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结核分枝杆菌信号转导调控网络研究及新型免疫抗原的筛选鉴定和运用初探

作　者: 周培富
导　师: 谢建平; Yossef Av-Gay
学　校: 西南大学
专　业: 微生物学
关键词: 结核分枝杆菌血清学诊断信号传导系统蛋白酪氨酸激酶真核样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶
分类号: R392.11
类　型: 博士论文
年　份: 2012年
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内容摘要

结核病是由结核分枝杆菌(简称结核菌)感染引起的慢性传染病,长期以来严重影响人类的健康。目前全世界的结核病疫情依然十分严峻,是全球仅次于艾滋病感染导致死亡的第二大传染性疾病。全球近1/3的人口被结核菌感染,大部分处于潜伏性感染状态。当人体免疫力由于各种原因有所下降的时候,结核菌便开始生长,逐渐发展成活动性结核。这在艾滋病患者中,比率会更高。据世界卫生组织2011年全球结核病防控报告：在2010年,全球新增850-920万结核病例,120-150万病例死于结核病(其中不包括HIV阳性患者)。长期以来,由于结核病治疗周期长,导致治疗不彻底,抗生素在某种程度上的不合理使用及结核菌自身的进化,世界各地出现越来越多的耐多药结核菌(Multidrug-resistant TB, MDR-TB)和广泛耐药结核菌(Extensively drug-resistant TB, EDR-TB),使得抗结核药物面临巨大困境。而目前作为防止结核病的唯一疫苗牛分枝杆菌BCG (Mycobacterium bovis Bacillus Calmette-Guerin, BCG)的效果也不尽人意。该疫苗能对婴儿和儿童提供很好的保护,但是对成年人的保护效果降低且存在较大的差异。这也使得社会中的绝大多数群体成为结核菌潜在的感染对象。结核病的防治仍然是全球面临的一个艰巨任务,特别是在在贫困地区及发展中国家。我国仍然是全球22个结核病高负担国家之一。结核病年发病人数约为130万,占全球发病人数的14%,位居全球第二位。近年来,我国每年报告肺结核发病人数始终位居全国甲乙类传染病的前列；耐多药肺结核危害日益凸显,每年新发患者人数约12万,未来数年内可能出现以耐药菌为主的结核病流行态势；结核菌／艾滋病病毒双重感染患者人数持续增加,防治工作急待加强；中西部地区、农村地区结核病防治形势严峻。因此,新型药物,疫苗及诊断技术都必须不断发展和进步,以应对和控制目前和未来严峻的结核病疫情。首先,诊断是治疗的前提。目前结核病的诊断方法主要包括影像学、微生物学、免疫学和分子生物学诊断。基于特异性抗原-抗体反应的血清学免疫诊断方法因其耗时短,方法简单,样品容易获得及适应人群广泛等优点而备受青睐。目前存在的很多基于胶体金试纸条检测技术的快速结核病检测试盒由于灵敏性和特异性差异较大而不能满足临床使用要求。开发高特异性和高灵敏性的诊断方法主要依赖于特异性抗原的鉴定及检测方法的选择。电化学免疫传感器是将免疫测定法与高灵敏的电化学传感技术相结合的一类新型生物传感器,被广泛应用于痕量免疫原性物质的分析研究。因此,本实验结合蛋白质凝胶双向电泳与Western blot技术,将结核菌溶菌蛋白与结核病患者血清进行免疫杂交,鉴定杂交点,利用ELISA技术进行抗原性验证,再与免疫电化学传感器结合并探索在血清学检测中的运用潜力。免疫杂交发现4个信号较强的杂交点,LC-MS/MS鉴定产生最强信号的抗原蛋白为rv2175c基因编码的保守假设性的调节蛋白Rv2175c。克隆,表达并纯化Rv2175c后,利用该蛋白免疫兔子成功制备多克隆抗体血清。利用酶联免疫检测法(enzyme linked immunosorbent assay, ELISA)技术对几组健康人血清及结核病患者血清中抗Rv2175c特异性IgG进行检测,发现这些血清中对应抗体浓度非常低,且在健康人血清与结核病患者血清之间无明显差异。进一步利用包被了Rv2175c蛋白的免疫电化学传感器检测到结核病患者血清中存在较强信号,暗示结核病患者血清中存在一些能与Rv2175c蛋白发生特异性相互作用的抗体或其它蛋白。