐东佛罗镇的12个疑似双生病毒侵染的哈密瓜样品进行了PCR检测,其中5个样品中存在双生病毒的侵染,HA1和HA3DNA-A基因组全长均为2736个核苷酸,两者间的序列同源性达96%。HA1、HA3均与NCBI上已经公布的SLCCNV-[Hn61](Squash leaf curl China virus isolate Hn61)分离物同源性最高,同源性分别为97%和99%。HAl和HA3分离物与SLCCNV的同源性大于89%,表明该病毒为中国南瓜曲叶病毒的分离物,分别命名为中国南瓜曲叶病毒HA1分离物(Squash leaf curl China virus isolate HA1, SLCCNV-[HA1])和中国南瓜曲叶病毒HA3分离物(Squash leaf curl China virus isolate HA3, SLCCNV-[HA3]),所有分离物都没有发现卫星DNAβ组分。

全文目录

摘要  4-5
ABSTRACT  5-9
上篇文献综述  9-21
  第一章双生病毒研究概况  9-21
    1.1 双生病毒的发生和危害  9
    1.2 双生病毒的分类和命名  9-10
      1.2.1 分类  10
      1.2.2 命名  10
    1.3 双生病毒的传播方式  10-11
    1.4 双生病毒的检测技术  11-13
      1.4.1 血清学检测技术  11
      1.4.2 电子显微镜检测技术  11
      1.4.3 分子生物学技术  11-13
      1.4.4 滚环扩增技术(RCA)  13
    1.5 双生病毒的致病相关因子  13-14
    1.6 菜豆金色花叶病毒属结构特征  14
    1.7 侵染番茄的双生病毒概况  14-18
    1.8 南瓜曲叶病毒研究概况  18-19
    1.9 本研究的目的和意义  19-21
下篇研究内容  21-41
  第一章材料与方法  21-26
    1.1 材料  21
      1.1.1 检测样品  21
      1.1.2 菌种、载体  21
      1.1.3 常用生化试剂及分子生物学试剂  21
      1.1.4 常用缓冲液及培养基及抗生素配制  21
      1.1.5 仪器  21
    1.2 方法  21-26
      1.2.1 植物总DNA的提取  21
      1.2.2 PCR反应  21-23
      1.2.3 PCR产物的纯化  23-24
      1.2.4 目标片段的克隆  24-25
      1.2.5 重组质粒的提取和鉴定  25
      1.2.6 序列分析  25-26
  第二章海南樱桃番茄上双生病毒的检测与鉴定  26-34
    2.1 樱桃番茄感病样品田间症状表现  26
    2.2 樱桃番茄上粉虱传双生病毒的PCR检测  26
    2.3 部分DNA-A片断的序列分析  26-27
    2.4 PCR扩增DNA-A  27-30
    2.5 FQ12、FQ13与其他双生病毒进化关系分析  30-32
    2.6 FQ12和FQ13卫星DNAβ的分子检测  32-34
  第三章海南哈密瓜上双生病毒的检测与鉴定  34-40
    3.1 哈密瓜样品田间症状表现  34
    3.2 哈密瓜上WTG的PCR检测  34
    3.3 部分DNA-A片断的序列分析  34-35
    3.4 PCR扩增DNA-A  35-37
    3.5 HA1、HA3与其他双生病毒进化关系分析  37-38
    3.6 HA1和HA3中卫星DNAβ的分子检测  38-40
  第四章结论与讨论  40-41
参考文献  41-46
附录A 番茄和哈密瓜样品详细信息  46-49
附录B 常用生化,分子生物学及仪器  49-50
附录C 常用缓冲液,培养基及抗生素配方  50-52
附录D 主要仪器  52-53
附录E 用于序列比较和进化分析的双生病毒各分离物  53-56
附录F 几种双生病毒的DNA-A全序列  56-60
致谢  60

海南樱桃番茄和哈密瓜上几种双生病毒的分子鉴定

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