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鹅脂肪性状候选基因的研究

作　者: 曲湘勇
导　师: 施启顺；柳小春
学　校: 湖南农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 鹅 脂肪性状 候选基因 SNPs δ差异显示
分类号: S835
类　型: 博士论文
年　份: 2007年
下　载: 199次
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内容摘要


本试验用PCR—SSCP方法对四川白鹅、溆浦鹅和洞庭草鹅研究了与脂肪性状可能相关的OBR和PPAR等基因,检测了基因的SNP,序列提交到GenBank。分析了品种内和品种间的基因、基因型分布、遗传多态性以及与其它动物的同源性。在对不同品种鹅进行脂肪性状测定基础上,分析了OBR基因和PPAR基因的SNPs基因型对鹅脂肪性状的影响及其遗传效应,筛选出优势基因型。采用δ差异显示法筛选出与鹅脂肪沉积性状显著相关的阳性EST,进行了克隆测序和同源性比对分析,找出了高度同源性的相关基因。所获阳性EST序列提交GenbBank数据库。结果表明:1 OBR基因在溆浦鹅和四川白鹅的DNA片段中都存在3种不同基因型,该基因片段序列的56bp处有一个A→G的突变,该序列已登录GenBank(登录号为:DQ346681);该碱基突变导致氨基酸序列变异。本研究中的鹅OBR基因片段序列与火鸡和部分鸡的OBR基因序列同源性达100%,与人、猿、猪、马、犬等哺乳类单胃动物的同源性都达到96%。不同品种中OBR基因型频率和基因频率存在显著差异。2 OBR基因的SNP基因型对本研究的鹅腹脂重、腹脂率和血浆VLDL浓度都有极显著或显著的影响,但在两品种间存在明显差异。BB型是降低鹅腹脂重、腹脂率和血浆VLDL浓度的优势基因型,其贡献率对溆浦鹅超过29%,对四川白鹅超过20%。AA型是提高溆浦鹅腹脂重、腹脂率和血液VLDL浓度的优势基因型,其贡献率超过8%。OBR基因对溆浦鹅腹脂重的主效应指数(MEI)达到44.466,对血浆VLDL浓度为21.284,对腹脂率为16.797;OBR基因对四川白鹅腹脂重的MEI达到9.638,对血浆VLDL浓度为21.112,对腹脂率为8.442,对皮脂厚为10.685。推测OBR基因可作为鹅脂肪性状的主效应基因。3 PPARα基因在洞庭草鹅中存在单核苷酸突变,但氨基酸序列不变。该序列与番鸭、家鸭、鼠等动物有95%以上同源性。SNP基因型对该鹅腹脂重、腹脂率有显著影响,其中AA型和BB型腹脂重显著低于AB型,BB型腹脂率显著低于AB型。BB型是降低鹅腹脂重、腹脂率的优势基因型,其贡献率超过8%,而AB型对腹脂率产生5.263%的正向贡献率。PPARα基因对腹脂重的MEI为12.11,对腹脂率为17.31。推测PPARα基因可作为鹅脂肪性状的主效应基因或与控制腹脂性状的主基因连锁。4采用δ差异显示法,发现在鹅的不同组织特异性表达的阳性11条片断,经克隆测序后均递交到GenBank,登录号为:EY199060～EY199070。经BLAST比对,发现肝脏组织的一条扩增差异片断与leptin(ob)基因有94%的同源性;一条腹脂组织扩增差异片断与P2RY5基因有95%的同源性。说明该两条差异片断与鹅脂肪沉积性状存在明显关系。

