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影响绵羊高繁殖力和非季节性发情基因的研究
作 者: 肖朝庭
导 师: 傅衍；储明星
学 校: 浙江大学
专 业: 遗传学
关键词: 绵羊 褪黑激素受体1b基因 Inhibinβ_A基因 kisspeptin基因 GPR54基因 骨形态发生蛋白6基因 多态性 结构 高繁殖力 常年发情
分类号: S826
类 型: 博士论文
年 份: 2007年
下 载: 122次
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内容摘要
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本论文以褪黑激素受体1b(melatonin receptor 1b, MTNR1B)、抑制素βA亚基基因(inhibinβA, INHBA)、kisspeptin及其受体G蛋白偶联受体54(Gprotein-coupled receptor 54,GPR54)、绵羊骨形态发生蛋白6(bone morphogenetic protein 6,BMP6)基因为研究对象,用PCR单链构象多态性(PCR Single-Strand Conformation Polymorphism,PCR-SSCP)分析、RT-PCR、基因克隆等技术研究这些基因在常年发情的高繁殖力绵羊品种以及季节性发情的低繁殖力绵羊品种中的遗传变异及其对绵羊繁殖性能的影响,寻找影响小尾寒羊高繁殖力和常年发情的主效基因或有较大关联的基因型或基因位点,以探索小尾寒羊高繁殖力及常年发情的分子遗传机理,为绵羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。实验主要得出如下一些结果：根据人褪黑激素受体lb基因外显子2和预测的牛褪黑激素受体mRNA序列设计5对引物,检测MTNR1B外显子2在常年发情绵羊品种(小尾寒羊、多赛特、湖羊)和季节性发情绵羊品种(特克塞尔、考力代)中的单核苷酸多态性。测序结果表明突变型与野生型序列相比存在33个碱基突变,其中14个引起氨基酸改变。分析表明这些突变均与绵羊季节性发情相关性不大,MTNR1B基因可能不是影响绵羊季节性发情的主要基因。比较发现获得的绵羊褪黑激素受体1b基因外显子2序列与牛、猪的系统进化关系较与人、小鼠的近,它与牛(95%)和猪(79%)的褪黑激素受体1b氨基酸同源性高于与人(76%)和小鼠(71%),而且与绵羊、人和小鼠的褪黑激素受体la的氨基酸序列也有较高的同源性(61%-63%)。结构分析发现绵羊褪黑激素受体lb具有35个特异变化的氨基酸,并在第3跨膜区后具有DRY和CYVCR序列,这与牛的褪黑激素受体1b一致,而不同于已知的其它褪黑激素受体家族中的NRY和CYICH结构,但和已知的其它褪黑激素受体家族一样,它在第7跨膜区内含有一个NAXXY序列。我们认为可能是由于绵羊褪黑激素受体lb这种结构上的差异导致了它与配体(主要是褪黑激素)结合功能的改变,或者导致其受体的特定结构域改变和磷酸化途径,并由于基因替代效应的影响,使它在绵羊体内的功能逐渐被弱化,在进化中其功能逐渐被其它基因取代(可能主要是褪黑激素受体1a),以致于其表达现在很难检测到。根据牛抑制素βA亚基基因外显子1、外显子2和绵羊抑制素βA亚基mRNA序列设计5对引物,检测抑制素βA亚基基因的全部编码区和部分3’UTR序列在2个高繁殖力绵羊品种(小尾寒羊、湖羊)以及6个低繁殖力绵羊品种(多赛特羊、特克塞尔羊、德国肉用美利奴羊、南非肉用美利奴、考力代、中国美利奴绵羊)中的单核苷酸多态性,分析该基因对绵羊高繁殖力的影响。结果发现引物3、引物4与引物5扩增片段有多态性,其余2对引物的扩增片段不存在多态性。对于引物3,发现AA、BB、CC三种基因型型,中国美利奴绵羊都为CC型,湖羊含有AA和BB型,其余6个品种均为AA型。BB型与AA型相比有8个碱基突变,CC型与AA型相比有4个碱基突变,这些突变均没引起氨基酸改变。对于引物4,发现EE、EF、FF、GG和EG五种基因型型,其中小尾寒羊、湖羊、特克塞尔羊、南非肉用美利奴和考力代羊等5个品种都为EE型,多赛特羊和德国肉用美利奴羊均含有EE、GG和EG三种基因型,中国美利奴绵羊中含有EE、FF和EF三种基因型。