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中国河北省卢龙地区猪C组轮状病毒分子流行病学检测和特性分析

作　者: 彭蕊
导　师: 赵春燕
学　校: 吉林大学
专　业: 微生物学
关键词: 猪C组轮状病毒卢龙分子流行病学 VP4 VP6 VP7
分类号: S858.28
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要

目的了解C组轮状病毒在我国卢龙地区猪中的感染率和VP6分子的多样性特点，并进一步了解该地区C组轮状病毒的其他主要基因片段(VP7和VP4)的分子流行病学特征，这可以为明确猪GCRV流行状况、清晰猪GCRV与人等其他宿主GCRV的进化关系以及预防猪GCRV感染提供依据。方法采集2007年冬至2008年春季河北省卢龙县腹泻和正常猪的粪便标本共793份。应用C组轮状病毒筛查的特异引物，主要采用巢式反转录-聚合酶链反应（NestRT-PCR）的方法对C组轮状病毒进行检测，对强阳性标本进行VP4和VP7序列的部分或全长扩增及克隆，并对最终测序结果进行同源性和系统进化分析。结果在793份卢龙猪粪便标本中，共检出C组轮状病毒132份，阳性率为16.65%。卢龙猪GCRV之间同源性差距大，进化关系较远，并且该多样性广泛存在。与卢龙猪GCRV的VP6基因序列同源性最高、进化关系最近的均为南韩猪GCRV。对GCRV强阳性标本进行基因克隆和扩增，共6例GCRV标本（Z167、Z761、Z663、Z638、Z776、Z677）既获得了VP4基因部分序列，也扩增出了VP7基因全长序列。同源性分析和进化分析结果显示，Z167, Z761和Z663与G1基因型参考株亲缘关系最近，Z638、Z776分别与G3基因型和G6基因型参考株亲缘关系最近。而Z677与所有参考株的亲缘关系都较远。两个基因片段中，仅Z776的VP7片段表现为与南韩猪GCRV144-04-7的同源性最高。结论2007年冬至2008年春季，GCRV在我国河北省卢龙地区猪中感染率较高，分子差异大。该地区猪GCRV流行状况与南韩相似，并可能存在基因重配。6个阳性GCRV株分别属于G1、G3、G6基因型，并可能存在新G基因型的阳性株，建议将其（Z677）划为新的G基因型。VP6序列相对于VP4和VP7序列都较保守。实验提供的数据为进一步研究猪C组轮状病毒的分子流行特征提供了基础，也为进一步研究人类与猪C组轮状病毒之间的联系提供了依据。

全文目录

前言  4-5
论文摘要  5-7
Abstract  7-11
第1章综述  11-19
  1.1 轮状病毒概述  11-15
    1.1.1 病毒形态及分子特征  11-12
    1.1.2 结构蛋白和非结构蛋白  12-13
    1.1.3 病毒抗原和分类  13-14
    1.1.4 细胞培养  14
    1.1.5 流行病学  14-15
  1.2 C 组轮状病毒研究进展  15-19
    1.2.1 病原学和流行病学  15-16
    1.2.2 分子流行病学  16-17
    1.2.3 检测技术的发展  17-18
    1.2.4 展望  18-19
第2章实验研究  19-48
  2.1 我国河北省卢龙地区猪 GCRV 的筛查  19-30
    2.1.1 实验材料  19-20
    2.1.2 实验方法  20-25
    2.1.3 结果  25-28
    2.1.4 讨论  28-29
    2.1.5 小结  29-30
  2.2 卢龙地区猪 GCRV VP4、VP7 基因片段的分析  30-48
    2.2.1 实验材料  30
    2.2.2 实验方法  30-33
    2.2.3 结果  33-46
    2.2.4 讨论  46-47
    2.2.5 小结  47-48
第3章结论  48-49
参考文献  49-54
作者简介及在学校期间取得的科研成果  54-55
致谢  55-56

中国河北省卢龙地区猪C组轮状病毒分子流行病学检测和特性分析

内容摘要

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