本文对结果进行了深入分析,并提出ELISA与免疫电化学传感器之间结果的差异,为后续相关实验提供经验。此外,结核菌在传播,胞内持留性感染等过程中都面临着各种苛刻的生存环境。因此,强大的信号转导系统是保存其能够感应信号并进行下游调控的重要基础,也是结核菌生存的关键。结核菌的信号转导系统主要由双组份调控系统(Two-component systems, TCS),真核样丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶(Ser/Thr protein kinases, STPKs)和丝氨酸／苏氨酸磷酸酶系统,酪氨酸蛋白激酶(Protein tyrosine kinase, PTK)和酪氨酸磷酸酶系统,σ因子系统组成。PtkA是目前结核菌中发现的唯一的酪氨酸蛋白激酶,其自磷酸化和底物蛋白磷酸化均发生在酪氨酸残疾上。编码酪氨酸的密码子为GC含量很低的UAU或UAC,而分枝杆菌属细菌均为高CG含量,均在65%左右。酪氨酸在这样的情况下并没有优势,但PtkA仍然结核菌的漫长进化中保存了下来,因此它必然在结核菌中承担者比较重要的功能。而目前对PtkA仅有的了解是它能够磷酸化酪氨酸磷酸酶PtpA。为了探索PtkA在结核菌中的更多生理功能,本研究首先从野生型结核菌H37Rv及结核菌H37Rv ΔptkA缺失突变菌株,牛分枝杆菌BCG和牛分枝杆菌BCGΔptkA缺失突变株入手,用蛋白质凝胶双向电泳方法对比野生型菌株与缺失突变菌株之间胞质蛋白表达谱上的差异。结果显示ptkA基因的缺失对结核菌的胞质蛋白表达谱影响较大,而对牛分枝杆菌则没有明显的影响。进一步的质谱分析鉴定了结核菌H37Rv ΔptkA菌株与结核菌H37Rv相比,表达量明显下降的三个蛋白点为低氧反应蛋白1,热休克蛋白HspX和普遍胁迫蛋白Rv2623。这些蛋白涉及多方面的环境压力应急及免疫原性等,且都同属于结核菌休眠调控蛋白DosR调控子,暗示了PtkA可能涉及结核菌的压力反应,休眠与结核菌免疫原性等方面。而在ptkA基因及其临近基因在序列和基因组上的排布与结核菌完全一样的牛分枝杆菌中,ptkA的缺失对胞质蛋白表达谱几乎没有影响,进一步暗示ptkA可能在结核菌中发挥了重要功能。本实验为后续的工作提供了一个大体的研究方向。另外,PtkA作为一个蛋白酪氨酸激酶,其发挥生理功能的方式是通过磷酸化其底物蛋白,改变底物蛋白的功能活性,进而调控相关的代谢。而PtpA是其已知的唯一磷酸化底物。PtpA通过结合巨噬细胞空泡膜上的H+-ATPase中的H亚基并去磷酸化HOPS (homotypic vacuole fusion and vacuole protein sorting)复合体上VPS33B(human class C Vacuolar Protein Sorting VPS33B)蛋白来阻止吞噬体与溶酶体的结合,在结核菌的持留性感染中发挥至关重要的作用。对如此重要的一个生理过程,PtkA是如何感应细胞中的环境,在什么样的条件下磷酸化和调控PtpA的功能呢?它自身又有没有受到其它蛋白的调控呢?除了PtpA以外,PtkA还调控着哪些重要的生理功能呢?为此,我们首先将PtkA与结核菌的胞质蛋白在体外进行孵育,以期能够发现更多的磷酸化底物蛋白,却意外的发现了PtkA蛋白受到结核菌中内源性蛋白激酶的磷酸化。结合已有知识,推定磷酸化PtkA的内源性蛋白激酶应该为STPKs。我们首先克隆,表达和纯化了PknB, PknD, PknG和PknH。体外蛋白激酶反应发现这四个蛋白激酶均能对PtkA进行不同程度的磷酸化,其中以PknD对PtkA的磷酸化活性最强,PknG次之。进一步的实验证实PknD以时间及浓度依赖的方式对PtkA进行磷酸化,证明了PtkA是PknD的特异性磷酸化底物。利用LC-MS/MS分析发现PknD对PtkA的磷酸化位点为T119和另外一个靠近其自磷酸化位点y262的基序,暗示其可能影响自磷酸化位点附近的结构,进而改变其自磷酸化活性,间接改变其底物磷酸化活性。因此,STPKs可能通过调控PtkA而间接调控PtpA的功能,影响结核菌与宿主之间的相互作用和持留性感染。本实验结果又一次揭示了结核菌中信号转导系统之间的相互调控关系,展示了结核菌信号传导系统的复杂性和调控的多层次性。

