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猪ITGB5基因cDNA克隆及其SNPs与ETEC F4ac黏附表型关联性分析

作　者: 黄黎娟
导　师: 任军；黄路生
学　校: 江西农业大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 猪ITGB5基因 ETEC F4ac SNPs鉴别关联性分析
分类号: S828
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

产肠毒素大肠杆菌(Enterotoxigenic Escherichia coli ETEC)F4ac是引发新生和断奶前仔猪腹泻病的最主要致病菌,ETEC F4ac的致病性取决于其是否与猪小肠上皮细胞表面刷状缘的受体特异性结合。仔猪小肠上皮细胞有无ETEC F4ac受体是仔猪被ETEC F4ac感染时是否发病的关键。无受体猪表现为抵抗型,有受体猪则表现为易感型。分离和鉴别猪ETEC F4ac受体基因及其抗性位点因而成为猪ETEC F4ac腹泻抗病育种的关键。本实验室前期利用自身构建的资源家系群体(白色杜洛克×二花脸)进行精细定位,将ETEC F4ac受体基因定位在猪13号染色体UMNP997-S0283 3.0 Mb区间内。在此区域内,根据比较基因组法、受体生理生化、组织表达谱分析以及徐如海等人抑制消减杂交筛选结果,本实验选择ITGB5基因作为ETEC F4ac受体位置候选基因加以研究。本研究采用5’-、3’-RACE技术分离、克隆猪ITGB5基因全长cDNA序列。利用比较测序法搜寻、鉴别ITGB5基因单核苷酸多态性位点(SNPs),使用PCR-SNaPShot技术在西方商业猪群的杜洛克、大白、长白三个品种共144个个体中开展SNPs遗传多态性检测,并通过SAS9.2软件包分析SNPs多态性与ETEC F4ac黏附表型之间的关联性。本研究得到以下结果：1)分离、克隆到了ITGB5基因完整cDNA序列。2)鉴别到6个SNPs (c.1580G>A, c.1715C>T, c.2744G>A, c.920C>T,g.31420C>A和g.31487G>A)。3)关联性分析表明,这6个SNPs与ETEC F4ac的黏附表型呈极显著关联(P<0.01)。但总体而言,ITGB5多态性位点的关联性强度低于本实验室此前鉴别的MUC13基因SNP标记。综合本实验室已有的分析结果,认为MUC13是编码ETEC F4ac受体的基因,ITGB5是与MUC13基因处于高度连锁不平衡的一个基因。本研究丰富了对猪小肠ETEC F4ac受体基因遗传基础的认识,进一步充实了猪抵抗ETEC F4ac腹泻遗传机制的研究。

全文目录

摘要  3-4
ABSTRACT  4-7
第一章文献综述  7-17
  前言  7
  1 仔猪腹泻疾病  7-8
  2 产肠毒素大肠杆菌(ETEC)  8-10
  3 肠毒素大肠杆菌F4受体的研究现状  10-14
    3.1 ETEC F4受体生化本质  10
    3.2 ETEC F4ac受体基因位点的精细定位  10-14
  4 位置候选基因研究  14-16
  5 ITGB5基因研究进展与本研究的目的、意义  16-17
第二章实验内容  17-36
  前言  17
  1 材料与方法  17-23
    1.1 实验动物  17
    1.2 ETEC F4ac黏附表型判定  17-18
    1.3 小肠总RNA的提取及反转录  18
    1.4 猪ITGB5基因cDNA序列的克隆  18-20
    1.5 ITGB5基因的分析  20-21
    1.6 ITGB5基因的SNPs搜寻、鉴别  21
    1.7 SNPs遗传多态性检测  21-23
    1.8 生物统计学分析  23
  2 实验结果  23-32
    2.1 ETEC F4ac与小肠上皮刷状缘的黏附表型结果  23-24
    2.2 ITGB5 cDNA的克隆结果  24-26
    2.3 ITGB5基因及其生物信息学分析  26-28
    2.4 ITGB5基因突变位点的鉴定、检测及与ETEC F4ac的关联性分析  28-32
  3 分析与讨论  32-36
    3.1 实验动物的选择与SNP分型方法  32-33
    3.2 ITGB5基因的结构  33
    3.3 ITGB5基因与ETEC F4ac黏附表型关联性  33-34
    3.4 ETEC F4ac受体编码基因  34-36
小结  36-37
参考文献  37-42
附录  42-58
致谢  58

猪ITGB5基因cDNA克隆及其SNPs与ETEC F4ac黏附表型关联性分析

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