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2011-2012年我国部分地区PRRSV动态调查及遗传演化分析

作　者: 刘沫飞
导　师: 黄保续
学　校: 东北农业大学
专　业: 临床兽医学
关键词: 猪繁殖与呼吸综合征病毒 NSP2高变区基因 ORF5基因 分子流行病学
分类号: S858.28
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
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内容摘要


猪繁殖与呼吸综合征(Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome，PRRS)最早于1987年发现于美国南部，该病的主要症状是妊娠母猪的繁殖障碍和仔猪的呼吸系统疾病，俗称“蓝耳病”。引起该病的病原是猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine Reproductive and RespiratorySyndrome virus，PRRSV)，PRRSV属于动脉炎病毒科，为有囊膜的单股正链RNA病毒，具有广泛的变异性和毒株多样性。本研究对2011年辽宁等十二个省区119个定点监测屠宰场1707份组织病料，164个疑似发病场1255份组织病料，以及2012年辽宁等十二个省区105个定点监测屠宰场1485份组织样本，152个疑似发病场588份组织病料，进行检测。结果显示，2011年屠宰场和疑似发病场的阳性率分别为16.75%，42.80%；2012年屠宰场和疑似发病场的阳性率分别为15.26%，21.09%。通过对结果的分析和比较，发现2011-2012年间定点监测屠宰场和疑似发病场的阳性率均有下降，疑似发病场阳性率下降幅度较大。应用Marc-145细胞对检测呈阳性的病料进行病毒分离，根据GenBank收录的国内外PRRSV参考毒株序列，运用Primer Premier version5.0软件设计扩增NSP2基因高变区序列引物(T1、T2)和ORF5基因全序列引物（P1、P2），用RT-PCR方法分别进行NSP2基因高变区片段和ORF5基因全序列扩增，将扩增出的目的片段与pGEM-T easy载体进行连接转化，获得包含目的片段为420bp和603bp的重组质粒，并通过菌液PCR鉴定后，送去测序。结果表明，共获得PRRSV的NSP2高变区基因序列57个，ORF5基因序列59个，扩增的NSP2基因核苷酸序列同源性为89.6%~100%，扩增的ORF5基因核苷酸序列同源性为90.5~100%；扩增的ORF5基因推导编码氨基酸序列的同源性为82.1~99.5%。通过与经典毒株JXA1、CH-1a、VR-2332等序列对比并构建基因遗传进化树，发现所获得的毒株均为美洲型毒株。运用DNAstar软件包中的MegAlign软件对所获得的基因序列进行比较分析，并且同国内已发表CH-1a、HB-1(sh)2002、JXA1等毒株以及国外已发表的标准株VR-2332分别进行核苷酸及氨基酸变异性分析。结果显示，NSP2基因的核苷酸变异主要表现为不连续的90个核苷酸的缺失；ORF5基因推导氨基酸序列变异主要表现为氨基酸点的突变。分析分离到的毒株和参比毒株构建的遗传进化树，本研究所获得的PRRSV分离株与国内分离株JXA1的遗传关系较近。我国2011年-2012年流行的优势毒株仍然是以JXA1为代表的变异株，属于第4亚群。

全文目录


英文缩写对照表  8-9
摘要  9-10
Abstract  10-12
1 前言  12-22
  1.1 猪繁殖与呼吸综合征病毒概况  12-21
    1.1.1 PRRSV 病原学  12-13
    1.1.2 PRRS 流行病学  13
    1.1.3 PRRSV 致病机理  13-14
    1.1.4 PRRS 临床症状和病理变化  14-15
    1.1.5 PRRSV 主要结构蛋白与功能  15-18
    1.1.6 PRRSV 非结构蛋白与功能  18-19
    1.1.7 PRRS 主要诊断方法  19-21
  1.2 研究内容  21
    1.2.1 PRRS 流行病学调查  21
    1.2.2 PRRSV 的分离鉴定及 ORF5 和 NSP2 基因序列的测定和分析  21
  1.3 研究目的与意义  21-22
2 材料与方法  22-34
  2.1 我国部分地区猪繁殖与呼吸综合征流行病学调查材料与方法  22-24
    2.1.1 试验材料  22-23
    2.1.2 试验方法  23-24
  2.2 我国部分地区 PRRSV 病原分离鉴定及遗传演化分析材料与方法  24-34
    2.2.1 试验材料  24-29
    2.2.2 试验方法  29-34
3 结果与分析  34-57
  3.1 我国部分地区猪繁殖与呼吸综合征流行病学调查结果  34-38
    3.1.1 PRRSV 检测结果  34
    3.1.2 各省检测结果数据统计  34-38
  3.2 我国部分地区 PRRSV 病原分离鉴定及遗传演化分析结果  38-57
    3.2.1 PRRSV NSP2 基因和 ORF5 基因的 RT-PCR 扩增结果  38-39
    3.2.2 PRRSV NSP2 基因和 ORF5 基因的重组质粒鉴定结果  39-40
    3.2.3 PRRSV NSP2 基因和 ORF5 基因的序列测定结果  40-45
    3.2.4 NSP2 基因核苷酸序列及其推导编码氨基酸的同源性分析  45-48
    3.2.5 依据 NSP2 基因核苷酸序列绘制遗传进化树  48-50
    3.2.6 ORF5 基因核苷酸序列及推导编码氨基酸序列的同源性分析  50-54
    3.2.7 依据 ORF5 基因核苷酸序列绘制遗传进化树  54-56
    3.2.8 GP5 蛋白的氨基酸变异分析  56-57
4 讨论  57-61
  4.1 我国部分地区猪繁殖与呼吸综合征流行病学调查  57
  4.2 PRRSV 的分离与鉴定  57-58
  4.3 NSP2 基因的变异  58-59
  4.4 ORF5 基因核苷酸的变异  59
  4.5 GP5 蛋白的变异  59-60
  4.6 NSP2 和 ORF5 基因扩增数目的差异  60-61
5 结论  61-62
致谢  62-63
参考文献  63-71
附录  71-91
攻读学位期间发表的学术论文  91

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 动物医学（兽医学） > 各种家畜、家禽、野生动物的疾 > 家畜 > 猪
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