全文目录

摘要  5-8
Abstract  8-12
第1章文献综述  12-40
  1 结核病现状  12-13
    1.1 全球结核病疫情  12
    1.2 中国结核病疫情  12-13
  2 结核分枝杆菌信号转导系统  13-33
    2.1 概况  13-15
    2.2 真核样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶  15-20
    2.3 PTK-磷酸酶系统  20-24
    2.4 结核菌信号转导系统运用潜力  24-33
  参考文献  33-40
第2章结核菌新型免疫抗原的筛选鉴定和运用初探  40-54
  1 引言  40-41
    1.1 结核病诊断的重要性及现状  40
    1.2 电化学免疫传感器在诊断中的作用  40-41
  2 材料和方法  41-44
    2.1 菌株及培养条件  41
    2.2 结核分枝杆菌溶菌产物制备  41-42
    2.3 蛋白质双向凝胶电泳和Western blot及杂交点质谱鉴定  42
    2.4 Rv2175c的克隆表达及纯化  42
    2.5 多克隆抗体的制备  42
    2.6 血清样品  42-43
    2.7 ELISA  43
    2.8 电化学免疫传感器的制备和血清检测  43-44
  3 结果与分析  44-49
    3.1 结核菌中4个蛋白点能够与结核菌患者血清杂交呈现较强信号  44
    3.2 免疫杂交点B为rv2175c基因编码的保守假设性的调节蛋白  44-45
    3.3 Rv2175c的克隆,表达及纯化  45
    3.4 多克隆抗体的制备  45-46
    3.5 Rv2175c特异性IgG健康人与结核病患者血清中很低,ELISA未能检测差异  46-47
    3.6 电化学免疫传感器能有效检测出结核病人血清中与Rv2175c相互作用分子  47-49
  4 结论与建议  49-51
    4.1 结论与讨论  49
    4.2 建议  49-51
  参考文献  51-54
第3章结核菌H37Rv及牛分枝杆菌BCG中ptkA基因缺失后的蛋白质组学研究  54-64
  1 引言  54-55
  2 材料和方法  55-56
    2.1 菌株及培养条件  55
    2.2 结核菌全菌体蛋白的制备  55
    2.3 蛋白凝胶双向电泳  55
    2.4 蛋白差异点质谱鉴定  55-56
  3 结果与分析  56-59
    3.1 ptkA在结核菌H37Rv中的缺失导致蛋白质表达谱的上较大差异,但在牛分枝杆菌BCG中导致的差异并不明显  56
    3.2 结核菌H37Rv菌株中差异表达蛋白的鉴定  56-59
  4 讨论  59-61
    4.1 ptkA基因在结核菌中涉及压力反应,休眠及免疫原性  59-61
    4.2 为何ptkA基因的缺失对结核菌蛋白谱在不同菌株中差异较大?  61
  5 结论与建议  61-62
  参考文献  62-64
第4章结核菌PtkA受STPKs磷酸化调控  64-78
  1 引言  64-65
  2 材料与方法  65-67
    2.1 菌株及培养条件  65
    2.2 基因克隆,蛋白表达与纯化  65
    2.3 结核菌全菌体蛋白制备  65
    2.4 体外蛋白激酶实验  65-66
    2.5 PtkA磷酸化位点鉴定  66-67
  3 结果与分析  67-76
    3.1 PtkA被结核菌中内源性的蛋白激酶磷酸化  67
    3.2 STPKs体外磷酸化PtkA  67-68
    3.3 PknD以时间和浓度依赖的方式磷酸化PtkA  68-69
    3.4 PknD磷酸化PtkA的T~(119)和C-端靠近自磷酸化位点的一个基序  69-76
  4 结论与建议  76-77
  参考文献  77-78
致谢  78-80
发表论文及参加课题一览表  80

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