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大鼠死后看家基因mRNA降解规律与晚期死亡时间推断的相关性研究

作　者: 任广睦
导　师: 王英元
学　校: 山西医科大学
专　业: 法医学
关键词: 法医病理学 死亡时间推断 mRNA降解 看家基因 实时荧光定量RT-PCR
分类号: Q953
类　型: 博士论文
年　份: 2007年
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内容摘要


目的：本研究从基因库中筛选出两种稳定表达于不同个体与组织细胞中的看家基因GAPDH和β-actin，采用实时荧光定量RT-PCR技术研究大鼠死后不同时间和不同脏器中两种看家基因的mRNA降解规律，建立mRNA降解的程度与死亡时间关系的回归方程，探索用于晚期死亡时间推断较为理想的组织，并试图建立标准化的RNA提取与定量检测方法，希望能最终应用于法医学实践中。方法：（1）选取SD大鼠28只，按不同死后经过时间分对照组（死后即刻）和实验组1～6（死后1天、3天、5天、7天、9天、12天），每组4只，对照组脊椎脱臼法处死后快速取出心、肝、脾、肺、肾、脑，称量多个小块（1g）组织置于液氮中保存备用。实验组脊椎脱臼法处死后置于人工气候箱内，设定条件为温度20℃，湿度50％，白天、黑夜各12小时。分别于1天、3天、5天、7天、9天、12天后各取出4只大鼠的心、肝、脾、肺、肾、脑，称量多个小块（1g）组织置于液氮中保存备用。（2）采用以膜提取技术（不含苯酚）为基础和以异硫氰酸胍／苯酚法为原理的两种商品化试剂盒对大鼠心、肝、脾、肺、肾、脑组织进行总RNA的提取，并进行总RNA的评价与鉴定，以分析评价两种提取方法的优劣及适用范围。（3）对组织中GAPDH mRNA和β-actin mRNA进行一步法RT-PCR检测，应用凝胶图像分析系统分别对各组织中GAPDH mRNA和β-actin mRNA扩增产物电泳图目标条带进行灰度扫描和光密度分析，计算出各条带相对灰度值和光密度值，结果以相对灰度（Relative grayscale）和积分光密度值（Integral optical density，IOD）表示，并筛选出在死后较长时间段仍能检出的组织脏器。（4）根据一步法RT-PCR扩增后产物凝胶电泳的实验结果，本文选取了在死后5天内仍能检测出扩增产物的脑组织和脾脏，使用SYBR GreenⅠ嵌合荧光法实时荧光定量RT-PCR技术，根据荧光信号的累积情况实时监测GAPDH mRNA和β-actin mRNA不同时间点的RT-PCR进程，并将PMI延长至12天，结果用循环阈值（简称Ct值）表示，分析死后经过时间与Ct值的线性关系，并最终建立死亡时间推断回归方程。（5）为探讨同一种看家基因上的不同位点，其降解速率是否也有一定规律性，本文选取了在死后较长时间内仍能检测出扩增产物的脑组织，对GAPDH mRNA的6个不同位点进行不同时间点的实时荧光定量RT-PCR监测，这些位点依次分布于GAPDH mRNA的5’～3’端。并将PMI时间延长、间隔增加（死后即刻、1天、5天、9天、12天），结果用循环阈值（简称Ct值）表示。通过检测大鼠死后不同时间脑组织中各位点GAPDH mRNA的降解，分析不同位点的降解规律及其与死后经过时间的相关性，试图寻找单一看家基因的降解规律。结果：（1）总RNA评价与鉴定均以对照组为例作比较，采用TRIzol试剂盒与SVTotal RNA Isolation System提取的总RNA纯度与得率均可满足下一步实验要求。各组织OD260／280均在1．9～2．1之间，结果无显著性差异（P<0．01）。但在SV Total RNA Isolation System中加入了DNaseⅠ消化，有效的去除了DNA污染，因此提取成功率明显高于TRIzol试剂盒。除SV Total RNA Isolation System对组织提取上限量要求较低外，不同提取方法获得的各组织脏器总RNA得率无显著性差异。各组织脏器中总RNA得率依次为肝脏>脾脏>心脏>大脑>肾脏>肺脏。均可满足下一步实验要求。（2）GAPDH mRNA、β-actin mRNA进行RT-PCR反应后，扩增产物的相对灰度与积分光密度值随死后经过时间的延长而逐渐减小，且与死亡时间显著相关，从扩增产物电泳图中可见大鼠脾脏和脑组织GAPDH mRNA和β-actin mRNA在死后5天内可被检出，心脏和肾脏在死后3天内可被检出，而肝脏和肺脏GAPDH mRNA和β-actin mRNA降解较快，仅在死后1天内被检出。以脾脏和脑组织检出时间最长。（3）使用SYBR GreenⅠ嵌合法实时荧光定量RT-PCR，根据荧光信号的累积实时监测脑组织和脾脏GAPDH mRNA和β-actin mRNA不同时间点的RT-PCR进程，经线性回归分析，GAPDH mRNA和β-actin mRNA的Ct值均与PMI之间存在显著的相关性，并得出死亡时间推断的回归方程（脑组织GAPDH：Y=15．