FF型在对应EE序列的第114 bp处有一个G→A的单碱基沉默突变。GG型在对应EE序列的第143bp处有一个C→T的单碱基突变,即TCG→TTG,引起亲水的丝氨酸(Ser)→疏水的亮氨酸(Leu),该位点对应GenBank发表的绵羊抑制素βA亚基的第287位丝氨酸(Ser)残基。对于引物5,发现KK、LL、KL和MM四种基因型,其中MM基因型只在湖羊中检测到。LL型在KK型第218bp处有一个G→A的单碱基突变,MM型与KK型相比有9个的碱基突变,这些突变均为没引起氨基酸改变。小尾寒羊只在引物5中检测到多态,LL型小尾寒羊产羔数最小二乘均值分别比KL型和KK型小尾寒羊多0.53只(P<0.05)和0.63只(P<0.05)。KL基因型小尾寒羊的产羔数的最小二乘均值比KK基因型的分别多0.10 (P>0.05)。INHBA基因编码区在湖羊、多赛特羊和德国肉用美利奴羊中有较高的碱基突变率,以湖羊为最高,在小尾寒羊、特克塞尔羊、南非肉用美利奴、考力代和中国美利奴绵羊中的碱基突变率较低。采用PCR-SSCP技术检测kisspeptin基因外显子1和GPR54基因外显子1、外显子2和部分外显子5序列在常年发情的高繁殖力绵羊品种(小尾寒羊、湖羊)和季节性发情的低繁殖力绵羊品种(多赛特、特克塞尔、考力代)中的单核苷酸多态性,并分析其对绵羊繁殖性能的影响。结果发现Kisspeptin基因的外显子1在常年发情的小尾寒羊(出现AA、BB和AB 3种基因型)、湖羊(出现AA朋和CC两种基因型)中均有多态性,在季节性发情的绵羊品种中均无多态性(只有AA型)：GPR54基因的外显子2在常年发情的湖羊中有多态性(出现DD和EE两种基因型),而在常年发情的小尾寒羊和季节性发情的绵羊品种中均无多态性(只有DD型)；GPR54基因的外显子1和部分外显子5序列在5个绵羊品种中均不存在多态性。测序发现BB与AA型相比有1个突变(G73A),导致Val25Met; CC型与AA型相比有7个碱基突变(C19T、C33T、T34C、C63A、T64C、C72G、C77T),其中4个突变引起氨基酸改变,即分别为Arg7Trp、Phe12Leu、Asn24Lys、Ala26Val。EE型与DD型相比有T269C、A320C两个突变,分别导致Met90Thr和Aspl07Ala。小尾寒羊AA、BB和AB基因型频率分别为0.62、0.05和0.33。BB型和AB型小尾寒羊平均产羔数分别比AA型多0.78只(P<0.05)和0.45只(P<0.05),BB型和AB型小尾寒羊平均产羔数差异不显著(P>0.05)。这些结果初步表明kisspeptin基因与绵羊的常年发情和高产羔数有一定的相关性。根据GenBank发表的绵羊骨形态发生蛋白6基因部分序列所包含的外显子5、6、7和小鼠BMP6基因外显子5、6、7序列设计3对引物,检测了BMP6基因外显子5、外显子6和外显子7在高繁殖力绵羊品种(小尾寒羊、湖羊)和低繁殖力绵羊品种(多赛特、特克塞尔、考力代)中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对小尾寒羊高繁殖力的影响。结果发现该3对引物在所检测的5个品种中均无多态性,说明所检测的BMP6外显子5、6、7序列比较保守,该区域可能不是影响绵羊高繁殖力的功能结构域。同时克隆了绵羊(695bp)和山羊(699bp)部分BMP6 mRNA和绵羊exon3-4的内含子序列和两端部分外显子序列(785bp)。发现绵羊和山羊的碱基和氨基酸序列差异很少。两者的碱基序列同源性高达99.28%,氨基酸序列同源性为98.1%,除山羊中插入一个丙氨酸外,.只有4个氨基酸的差异。绵羊与牛、人、小鼠和大鼠的碱基同源性分别为97.04%、81.82%、84.68%和85.06%；氨基酸序列同源性分别为99.05%、91.43%、90.48%和92.38%,均大于90%,说明BMP6在各物种碱基序列虽然差异较大,但氨基酸序列却非常保守。
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全文目录
摘要 11-14
Abstract 14-17
缩略词语表(Abbreviation) 17-18
