学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

鸡LPIN1基因多态与固始鸡资源群性状的关联研究

作　者: 王润之
导　师: 黄艳群
学　校: 河南农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 鸡 LPIN1基因多态性关联分析单倍型
分类号: S831
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
下　载: 7次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载

内容摘要

LPIN1基因是LPIN家族的一员,是调控脂肪细胞分化与脂类代谢的关键基因。但LPIN1基因表达对脂肪沉积的效应在转基因过量表达小鼠和自然人群的研究却有相反的结论,有必要以其它模式动物为对象进行该基因在自然群体中对脂肪沉积效应的深入研究。本研究采用直接测序等方法在固始鸡等6个鸡品种间检测LPIN1基因的多态性,发现了36个SNP位点,5个插入/缺失变异位点,分别位于Exon1的5’端和Exon6的内含子-外显子边界及其编码区。其中-308E1、-16E6、1015E6和1128E6等位点在固始鸡品种中分布较为广泛,采用创造性酶切位点PCR-RFLP PCR(CRS-Forced-PCR-RFLP)分别检测-308E1和1015E6的变异在固始鸡资源群的分布及其与性状的关联分析,结果表明,TT基因型个体在腹脂、腹脂率方面显著高于CT基因型个体,甘油三酯含量显著高于CC基因型个体;CC基因型个体的全净膛率显著高于CT型和TT型个体;GCA缺失纯合型个体的心脏率方面显著高于插入/缺失杂合型个体,血液中甘油三酯浓度显著高于插入纯合型个体。采用10%聚丙烯酰胺电泳方法分别检测外显子6内含子边界-16E6(ATTATT插入/缺失)及1128E6(TGCTTGCTCAGC插入/缺失)变异固始鸡资源群的分布及其与性状的关联分析分析,结果表明:-16E6处ATTATT缺失纯合型个体在腿重、腿肌和全净膛率方面显著高于插入/缺失杂合型个体, ATTATT插入纯合型个体的腿重率显著高于缺失型个体;1128E6处TGCTTGCTCAGC插入纯合型个体脾重和血液中葡萄糖含量显著低于插入/缺失杂合型个体。通过Phase2.0软件对外显子1和外显子6的变异信息分别进行分析,在外显子1的5’区域获得了4种单倍型,统计其频率分布发现含有2处插入/缺失的单倍型E1Hap4主要分布于卢氏鸡和来航鸡品种中;外显子6的多态统计分析获得了4种单倍型,其中含有3处插入/缺失的单倍型E6Hap4主要分布于固始鸡、卢氏鸡和来航鸡品种中。将外显子1和外显子6的多态信息合并分析,获得了19种单倍型,其中频率大于5%的5种单倍型Hap1、Hap8、Hap9、Hap11、Hap18共占67%。总体看来, LPIN1基因在鸡品种内和品种间均存在丰富的多态性,固始鸡资源群体中,LPIN1基因上的变异对与脂肪相关性状有显著的影响。

全文目录

致谢  4-9
中文摘要  9-10
1 文献综述  10-15
  1.1 LPIN1 基因的研究现状  10-11
    1.1.1 LPIN1 基因的发现  10
    1.1.2 LPIN1 基因的定位  10-11
    1.1.3 LPIN1 基因的序列比较  11
  1.2 LPIN1 基因的功能、突变及其对肥胖的影响  11-15
    1.2.1 LPIN1 基因的功能  11-12
    1.2.2 LPIN1 基因的突变  12
    1.2.3 LPIN1 基因对肥胖的影响  12-15
2、鸡LPIN1 核苷酸序列多态检测及分析  15-40
  2.1 引言  15
  2.2 材料与方法  15-20
    2.2.1 样品  15
    2.2.2 试验方法  15-20
      2.2.2.1 鸡基因组DNA 的提取  15-16
      2.2.2.2 引物设计  16
      2.2.2.3 琼脂糖凝胶电泳检测DNA  16
      2.2.2.4 引物的配制  16-17
      2.2.2.5 最佳 PCR 条件的建立  17
      2.2.2.6 PCR 产物检测  17
      2.2.2.7 样品测序  17-18
      2.2.2.8 CRS-Forced-PCR-RFLP 酶切反应体系  18
      2.2.2.9 图像分析  18
      2.2.2.10 SNP 的检读和数据录入  18-19
      2.2.2.11 变异位点潜在功能预测  19
      2.2.2.12 氨基酸的预测及比对  19
      2.2.2.13 单倍型预测  19-20
  2.3 结果与分析  20-38
    2.3.1 变异位点的检测  20-23
    2.3.2 鸡LPIN1 基因各变异位点的基因型及基因型频率在品种间的分布  23-30
    2.3.3 LP1 引物扩增片段内变异位点的潜在功能预测  30-33
    2.3.4 Exon6 变异对氨基酸预测分析  33-34
    2.3.5 单倍型的预测及其在品种间的分布  34-38
  2.4 讨论  38-40
    2.4.1 LPIN1 基因Exon1 编码区保守性与其功能  38
    2.4.2 LPIN1 基因-308E1 变异的影响  38
    2.4.3 LPIN1 基因-16E6 变异的影响  38
    2.4.4 LPIN1 基因外显子6 编码区突变的影响  38-40
3 鸡LPIN1 基因多态性与固始鸡资源群体相关性状的关联分析  40-53
  3.1 引言  40
  3.2 材料与方法  40-42
    3.2.1 固始鸡资源群  40
    3.2.2 引物设计  40-41
    3.2.3 PCR 扩增体系及反应条件和内切酶反应条件  41
    3.2.4 PCR 及酶切产物的检测  41
    3.2.5 图像分析  41
    3.2.6 统计与分析  41-42
  3.3 结果和分析  42-51
    3.3.1 -308E1C/T 变异与固始鸡资源群体相关性状的关联分析  42-44
    3.3.2 -16E6 位点ATTATT 插入  44-46
    3.3.3 1025E6 GCA 插入缺失变异与固始鸡资源群体相关性状的关联分析  46-48
    3.3.4 1128E6 TGCTTGCTCAGC 插入缺失变异与固始鸡资源群体相关性状的关联分析  48-50
    3.3.5 -308E1 位和-16E6 位的不同基因型组合与固始鸡资源群体相关性状的关联分析  50-51
    3.3.6 1025E6 位和1128E6 位的不同基因型组合与固始鸡资源群体相关性状的关联分析  51
  3.4 讨论  51-53
    3.4.1 鸡LPIN1 基因多态性对表型性状的影响  51-52
    3.4.2 鸡LPIN1 基因多态性对血液生化指标的影响  52-53
结论  53-54
参考文献  54-58
英文摘要  58-60
附录  60-64
  附录1、主要试剂与仪器  60-62
  附录2 常用词语缩写  62-64
  附录3 作者简介  64

鸡LPIN1基因多态与固始鸡资源群性状的关联研究

内容摘要

全文目录

相似论文