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几种鲤鱼遗传多样性分析和松浦镜鲤分子辅助育种标记筛选

作　者: 闵霞
导　师: 石连玉
学　校: 上海海洋大学
专　业: 水产养殖
关键词: 鲤鱼微卫星相关分析 MHC 多态性多态核苷酸位点
分类号: S961
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

本文首先利用SPSS 13.0分析软件对194尾松浦镜鲤的体重、体长和尾长值进行相关分析,并选用扩增效果好的30个微卫星标记,检测新品种松浦镜鲤繁殖群体的有效等位基因数(Ne)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)等遗传参数,以卡方检验估计群体Hardy~Weinberg平衡,最后还将30个基因座的不同基因型与个体的体重、体长和尾长进行了相关分析。结果显示,体重与体长高度线性相关,差异极显著;尾长与体重、体长分别呈显著相关,差异显著。多样性指数结果表明共检测到172个等位基因,片段长度在115~432 bp之间,有效等位基因数为1.14~5.32;观测杂合度为0.07~0.92,期望杂合度为0.13~0.91;多态信息含量为0.12~0.79,其中高度多态(PIC≥0.5) 21个,中度多态(0.25≤PIC≤0.5) 7个,表明这个群体的多样性较高,信息含量比较丰富。研究还发现有4个遗传位点:HLJ328、HLJ693、MFW29和MFW48与体长性状显著相关(P<0.05),其中,位点HLJ328、HLJ693和MFW48还与体重性状显著相关(P<0.05),未发现与尾长性状相关的位点。本文获得的这些标记具有生长特性优势,可作为松浦镜鲤分子辅助育种的参考标记。根据NCBI已公布的鲤鱼 MHC II B基因序列,设计一对特异性引物,采用PCR~SSCP方法对松浦镜鲤鱼及其他5种鲤鱼群体MHC II B基因第3外显子108bp扩增片段进行多态性分析,结果共获得7种基因型(A~G),其中基因型为B型的个体数占所有群体总个体数的47.45%,且分布于所有群体,其它6种基因型出现频率范围为1.1%~17.15%。回收不同基因型的片段并测序,经比对共发现4个碱基多态位点和3个氨基酸多态位点。易捕鲤和大头鲤两群体中各发现4个突变位点(占3.7%);松荷鲤、松浦鲤和德国镜鲤群体各发现3个突变位点(占2.7%);松浦镜鲤群体仅发现2个突变位点(占1.8%)。通过Popgene软件计算出每个群体不同位点的杂合度和多态信息含量(PIC),6个鲤鱼群体的观测杂合度(Ho)最大值为0.7464,最小值为0.1037;多态信息含量为0.0623~0.3609。以期为今后深入研究鲤鱼MHC基因多态性及与鲤鱼抗病新品种的选育提供理论依据。

全文目录

摘要  4-6
ABSTRACT  6-12
引言  12-13
第一章文献综述  13-23
  1.1 分子遗传标记概述  13-14
    1.1.1 限制性片段长度多态性  13-14
    1.1.2 扩增片段长度多态性  14
    1.1.3 单核苷酸多态性  14
  1.2 微卫星分子标记技术在水产动物遗传方面的应用  14-18
    1.2.1 微卫星DNA 分子标记的发展及原理  15
    1.2.2 微卫星DNA 分子标记技术的特点  15-16
      1.2.2.1 保守性  15
      1.2.2.2 共显性  15-16
      1.2.2.3 多态性  16
      1.2.2.4 杂合度高  16
    1.2.3 微卫星标记在水产动物遗传研究中的应用  16-18
      1.2.3.1 亲缘关系的比较和鉴定  16-17
      1.2.3.2 遗传连锁图上的应用  17
      1.2.3.3 群体遗传结构的分析  17-18
  1.3 鱼类主要组织相容性复合体研究现状  18-23
    1.3.1 鱼类MHC 分子的结构  18-20
      1.3.1.1 鱼类 MHC I 类分子  18-19
      1.3.1.2 鱼类 MHC II 类分子  19-20
    1.3.2 MHC 基因的主要功能  20
      1.3.2.1 免疫功能  20
      1.3.2.2 组织排异  20
    1.3.3. MHC 基因在鱼类研究中的应用  20-23
      1.3.3.1 在鱼类系统进化中的研究  20-21
      1.3.3.2 在种群遗传及保护方面的研究  21
      1.3.3.3 在遗传辅助育种中的作用  21-23
第二章微卫星分子标记与松浦镜鲤3 个表型性状的相关分析  23-37
  2.1 试验材料  23
  2.2 试验方法  23-28
    2.2.1 DNA 提取  23-24
    2.2.2 微卫星引物  24-26
    2.2.3 PCR 扩增  26
    2.2.4 产物检测  26-27
      2.2.4.1 8%非变性聚丙烯凝胶的配制  26
      2.2.4.2 8%非变性聚丙烯凝胶的灌制  26-27
    2.2.5 电泳  27
    2.2.6 银染  27
    2.2.7 数据统计与分析  27-28
  2.3 结果与分析  28-35
    2.3.1 性状分布  28-29
    2.3.2 性状间的相关性分析  29
    2.3.3 PCR 电泳分析  29-34
    2.3.4 松浦镜鲤微卫星标记与体重、体长、尾长的相关性分析  34-35
  2.4 讨论  35-37
    2.4.1 表型性状间的相关性  35
    2.4.2 松浦镜鲤群体的遗传多样性水平分析  35-36
    2.4.3 微卫星标记与表型性状相关性分析  36-37
第三章 PCR~SSCP 技术条件的优化  37-41
  3.1 试验材料  37
    3.1.1 材料  37
  3.2 方法  37-38
    3.2.1 DNA 提取  37
    3.2.2 引物获取  37
    3.2.3 PCR 扩增  37-38
    3.2.4 SSCP 过程  38
  3.3 结果与分析  38-39
    3.3.1 PCR 扩增结果  38
    3.3.2 PCR 产物与上样缓冲液的比例  38-39
    3.3.3 凝胶浓度  39
    3.3.4 电泳温度  39
    3.3.5 凝胶中甘油的使用  39
  3.4 讨论  39-41
    3.4.1 PCR 产物的浓度  39-40
    3.4.2 凝胶浓度  40
    3.4.3 甘油的使用  40
    3.4.4 电泳温度的影响  40-41
第四章鲤鱼6 群体间MHCⅡB 第3 外显子的多态性分析  41-48
  4.1 试验材料  41-43
    4.1.1 试验样品  41
    4.1.2 DNA 提取  41
    4.1.3 设计引物  41-42
    4.1.4 PCR 扩增  42
    4.1.5 PCR-SSCP 反应条件  42
    4.1.6 目的片段回收及测序  42
    4.1.7 数据统计分析  42-43
  4.2 结果与分析  43-46
    4.2.1 PCR 产物扩增结果  43
    4.2.2 SSCP 电泳结果  43-44
    4.2.3 引物 HLJ~II3 测序结果及多态性  44-46
    4.2.4 Hardy-Weinberg 平衡与连锁不平衡分析  46
  4.3 讨论  46-48
结论  48-49
参考文献  49-56
附表一  56
附表二  56
附表三  56-58
附表四  58-59
致谢  59

几种鲤鱼遗传多样性分析和松浦镜鲤分子辅助育种标记筛选

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