学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

IGFs、LYZ基因和EAV-HP DNA序列SNPs与京海黄鸡经济性状的关联分析

作　者: 侯启瑞
导　师: 王金玉
学　校: 扬州大学
专　业: 动物遗传育种与繁殖
关键词: 京海黄鸡 生长曲线模型 产蛋率曲线模型 IGF1基因 IGF2基因 LYZ基因 EAV-HP 经济性状
分类号: S831
类　型: 博士论文
年　份: 2010年
下　载: 195次
引　用: 1次
阅　读: 论文下载
 

内容摘要


以优质肉鸡新品种京海黄鸡为试验材料,利用3个生长曲线模型和4个产蛋曲线模型拟合京海黄鸡生长曲线和产蛋率曲线,分析该品种的生长和产蛋规律;利用PCR-SSCP技术检测IGF1和IGF2基因不同区段的SNPs,首次检测LYZ基因外显子和EAV-HP DNA序列的SNPs,并分析所得SNPs与京海黄鸡部分经济性状之间的关系,为京海黄鸡分子标记辅助选择提供有效的遗传标记;在对单基因标记研究的基础上,对IGF1&IGF2基因和LYZ&gag-env基因进行互作效应分析,合并基因型,对京海黄鸡重要经济性状进行多基因分子标记联合分析,以期为该品种筛选出更准确的遗传标记。主要研究结果如下:⑴京海黄鸡累积生长曲线呈S型,Logistic、Bertalanfy和Gompertz三种模型均能很好的拟合京海黄鸡生长曲线,其中Gompertz模型拟合的效果最好;杨宁模型和分室模型均能很好的拟合京海黄鸡产蛋率曲线,其中杨宁模型拟合度较高,比较适合拟合京海黄鸡的产蛋率曲线。⑵鸡IGF1基因外显子1、2和4未检测到突变,外显子3和5’非编码区存在突变位点,且外显子3属于沉默突变,该突变没有引起氨基酸序列的改变;IGF1基因基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态,说明京海黄鸡群体遗传性比较稳定,该品种仍具有较大的选育潜力。⑶IGF1基因对京海黄鸡生长性状有重要影响,可以作为遗传标记对鸡的相关性状进行分子标记辅助选择;IGF1基因可能与繁殖数量性状位点有一定的距离,因而与繁殖性状之间的关系可能随着种群、品系和家系的不同而不同。⑷鸡IGF2基因外显子1、2和3均存在突变位点,IGF2基因外显子1和2碱基突变改变了氨基酸序列,外显子3突变属于沉默突变;IGF2基因2对引物基因型分布处于Hardy-Weinberg平衡状态,1对引物基因型分布极不平衡,说明该群体在对某些性状的选育过程中影响到了该基因的随机遗传。⑸IGF2基因对鸡生长性状的影响在不同品种中不同生长发育阶段表现不同。初步推断IGF2基因可能不是鸡繁殖性状的主效基因,但可能与繁殖性状数量位点有一定的连锁关系,在鸡的性成熟、产蛋量和蛋重方面有影响。⑹首次对鸡LYZ基因外显子区域SNPs进行扫描,发现外显子1和2存在同义突变,外显子3和4未检测到突变位点;LYZ基因外显子1基因型分布从不平衡到平衡可能与京海黄鸡的人工选择有关,这也正说明该基因与京海黄鸡重要经济性状有很大关联,外显子2检测到5种基因型,揭示出该群体的遗传多样性十分丰富。⑺鸡LYZ基因与京海黄鸡蛋清中溶菌酶的含量和活力没有显著相关,表示该基因对溶菌酶在蛋清中的表达没有显著影响;通过对京海黄鸡J+和J- 2个品系的研究,首次发现该基因与部分经济性状显著相关,初步推断LYZ基因可能是一个调控鸡生长发育的主基因或与主基因紧密连锁。⑻建立了测定蛋清中溶菌酶含量和活力的标准方法,为家禽蛋清中溶菌酶的测定提供了一套操作性强、易于掌握、结果可靠稳定的途径。⑼首次对鸡EAV-HP DNA序列部分区域进行SNPs扫描,共发现7个多态位点,其中2个位点为沉默突变,5个位点突变造成了氨基酸序列的改变,改变可能会使蛋白结构和生物学功能产生差异,直接或间接影响动物机体的生长发育;京海黄鸡在品系繁育过程中经过了多重人工选择,该基因所处的位置在品系选育目标对应的数量遗传区域内或邻近区域,对两个不同品系所施加的人工选择压无意间改变了基因的随机遗传规律,使基因型在群体中的分布极不平衡。⑽通过基因型&单倍型与京海黄鸡两个品系生长性状的相关性分析,初步认为EAV-HP DNA序列中的gag-env融合基因与鸡生长性状显著相关,且对京海黄鸡两个品系的作用方向不同。⑾京海黄鸡IGF1基因和IGF2基因对0周龄体重、12周龄体重和开产日龄均有互作效应,不同基因型组合间差异显著;LYZ基因和gag-env基因对京海黄鸡8、12和16周龄体重存在互作效应,不同基因型组合间差异显著。⑿单基因基因型分析结果与两基因基因型组合分析结果不完全一样,利用影响经济性状的两个基因的SNPs,甚至更多基因的SNPs进行分子标记辅助育种,比单个基因进行选择的风险小。在京海黄鸡生产上,选留I3* IG1 AA/CC型个体可提高出生重,选留I6*IG1 CC/BB型个体可提高12周龄体重,剔除I6*IG1 DD/BB型个体可减小开产日龄,选留L1*EA6 GA/AC和GA/CC个体可提高12和16周龄体重,选留L2*EA3 TN/AC和L2*EA6 CC/AA、CC/BB、CC/CC、CT/AC个体可提高8周龄体重。

