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枯草杆菌响应缬氨酸，谷氨酸和谷氨酰胺的转录组研究

作　者: 张燕
导　师: 叶邦策
学　校: 华东理工大学
专　业: 生物化工
关键词: 恒化培养 基因芯片 差异基因 T-profiler 代谢途径分析
分类号: Q78
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


微生物会通过调整转录来适应外界环境。本研究使用安捷伦芯片来研究枯草杆菌响应缬氨酸,谷氨酸和谷氨酰胺的时间序列基因表达谱。当枯草芽孢杆菌在5L发酵罐中处于恒化状态时,通过添加氨基酸来改变转录组,使用包含4106个基因的基因芯片来研究三种氨基酸对枯草杆菌的转录调控的作用,取样时间点分别为加样前,加样后5min,30min,2h,8h或24h共5个样。实验数据分析发现分别有673,835和1135个基因在一个时间点或多个时间点基因表达发生显著变化。这些基因涉及到细胞形成,胞内运输,氨基酸和核苷酸代谢,转录调控,鞭毛形成,趋化性,芽孢形成和一些功能未知的基因。同时也分析了5min的差异基因,这些快速响应基因很大一部分涉及到分子的转运。除了分析响应单个氨基酸的差异基因外,我们还同时结合三个氨基酸的数据,得到922个实验间不同表达基因。这些基因使用一些计算软件进行分析,包括T-profiler分析,聚类分析等。本研究反映了三种氨基酸共同和特异的作用方式,能帮助解释三种氨基酸各自的作用机制。

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中图分类: > 生物科学 > 分子生物学 > 基因工程（遗传工程）
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