312+1．531X，R2=0．943；脑组织β-actin：Y=15．609+1．750X，R2=0．953；脾脏GAPDH：Y=19．571+1．453X，R2=0．852；脾脏β-actin：Y=21．769+1．274X，R2=0．808）。（4）经线性回归分析，脑组织中各位点GAPDH mRNA均与死后经过时间有相关性，但不同位点的mRNA降解速率不同。各位点线性回归方程如下：GAPDH mRNA1：Y=15．501+1．577X R2=0．968，斜率为1．577GAPDH mRNA2：Y=15．717+1．596X R2=0．980，斜率为1．596GAPDH mRNA3：Y=15．772+1．553X R2=0．973，斜率为1．553GAPDH mRNA4：Y=15．487+0．936X R2=0．965，斜率为0．936GAPDH mRNA5：Y=15．580+0．892X R2=0．949，斜率为0．892GAPDH mRNA6：Y=15．570+0．829X R2=0．956，斜率为0．829各个线性回归方程中，GAPDH mRNA1～GAPDH mRNA3的斜率为1．577、1．596、1．553，这三个位点的降解速率基本相同。GAPDH mRNA4～GAPDH mRNA6的斜率为0．936、0．892、0．829，这三个位点的降解速率基本相同。但与前三个位点相比，斜率减小，说明后三个位点mRNA的降解速率要慢于前三个位点。以GAPDH mRNA 6作为外标，GAPDHmRNA1～GAPDH mRNA3与其的比值同PMI之间存在显著的相关性（回归方程分别为Y=1．015+0．029X，R2=0．898；Y=1．028+0．030X，R2=0．871；Y=1．031+0．028X，R2=0．879）。而GAPDH mRNA4和GAPDH mRNA 5与作为外标的GAPDH mRNA 6的比值同PMI之间无相关性。结论：（1）在研究机体死后mRNA降解规律的实验中，总RNA的提取是实验成功与否的关键，而不同商品化提取试剂均可满足实验要求，但从法医学实验室质量控制及检验结果是否具有可比性的角度出发，SV Total RNA Isolation System效果更好。（2）与一步法RT-PCR技术相比，SYBR GreenⅠ嵌合法实时荧光定量RT-PCR在定量分析mRNA降解的研究中是一个更理想的技术手段。选用看家基因作为PMI推断的研究对象，可在法医检案中消除其它基因因为个体差异带来的误差，更具实用性。Ct值作为动态监测机体死后不同时间点的客观指标，与死后不同时间点的线性关系良好，推断死后经过时间尤其是晚期死亡时间较为理想，（3）死后mRNA特别是看家基因mRNA的组织差异性研究表明，脑组织和脾脏中mRNA稳定性较好，适用于PMI特别是晚期PMI的推断。除环境温度外，环境湿度也是死亡时间推断研究中的重要影响因素，在今后的研究中应加以考虑。（4）同一种组织中，同一种看家基因的不同位点存在降解速率的差异性。造成这种差异性的原因可能是机体死亡后，在保证RNA分子完整性的前提下，mRNA的降解可能是从5’端向3’端进行的。因此选取看家基因作为引物时，应尽量选取靠近3’端的位点，这些位点降解速率慢，可能更适于研究晚期死亡时间的推断。同时在实验室结果比较中，也应将引物序列标准化，便于不同实验室的结果比较与评价。（5）采用RNA尤其是mRNA作为研究目标进行死亡时间推断为此研究领域提供了一个新的思路。

全文目录


中文摘要  5-8
英文摘要  8-11
插图和附表清单  11-12
缩略词表  12-13
正文  13-59
  第一章 绪论  13-16
  第二章 核酸定量分析中总RNA的提取及定量方法评价  16-39
    前言  16
    材料与方法  16-21
    结果  21-29
    讨论  29-38
    小结  38-39
  第三章 大鼠死后GAPDH mRNA多位点降解与PMI相关性研究  39-54
    前言  39
    材料与方法  39-43
    结果  43-49
    讨论  49-53
    小结  53-54
  参考文献  54-59
综述  59-66
  正文  59-63
  参考文献  63-66
附录  66-70
作者简历  70-72
致谢  72

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中图分类: > 生物科学 > 动物学 > 动物遗传学
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