第一章 文献综述 18-66
1 主效基因及其在家畜育种中的意义 18-20
1.1 主效基因的概念 18-19
1.2 主效基因的测定方法 19-20
1.3 主效基因的应用前景 20
2 绵羊高繁殖力机制研究进展 20-28
2.1 多胎绵羊品种 20-21
2.2 绵羊多胎遗传机制探索 21-22
2.2.1 绵羊多胎主效基因的发现 21
2.2.2 绵羊多胎主效基因的作用及其机理 21-22
2.3 影响绵羊高繁殖力和非季节性发情候选基因的研究进展 22-25
2.3.1 Booroola绵羊的FecB基因 22-23
2.3.2 生长分化因子9基因 23
2.3.3 骨形态发生蛋白15基因 23-24
2.3.4 催乳素受体基因 24-25
2.3.5 褪黑激素受体IA基因 25
2.4 小尾寒羊的研究进展 25-28
2.4.1 品种与数量 25-26
2.4.2 外貌特征 26
2.4.3 繁殖性能 26-27
2.4.4 适应性 27-28
2.4.5 细胞遗传学特性 28
3 绵羊褪黑激素受体1b基因(MTNRIB)的研究进展 28-33
3.1 褪黑激素受体1b基因的结构 29
3.2 褪黑激素受体1b基因的在动物体内的表达情况 29-30
3.3 褪黑激素受体1b基因的定位与多态性 30-31
3.4 褪黑激素受体1b主要功能 31-33
4 抑制素基因的研究进展 33-39
4.1 抑制素基因克隆及基因结构特征 33-34
4.2 抑制素基因定位及多态性分析 34-35
4.3 抑制素基因的表达 35-36
4.4 抑制素基因表达的分子调节 36-37
4.5 抑制素基因与繁殖性能的关系 37-38
4.6 抑制素基因与癌症的关系 38-39
5 骨形态发生蛋白-6在哺乳动物生殖中的研究进展 39-44
5.1 BMP6的结构特点 40
5.2 BMP6基因与生殖相关的表达 40-41
5.3 BMP6的信号传递途径 41-42
5.4 BMP6与哺乳动物繁殖相关的功能 42-44
6 Kisspeptin及其受体GPR54在哺乳动物生殖中的研究进展 44-52
6.1 Kisspeptin/GPR54在繁殖中功能的发现 45-46
6.2 Kisspeptin/GPR54克隆及基因结构特征 46
6.3 Kisspeptin/GPR54基因的表达 46-47
6.4 Kisspeptin/GPR54与繁殖性能的关系 47-49
6.4.1 对促性腺激素分泌的影响 47-48
6.4.2 在青春期和身体发育中的作用 48
6.4.3 对光周期动物季节性繁殖的影响 48-49
6.5 KiSS-1和GPR54的激素调控 49
6.6 KiSS-1、leptin和其它一些下丘脑效应基因 49-51
6.7 局部kisspeptin对性腺作用 51
6.8 KiSS-1和GPR54在临床中的应用 51-52
7 本研究的目的和意义 52-53
参考文献 53-66
第二章 绵羊褪黑激素受体1b基因的多态性、结构与功能分析 66-101
摘要 66-67
Abstract 67
1 引言 67-68
2 材料与方法 68-82
2.1 实验材料 68-73
2.1.1 实验样本 68-69
2.1.2 药品和酶 69
2.1.3 主要仪器设备 69-70
2.1.4 分析工具软件与网站 70
2.1.5 溶液试剂配制 70-73
2.1.6 菌株和载体 73
2.2 主要实验步骤 73-82
2.2.1 羊血液DNA的提取 73-74
2.2.2 DNA/RNA浓度和纯度的检测 74
2.2.3 总RNA提取与纯化 74-75
2.2.4 PCR-SSCP过程 75-78
2.2.5 反转录 78
2.2.6 序列克隆和测序 78-82
3 PCR-SSCP和RT-PCR的结果与分析 82-94
3.1 基因组提取结果 82
3.2 PCR扩增结果 82-83
3.3 PCR-SSCP多态性检测 83-88
3.3.1 PCR-SSCP多态性检测结果 83-84
3.3.2 克隆测序与序列分析 84-88
3.4 MTNR1B基因在不同绵羊品种中的遗传多态性 88-89
3.5 不同绵羊品种MTNR1B基因不同基因型分布差异 89
