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甘蓝型油菜A3染色体遗传连锁图谱的构建

作　者: 韩芳
导　师: 吴江生；刘克德
学　校: 华中农业大学
专　业: 作物遗传育种
关键词: 甘蓝型油菜 遗传连锁图谱 简单重复序列 同线性 多态性
分类号: S565.4
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


本研究以No.2127-17和中油821为两亲本构建的DH群体中的182个株系为材料,进行甘蓝型油菜SSR标记的开发和甘蓝型油菜A3染色体遗传连锁图谱的构建。随后将该图谱与白菜标准图谱进行了比较分析。取得的实验结果如下：1.设计合成了2294对油菜SSR引物,并且根据SSR序列的来源将它们命名为"BrGMS",然后挑选其中位于A3染色体的262对甘蓝型油菜SSR引物进行研究。这262对引物的SSR序列分别含有2-5个核苷酸的重复。其中二核苷酸和三核苷酸的重复类型的数量最多。在二核苷酸重复类型中AG重复最多,其次是AT重复,再是AC重复,没有CG重复。在三核苷酸重复类型中AAG重复最多。通过六对亲本检测,其中有124对引物在亲本No.2127-17和中油821间表现出多态性,占总引物数的47.3%。本研究开发的262对位于甘蓝型油菜A3染色体上面的重复长度在20bp-24bp之间,其中重复长度在22bp的SSR引物数目最多,多态性最高,占总数的79.0%和71.0%。2.用上述亲本间存在多态性的124对SSR引物对DH群体182个单株进行基因型分析,利用JionMap3.0软件,取LOD临界值为7.0,绘制一张甘蓝型油菜A3染色体的遗传连锁图谱,该图谱含有76个SSR标记位点的。图谱总长度145cM,标记间平均距离为1.90cM。3.将此连锁图与白菜的标准遗传连锁图谱进行了比较。结果显示该连锁图谱与白菜的两个已发表的标准图谱进行比较分析,具有很好的同源性。构建的A3染色图遗传连锁图谱中,有21个位点与白菜的VCS_DH群体的R3染色体具有同源性,占总位点的27.6%。有18个位点与白菜的JWF3P群体的R3染色体具有同源性,占总位点的23.7%。有16个位点与白菜的CKDH群体的R3染色体具有同源性,占总位点的21.1%。4.将此连锁图与白菜的标准物理图谱进行了比较。结果显示47个BAC中有40个BAC包含在31个重叠群中,另外7个不在任何一个重叠群里面,有6组BAC来源于相同的重叠群,这31个重叠群包含了2302个BAC和另外7个单独的BAC,这2309个BAC的物理距离为21.75Mb。

全文目录


摘要  6-7
Abstract  7-9
缩略语表  9-10
1 前言  10-21
  1.1 遗传标记的发展  10-12
    1.1.1 遗传标记概述  10-11
    1.1.2 分子标记技术  11-12
  1.2 SSR标记技术  12-15
    1.2.1 SSR标记产生的机理及其在基因组中的分布  12-13
    1.2.2 SSR标记的开发  13-14
    1.2.3 SSR标记技术的应用  14-15
    1.2.4 SSR标记在芸薹属植物中的研究进展  15
  1.3 遗传连锁图谱的研究  15-19
    1.3.1 遗传连锁图谱的构建  16-18
    1.3.2 遗传连锁图谱的应用  18-19
    1.3.3 甘蓝型油菜遗传图谱研究进展  19
  1.4 研究目的及意义  19-21
2 实验材料和方法  21-26
  2.1 材料  21
  2.2 实验方法  21-26
    2.2.1 技术路线  21
    2.2.2 DNA提取  21-22
    2.2.3 甘蓝SSR标记的开发及遗传连锁图谱的构建  22-23
    2.2.4 扩增产物凝胶检测  23-24
    2.2.5 连锁分析及图谱构建  24-25
    2.2.6 与白菜标准图谱的比较分析  25-26
3 结果与分析  26-36
  3.1 SSR标记的开发  26-31
    3.1.1 甘蓝型油菜SSR标记的开发  26-27
    3.1.2 SSR重复长度与多态性的关系  27-29
    3.1.3 新开发的甘蓝型油菜SSR引物在六亲本间的多态性分析  29-31
  3.2 甘蓝型油菜遗传连锁图谱的构建  31-35
    3.2.1 群体中标记多态性分析  31-32
    3.2.2 连锁图谱的构建  32-35
  3.3 甘蓝型油菜与白菜的同线性分析  35-36
    3.3.1 甘蓝型油菜与白菜遗传连锁图谱的同线性分析  35-36
    3.3.2 甘蓝型油菜与白菜物理图谱的同线性分析  36
4 讨论  36-40
  4.1 对甘蓝型油菜SSR标记的分析  36-37
  4.2 甘蓝型油菜A3染色体遗传连锁图的可靠性评价  37-39
  4.3 该图谱与白菜标准图谱的比较分析  39-40
参考文献  40-49
附录  49-50
致谢  50

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中图分类: > 农业科学 > 农作物 > 经济作物 > 油料作物 > 油菜籽（芸薹）
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