全文目录


中文摘要  11-14
英文摘要  14-17
第一章 文献综述  17-34
  1 家禽分子遗传标记研究进展  17-25
    1.1 分子遗传标记研究方法  17-18
    1.2 几种常规分子遗传标记技术  18-24
      1.2.1 RFLP技术  18-19
      1.2.2 RAPD技术  19-20
      1.2.3 微卫星标记技术  20
      1.2.4 AFLP技术  20-21
      1.2.5 SSCP技术  21-24
      1.2.6 DNA指纹  24
    1.3 单核苷酸标记（SNPs）及其应用  24-25
  2 胰岛素样生长因子（IGFs）及其基因研究进展  25-29
  3 溶菌酶（lysozyme, LYZ）及其基因研究进展  29-30
  4 内源性禽逆转录病毒EAV研究进展  30-32
  5 京海黄鸡品种简介  32-33
  6 本研究的目的和意义  33-34
第二章 京海黄鸡生长发育规律的研究  34-49
  1 材料与方法  34-36
    1.1 实验数据来源  34
    1.2 饲养标准  34-35
    1.3 统计方法  35-36
      1.3.1 生长速度  35
      1.3.2 生长曲线拟合  35
      1.3.3 产蛋率  35
      1.3.4 产蛋曲线拟合  35-36
  2 结果与分析  36-46
    2.1 京海黄鸡生长速度  36
    2.2 J~+和 J品系早期体重比较  36-38
    2.3 生长曲线拟合  38-41
      2.3.1 三种不同生长模型参数估计  38-39
      2.3.2 拟合曲线方程理论值与实测值的比较  39-41
    2.4 周产蛋率  41-42
    2.5 产蛋率曲线拟合  42-46
      2.5.1 产蛋率模型参数估计  42-44
      2.5.2 拟合曲线方程理论值与实测值的比较  44-46
  3 讨论  46-49
    3.1 京海黄鸡生长发育规律  46
    3.2 J 带标记与鸡生长速度的关系  46-47
    3.3 京海黄鸡生长曲线拟合  47-48
    3.4 京海黄鸡产蛋率曲线拟合  48-49
第三章 鸡胰岛素样生长因子 1（IGF1）基因多态性及其与经济性状的关联分析  49-67
  1 材料与方法  49-54
    1.1 材料  49-51
      1.1.1 实验材料  49
      1.1.2 实验仪器  49-50
      1.1.3 实验试剂  50
      1.1.4 主要试剂的配置  50-51
    1.2 方法  51-54
      1.2.1 基因组DNA 提取  51
      1.2.2 基因组DNA浓度和纯度的检测以及稀释  51
      1.2.3 引物设计与合成  51-52
      1.2.4 PCR扩增  52-53
      1.2.5 琼脂糖检测  53
      1.2.6 SSCP分析  53
      1.2.7 硝酸银染色  53
      1.2.8 序列的测定  53-54
    1.3 统计分析  54
      1.3.1 基因频率、基因型频率分布的差异检验  54
      1.3.2 基因与经济性状的关联分析  54
  2 结果与分析  54-60
    2.1 基因组 DNA 提取  54-55
    2.2 鸡 IGF1 基因多态性检测  55-58
      2.2.1 PCR 产物大小检测  55-56
      2.2.2 SSCP 检测  56
      2.2.3 测序结果与序列比对分析  56-58
    2.3 基因频率和基因型频率及Hardy-Weinberg平衡检验  58
    2.4 IGF1 基因多态性与经济性状的关系  58-60
      2.4.1 IGF1 基因型与经济性状的相关性分析  58-60
      2.4.2 IGF1 基因单倍型与经济性状的相关性分析  60
  3 讨论  60-67
    3.1 IGF1 基因单碱基突变的研究  60-63
    3.2 IGF1 基因型分布的遗传学分析  63-64
    3.3 IGF1 基因型与生长性状的关系  64-65
    3.4 IGF1 基因型与繁殖性状的关系  65-66
    3.5 IGF1 基因联合位点的遗传效应分析  66-67
第四章 鸡胰岛素样生长因子2（IGF2）基因多态性及其与经济性状的关联分析  67-81
  1 材料与方法  67-68
    1.1 材料  67
    1.2 方法  67
      1.2.1 DNA 提取及检测  67
      1.2.2 引物设计与合成  67
      1.2.3 PCR-SSCP 及测序  67
    1.3 统计分析  67-68
  2 结果与分析  68-76
    2.1 鸡IGF2 基因多态性检测  68-72
      2.1.1 PCR 产物  68-69
      2.1.2 SSCP检测  69-70
      2.1.3 测序分析  70-72
    2.2 基因频率和基因型频率及Hardy-Weinberg 平衡检验  72-73
    2.3 IGF2基因多态性与经济性状的关系  73-76
      2.3.1 IGF2 基因型与经济性状的相关性分析  73-76
      2.3.2 IGF2单倍型与经济性状的相关性分析  76
  3 讨论  76-81
    3.1 IGF2 基因单碱基突变的研究  76
    3.2 IGF2 基因型分布的遗传学分析  76-79
    3.3 IGF2 基因多态性与生长性状的关系  79-80
    3.4 IGF2 基因多态性与繁殖性状的关系  80-81
第五章 鸡溶菌酶基因（LYZ）多态性及其与经济性状的关联分析  81-105
  1 材料与方法  82-84
    1.1 材料  82
      1.1.1 实验材料  82
      1.1.2 实验仪器、试剂  82
    1.2 方法  82
      1.2.1 鸡蛋蛋清中溶菌酶的测定  82
      1.2.2 DNA 提取及检测  82
      1.2.3 引物设计与合成  82