全文目录


摘要  4-5
ABSTRACT  5-11
第一章 文献综述  11-25
  1 家禽脂肪性状相关基因的研究进展  11-15
    1.1 FABP(脂肪酸结合蛋白)基因  11-12
    1.2 LPL(脂蛋白脂酶)基因  12
    1.3 OB(瘦蛋白)和OBR(瘦蛋白受体)基因  12-13
    1.4 PPAR基因  13
    1.5 MyoD与Myostatin(骨骼肌生长抑制素)基因  13-14
    1.6 HSL(激素敏感脂肪酶)基因  14-15
  2 鹅DNA遗传标记和部分基因的研究进展  15-16
  3 畜禽经济性状候选基因DNA多态性的检测方法  16-18
    3.1 RFLP(限制性片段长度多态性)  16
    3.2 AFLP(扩增片段长度多态性)  16
    3.3 PCR-DSCP(双链构象多态性)  16-17
    3.4 PCR-SSCP(单链构象多态性)  17
    3.5 SNP(单核苷酸多态性)  17-18
  4 基因差异表达的研究方法  18-23
    4.1 差异显示PCR法  18-20
    4.2 消减杂交法  20-23
    4.3 应用  23
  5 本研究的目标与技术路线  23-25
    5.1 研究意义  23
    5.2 研究的主要目标  23-24
    5.3 研究的主要技术路线  24-25
第二章 鹅OBR基因的扩增和SNP序列分析  25-36
  1 材料与方法  25-29
    1.1 材料  25-27
    1.2 DNA提取和鉴定  27-28
    1.3 引物设计与合成  28
    1.4 PCR反应体系  28
    1.5 PCR—SSCP电泳  28-29
    1.6 产物测序  29
    1.7 不同物种OBR基因的同源性分析  29
    1.8 不同OBR基因SNP序列的氨基酸序列分析  29
  2 结果与分析  29-33
    2.1 DNA提取结果  29
    2.2 鹅OBR基因PCR产物电泳  29-30
    2.3 鹅OBR基因PCR-SSCP分析  30
    2.4 鹅OBR基因的序列分析  30-31
    2.5 氨基酸序列分析  31
    2.6 鹅OBR基因的同源性分析  31-33
  3 讨论  33-35
    3.1 关于人、鼠OBR基因  33-34
    3.2 关于畜禽OBR基因  34-35
  4 小结  35-36
第三章 鹅OBR基因SNPs与脂肪性状的相关分析  36-47
  1 材料与方法  36-39
    1.1 供试鹅的选择与饲养管理  36-37
    1.2 鹅脂肪性状测定  37-38
    1.3 DNA的SNP检测  38
    1.4 数据分析  38-39
  2 结果与分析  39-44
    2.1 基因频率和基因型频率  39-40
    2.2 OBR基因的遗传多态性分析  40-41
    2.3 OBR基因型与鹅脂肪性状的相关分析  41-42
    2.4 基因型对性状贡献率  42-44
    2.5 OBR基因主效应指数  44
  3 讨论  44-45
    3.1 关于鹅OBR基因多态性  44
    3.2 关于鹅OBR基因与脂肪性状  44-45
    3.3 关于鹅OBR基因型贡献率与基因主效应指数  45
  4 小结  45-47
第四章 鹅PPARα基因SNP及其对脂肪性状的影响  47-57
  1 材料与方法  47-49
    1.1 供试鹅的选择与饲养管理  47
    1.2 鹅胴体脂肪性状测定  47-48
    1.3 DNA的SNP检测  48-49
    1.4 数据分析  49
  2 结果与分析  49-54
    2.1 鹅PPARα基因PCR-SSCP分析  49-50
    2.2 鹅PPARα基因的序列分析  50-51
    2.3 氨基酸序列分析  51
    2.4 鹅PPARα基因的同源性比对  51-52
    2.5 基因频率和基因型频率  52-53
    2.6 PPARα基因的遗传多态性分析  53
    2.7 SNP基因型对鹅脂肪性状的影响  53
    2.8 SNP基因型对性状贡献率  53-54
    2.9 PPARα基因主效应指数  54
  3 讨论  54-55
  4 小结  55-57
第五章 鹅脂肪性状基因差异片段的获得  57-68
  1 材料与方法  57-63
    1.1 材料  57-58
    1.2 方法  58-63
  2 结果与分析  63-65
    2.1 总RNA的检测  63-64
    2.2 δ差异显示结果  64-65
  3 讨论  65-67
    3.1 关于总RNA提取  65
    3.2 关于差异片断  65-66
    3.3 关于ε差异显示技术  66-67
  4 小结  67-68
第六章 差异片段的回收、再扩增纯化与Northern blot  68-76
  1 材料与方法  68-73
    1.1 材料  68-69
    1.2 方法  69-73
  2 结果与分析  73-74
    2.1 再扩增结果  73-74
    2.2 Northern杂交  74
  3 讨论  74-75
    3.1 差异片段的选择  74
    3.2 差异片段的回收  74-75
    3.3 Northern blot  75
  4 小结  75-76
第七章 阳性差异片段的克隆、测序与序列分析  76-88
  1 材料与方法  76-80
    1.1 材料  76-77
    1.2 方法  77-80
  2 结果与分析  80-83
    2.1 克隆  80-81
    2.2 测序结果与同源性分析  81-83
    2.3 EST提交与登录号  83
  3 讨论  83-87
    3.1 关于克隆的相关问题  83-84
    3.2 关于BLAST进行同源比对  84-85
    3.3 相关基因分析  85-87
  4 小结  87-88
第八章 结论  88-91
  1 主要研究结果  88-90
  2 创新之处  90
  3 展望  90-91
参考文献  91-103
附录  103-119
致谢  119-120
作者简介  120-121
附图  121

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家禽 > 鹅
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