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GATA4基因多态性与中国西北人群室间隔缺损的关联研究

作　者: 李静
导　师: 谢小冬
学　校: 兰州大学
专　业: 遗传学
关键词: 先天性心脏缺损 室间隔缺损 GATA4基因 无标记探针 基因多态性 单倍型
分类号: R541.1
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


研究背景：室间隔缺损(Ventricular septal defect, VSD)是先天性心脏缺损(Congenital heart defects, CHDs)中最为常见的一种类型,且具有较高的发病率。近来一些研究表明GATA4突变能够导致VSD。本研究旨在讨论GATA4基因中两个3’-非翻译区(3’-untranslated region,3’-UTR)的单核苷酸多态性(Single-nucleotide polymorphisms, SNPs)和中国西北人群中室间隔缺损的易感性之间的关系。方法：针对西北地区203例室间隔缺损患者和201例健康对照样本,我们使用无标记探针的方法对GATA4基因中的两个SNPs进行病例-对照研究。统计VSD病例组和对照组中每个位点基因型频率进行卡方检验并构建单倍型进行分析。结果：rs867858 (G/T)位点基因型分布频率中,与纯合G／G基因型相比,病例组杂合型G／T基因型能显著增加罹患VSD的风险[odds ratio(OR)=1.879,95% Confidence interval (95%CI):1.173-3.010, p=0.008]。rs904018 (A/G)位点纯合G／G基因型能降低患VSD的风险性(OR=0.491,95%CI:0.254-0.948, p=0.032),并且单个等位基因分析,rs904018位点G等位基因是一个弱的保护因素(OR=0.727,95%CI：0.540-0.979,p=0.036)。单倍型分析rs867858G/rs904018G存在能显著降低罹患室间隔缺损的几率(OR=0.748,95%CI:0.567-0.986, p=0.039)。结论：我们首次运用无标记探针的方法报道了GATA4基因中3’-非翻译区的基因多态性是中国人群室间隔缺损的致病因素,其结果表明GATA4基因的rs867858位点和rs904018位点与中国西北人群室间隔缺损相关。同时,运用无标记探针的方法进行基因分型是一种简单、快速和经济的方法。

全文目录


中文摘要  7-8
Abstract  8-9
1 前言  9-23
  1.1 室间隔缺损及其临床医学研究概况  9-14
    1.1.1 室间隔缺损的概述  9-11
    1.1.2 室间隔缺损的分型  11-12
    1.1.3 室间隔缺损的诊断与治疗  12-13
    1.1.4 室间隔缺损的病因  13-14
  1.2 GATA家族以及GATA4转录因子  14-17
    1.2.1 GATA家族  14-15
    1.2.2 GATA4基因  15-16
    1.2.3 GATA4基因3’-非编码区  16-17
  1.3 PCR-UP技术简介  17-18
    1.3.1 无标记探针  17
    1.3.2 PCR-UP技术  17-18
  1.4 GATA4基因在室间隔缺损中的研究进展  18-23
2 材料与方法  23-32
  2.1 实验材料  23-26
    2.1.1 主要仪器  23
    2.1.2 主要试剂  23-24
    2.1.3 主要液体的配制  24
    2.1.4 国际生物信息途径和计算机分析软件包  24-25
    2.1.5 研究对象  25-26
  2.2 实验方法  26-30
    2.2.1 主要技术路线  26
    2.2.2 标本基因组DNA的提取  26-27
    2.2.3 DNA纯度的分析  27-28
    2.2.4 引物和探针的设计  28
    2.2.5 不对称PCR反应  28-29
    2.2.6 高分辨溶解分析  29-30
    2.2.7 DNA测序以及序列分析  30
  2.3 统计分析  30-32
    2.3.1 Hardy-Weinberg平衡检测  30-31
    2.3.2 病例-对照组的关联分析  31
    2.3.3 连锁不平衡分析和单倍型分析  31-32
3 实验结果  32-42
  3.1 高分辨溶解分析所得基因型结果  32-34
  3.2 单个SNPs位点关联分析  34-36
    3.2.1 Hardy-Weinberg平衡检测  34
    3.2.2 rs867858位点关联分析  34-35
    3.2.3 rs904018位点关联分析  35-36
  3.3 不同遗传模式下的联合基因变异分析  36
  3.4 基因多态性在不同性别中的分布  36-41
    3.4.1 两个SNPs在女性中的差异  36-37
    3.4.2 两个SNPs在男性中的差异  37-41
  3.5 配对连锁不平衡检验  41
  3.6 单倍型分析  41-42
4 讨论  42-46
  4.1 PCR-UP技术平台的建立  42-43
  4.2 GATA4基因3'-UTR区SNP与VSD的关系  43-44
  4.3 联合基因变异分析  44-45
  4.4 VSD与性别的关系  45
  4.5 展望  45-46
5 结论  46-47
6 参考文献  47-56
附录一 在读期间参与的科研项目  56
附录二 在读期间发表的文章  56
附录三 本研究所得到的资金支持  56-57
致谢  57

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中图分类: > 医药、卫生 > 内科学 > 心脏、血管（循环系）疾病 > 心脏疾病 > 先天性心脏血管病
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