      1.2.4 PCR 扩增体系和产物检测  82
      1.2.5 SSCP 检测及测序  82
    1.3 统计分析  82-84
      1.3.1 基因频率、基因型频率分布的差异检验  82-83
      1.3.2 基因与经济性状的关联分析  83-84
  2 结果与分析  84-101
    2.1 基因组提取  84
    2.2 鸡IGF2 基因多态性检测  84-87
      2.2.1 PCR 产物  84
      2.2.2 SSCP 检测  84-85
      2.2.3 测序分析  85-87
    2.3 群体遗传学分析  87-88
    2.4 LYZ 基因多态性与经济性状的关联分析  88-101
      2.4.1 LYZ 基因型与经济性状的关联分析  88-97
      2.4.2 LYZ 基因型组合与经济性状的关联分析  97
      2.4.3 单倍型与经济性状的关联分析  97-101
  3 讨论  101-105
    3.1 LYZ 基因突变位点的发现  101
    3.2 LYZ 基因型的遗传分布  101-102
    3.3 LYZ 基因与经济性状的关系  102-105
第六章 禽内源性逆转录病毒（EAV-HP）DNA 序列多态性及其与生长性状的关联分析  105-128
  1 材料与方法  105-107
    1.1 材料  105
      1.1.1 实验材料  105
      1.1.2 实验仪器、试剂  105
    1.2 方法  105-106
      1.2.1 DNA 提取及检测  106
      1.2.2 引物设计与合成  106
      1.2.3 PCR 扩增体系和产物检测  106
      1.2.4 SSCP 检测及测序  106
    1.3 统计分析  106-107
      1.3.1 基因频率、基因型频率分布的差异检验  106-107
      1.3.2 基因与经济性状的关联分析  107
  2 结果与分析  107-125
    2.1 PCR 产物检测  107-108
    2.2 SSCP分析  108-110
    2.3 测序结果  110-112
    2.4 基因频率和基因型频率及Hardy-Weinberg平衡检验  112-114
    2.5 基因多态性与生长性状的关系  114-125
      2.5.1 各引物基因型与生长性状的关系  114-119
      2.5.2 基因型联合与生长性状的关系  119
      2.5.3 单倍型分析  119-125
  3 讨论  125-128
    3.1 鸡EAV-HP 突变位点的发现  125
    3.2 基因型在 J~+品系和 J~-品系中的分布  125-126
    3.3 gag-env 基因多态性与生长性状的关系  126-128
第七章 多基因综合标记分析  128-140
  1 材料与方法  128-129
    1.1 材料  128
    1.2 方法  128-129
      1.2.1 IGF1 基因和IGF2 基因综合标记  128-129
      1.2.2 LYZ基因和EAV-HP DNA序列综合标记  129
  2 结果与分析  129-136
    2.1 IGF1 基因和IGF2 基因对经济性状的互作效应  129-131
      2.1.1 IGF1 基因和IGF2 基因对生长性状的互作效应  129-130
      2.1.2 IGF1 基因和IGF2 基因对繁殖性状的互作效应  130-131
    2.2 IGF1 和IGF2 基因型组合对经济性状的互作效应分析  131-133
      2.2.1 IGF1 和IGF2 基因型组合对生长性状的互作效应分析  131
      2.2.2 IGF1 和IGF2 基因型组合对繁殖性状的互作效应分析  131-133
    2.3 LYZ 基因和gag-env 基因对生长性状的互作效应  133-134
    2.4 LYZ 和gag-env 基因型组合对生长性状的互作效应分析  134-136
  3 讨论  136-140
    3.1 京海黄鸡IGF1 基因和IGF2 基因的互作效应  136-137
    3.2 京海黄鸡IGF1 和IGF2 基因型组合效应  137-138
    3.3 京海黄鸡LYZ 基因和gag-env 基因的互作效应  138
    3.4 京海黄鸡 LYZ和gag-env基因型组合效应  138-140
附属实验：鸡蛋蛋清中溶菌酶含量和活力测定方法的建立  140-151
  1 材料与方法  140-144
    1.1 蛋清中溶菌酶含量的测定  140-142
      1.1.1 原理  140
      1.1.2 试剂与材料  140-141
      1.1.3 仪器与设备  141
      1.1.4 分析步骤  141
      1.1.5 结果的计算与表述  141-142
    1.2 蛋清中溶菌酶活力的测定  142-144
      1.2.1 原理  142
      1.2.2 试剂与材料  142
      1.2.3 仪器和设备  142-143
      1.2.4 分析步骤  143-144
    1.3 精密度、准确度和灵敏度试验  144
    1.4 重复性试验  144
    1.5 伊萨鸡蛋和京海黄鸡蛋蛋清中溶菌酶的测定  144
    1.6 统计分析  144
  2 结果与分析  144-148
    2.1 溶菌酶标准曲线  144-145
    2.2 精密度、准确度和灵敏度试验结果  145-147
      2.2.1 精密度  145-146
      2.2.2 准确度  146
      2.2.3 灵敏度  146-147
    2.3 重复性检验结果  147-148
    2.4 伊萨鸡蛋和京海黄鸡蛋蛋清中溶菌酶的测定结果  148
  3 讨论  148-150
    3.1 溶菌酶含量的测定  148-149
    3.2 溶菌酶活力的测定  149-150
  4 小结  150-151
全文总结  151-153
论文创新点  153-154
参考文献  154-167
致谢  167-169
攻读学位期间发表论文  169

