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基于雷琼牛和海子水牛Cytochrome b和Alcohol dehydrogenase基因序列分析探讨分子钟检验以及其系统地位
作 者: 马国龙
导 师: 常洪
学 校: 扬州大学
专 业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 雷琼牛 海子水牛 线粒体cytb基因 核基因组ADH基因 分子钟检验 系统发育
分类号: S823
类 型: 硕士论文
年 份: 2007年
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内容摘要
本文对雷琼牛,海子水牛的线粒体编码基因细胞色素b(cytochrome b,cytb)全序列1140bp,以及核基因组中乙醇脱氢酶基因(alcohol dehydrogenase ,ADH)第5(ADH5)、第6(ADH6)、第7(ADH7)和第8(ADH8)外显子序列共计757bp分别进行聚合酶链式(PCR)反应扩增,设计相关测序引物并进行测序,雷琼牛分别获得cytb基因1140bp序列16条,ADH基因757bp序列18条;海子水牛分别获得cytb基因1140bp序列15条,ADH基因757bp序列18条,可以保证对0.3478以上的单核苷酸型频率值作出可靠估计。序列分析的结果发现:雷琼牛16条cytb基因1140bp序列中存在2个变异位点,定义了3种单倍型;18条ADH基因757bp序列中发现3个变异位点,定义了5种单倍型。海子水牛15条cytb基因1140bp序列中存在10个变异位点,定义了2种单倍型;18条ADH基因757bp序列中没有发现任何变异位点。以各种单倍型为基础,进行BLAST搜索,cytb基因选取牛亚科动物序列8条(瘤牛Bos indicus AF419237,普通牛Bos Taurus DQ186214,牦牛Bos grunniens AY374124,沼泽水牛Bubalus arnee carabanesis AY702618,河川水牛Bubalus arnee bubalis AF547270,低地水牛Bubalus depresscornis D88641,民都洛水牛Bubalus mindorensis D82895,非洲水牛Syncerus caffer D82888)并以绵羊(Ovis aries DQ459341)为外群,而ADH基因由于目前的相关研究比较缺乏,选取BLAST搜索的所有相关序列7条(犬Canis familiaris XM535667,猩猩Pongo pygmaeus CR858591,猕猴Macaca mulatta XM001099784,短尾猿Macaca fascicularis AK240628,马Equus caballus NM001082528,黑猩猩Pan troglodytes XM001166683,猪Sus scrofa AK233380)结合本实验室所测普通牛、牦牛和大额牛(Bos frontalis)同源序列分别进行分子钟(molecular clock)检验和系统发育树构建分析。分析结果表明:(1)无论是线粒体基因(cytb基因)还是核基因(ADH基因),在分析远缘物种间的进化速率是非匀速的,分子钟假说是不成立的,但是相对于近缘物种间来说,分子钟假说在一定范围内是成立的,推测进化速率的非匀速的是绝对的,而恒速的、匀速的、随机的分子进化(中性说)是相对的。(2)ADH基因的分化应该发生在牛属中各物种分化之前,在牛亚科家畜各属的分化之时。(3)从线粒体的cytb基因和ADH基因序列分析并结合BLAST搜索结果来看,雷琼牛具有丰富的遗传多态,以及独特的变异位点。由海子水牛ADH基因没有任何变异,而ADH基因的分化可能发生在牛亚科家畜各属的分化之时,推测中国水牛(沼泽型水牛)ADH基因可能同样严重缺乏多态性。海子水牛具有其独特的cytb基因的终止密码子AGG,首次报道了牛亚科动物cytb基因包含AGG,AGA两种终止密码子。(4)从母系起源的角度推测包括海子水牛在内的中国水牛(沼泽型水牛)与印度水牛(河川型水牛)、低地水牛和民都洛水牛一样是水牛属的不同的物种。(5)海子水牛可能存在两种母系起源,即现存的中国水牛存在两种甚至更多不同的母系起源。
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全文目录
中文摘要 5-7 英文摘要 7-9 1 文献综述 9-16 1.1 引言 9 1.2 分子钟假说 9-10 1.3 雷琼牛资源现状及分子系统学研究 10-11 1.4 cytb 基因及其在牛亚科家畜种的研究应用 11 1.5 ADH 基因的研究应用 11-12 1.6 利用 DNA 序列构建系统树的方法 12-15 1.6.1 距离法 12-14 1.6.2 最大简约法 14 1.6.3 最大似然法 14-15 1.6.4 贝叶斯推断法 15 本研究要解决的问题 15-16 2 材料与方法 16-21 2.1 样本采集 16 2.2 总 DNA 的提取及检测 16-17 2.2.1 DNA 的提取 16-17 2.2.2 DNA 质量检测 17 2.3 引物设计、PCR 扩增及扩增产物检测 17-19 2.3.1 引物设计 17-18 2.3.2 PCR 扩增 18-19 2.3.3 扩增产物检测 19 2.4 PCR 产物的回收、纯化与测序 19-20 2.5 数据统计分析方法 20-21 3 结果与分析 21-42 3.1 DNA 提取结果 21 3.2 PCR 扩增结果 21-23 3.3 测序结果 23 3.4 序列分析 23-27 3.4.1 cytb 基因序列分析 23-26 3.4.2 ADH 基因序列分析 26-27 3.5 系统树构建与检验 27-41 3.5.1 分子钟检验 27-33 3.5.2 系统发育检验 33 3.5.3 系统树构建 33-41 3.6 物种分歧时间估计 41-42 4 讨论 42-45 4.1 核苷酸替代模型与序列长度 42 4.2 序列类型 42-43 4.3 进化速率 43-44 4.4 雷琼牛系统地位以及遗传多样性 44 4.5 海子水牛系统地位以及遗传多样性 44-45 5 结论 45-46 参考文献 46-50 附录 50-58 附录 各基因部分测序图谱 50-58 致谢 58-59 攻读硕士学位期间发表的学术论文目录 59
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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 牛
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