相似论文

  1. 达州白肋烟烟区土壤肥力评价及氮磷钾肥效研究,S572
  2. 38个油茶优良无性系综合评价研究,S794.4
  3. 湘西州烟薯不同套作时期对烟叶产质量影响,S572
  4. 溶菌酶-绿色荧光蛋白（Lyz-GFP）双元基因对苜蓿转化的研究,S541.9
  5. 几种约束下生长曲线模型的容许性与泛容许性,O212.1
  6. 新疆山羊品种KAP13.1和IGF-1基因的遗传变异及其与经济性状的相关性研究,S827
  7. 烤烟新品种在湘西的适应性研究,S572
  8. 西农萨能奶山羊和关中奶山羊乳铁蛋白基因遗传多态性及其与经济性状的关联分析,S827
  9. 山羊LHX3基因遗传变异分析及Myf5基因CDS区的克隆,S827
  10. 关中川口核桃示范园核桃品种花期特性与坚果主要经济性状分析,S664.1
  11. 海拔高度对烤烟生长发育和品质的影响,S572
  12. 山东省公路发展合理规模研究,F542
  13. 日本沼虾良种选育技术的初步研究,S968.22
  14. 京海黄鸡IGF-I基因多态性与生产性能的关系及其遗传规律的研究,S831
  15. 京海黄鸡IGF2、IGF2R基因多态性及其与生产性能的相关性研究,S831
  16. 施用沼液对烤烟农艺性状和产质量的影响,S572
  17. 梅花鹿、马鹿茸性状间关系及血液蛋白多态性研究,S825
  18. 山羊LHX4和POU1F1基因遗传分析及其与经济性状的关联,S827
  19. 若干栽培因子对烤烟生理特性及产质量的影响研究,S572
  20. 条斑紫菜经济性状的遗传分析,S968.431
  21. 湖北省油茶优良单株遗传多样性及品质初步分析,S794.4

中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家禽 > 鸡
© 2012 www.xueweilunwen.com