3.6 绵羊褪黑激素受体1b与其它褪黑激素受体的关系 89-93
3.7 绵羊褪黑激素受体1b高级结构预测 93-94
4 RT-PCR检测 94-95
4.1 总RNA提取 94-95
4.2 RT-PCR检测 95
5 讨论 95-97
5.1 MTNR1B基因在5个绵羊品种间的多态性及其与绵羊季节性发情的关联 95-96
5.2 绵羊MTNR1B基因结构与功能初步分析 96-97
参考文献 97-101
第三章 抑制素β_A基因PCR-SSCP多态性及其与小尾寒羊高繁殖力关系的研究 101-117
摘要 101-102
Abstract 102-103
1 引言 103-104
2 材料与方法 104-107
2.1 实验材料 104-105
2.1.1 实验样本 104
2.1.2 药品和酶 104
2.1.3 主要仪器设备 104
2.1.4 分析工具软件 104-105
2.1.5 溶液试剂配制 105
2.1.6 菌株和载体 105
2.2 主要实验步骤 105-107
2.2.1 羊血液DNA的提取 105
2.2.2 DNA浓度和纯度的检测 105
2.2.3 PCR-SSCP过程 105-107
3 结果与分析 107-113
3.1 PCR扩增 107
3.2 SSCP检测 107-108
3.3 序列分析结果 108-110
3.4 INHBA基因在不同绵羊品种中的遗传多态性 110
3.5 INHBA基因不同基因型的小尾寒羊产羔数的最小二乘均值及标准误 110-113
4 讨论 113-114
4.1 绵羊INHBA基因的多态性 113
4.2 INHBA基因与绵羊产羔数的关系 113-114
参考文献 114-117
第四章 Kisspeptin和GPR54基因多态性及其与绵羊繁殖 117-131
摘要 117
Abstract 117-118
1 引言 118-119
2 材料与方法 119-122
2.1 实验材料 119-120
2.1.1 实验样本 119
2.1.2 药品和酶 119-120
2.1.3 主要仪器设备 120
2.1.4 分析工具软件 120
2.1.5 溶液试剂配制 120
2.1.6 菌株和载体 120
2.2 主要实验步骤 120-122
2.2.1 羊血液DNA的提取 120
2.2.2 DNA浓度和纯度的检测 120
2.2.3 PCR-SSCP过程 120-122
3 结果与分析 122-127
3.1 PCR扩增 122
3.2 SSCP检测 122-123
3.3 序列分析 123-125
3.4 KiSS-1和GPR54基因在不同绵羊品种中的遗传多态性 125-126
3.5 KiSS-1基因不同基因型的小尾寒羊产羔数的最小二乘均值及标准误 126-127
4 讨论 127-129
参考文献 129-131
第五章 BMP6基因多态性及其与小尾寒羊高繁殖力关系的研究 131-147
摘要 131
Abstract 131-132
1 引言 132-133
2 材料与方法 133-136
2.1 实验材料 133-134
2.1.1 实验样本 133
2.1.2 药品和酶 133
2.1.3 主要仪器设备 133
2.1.4 分析工具软件 133
2.1.5 溶液试剂配制 133-134
2.1.6 菌株和载体 134
2.2 主要实验步骤 134-136
2.2.1 羊RNA和血液DNA的提取 134
2.2.2 RNA/DNA浓度和纯度的检测 134
2.2.3 PCR-SSCP过程 134-135
2.3.4 羊BMP6基因部分编码区及exon3-4之间基因组DNA序列的克隆 135-136
3 结果与分析 136-143
3.1 PCR扩增 136
3.2 SSCP检测 136-137
3.3 羊BMP6基因部分编码区及与其它物种相关序列的系统进化关系分析 137-141
3.4 绵羊BMP6基因exon3-4之间基因组DNA序列 141-143
4 讨论 143-145
参考文献 145-147
第六章 讨论与结论 147-155
1 讨论 147-153
1.1 实验材料的选择 147
1.2 影响PCR-SSCP分析的因素 147-152
1.2.1 PCR模板DNA的质量 147-148
1.2.2 PCR反应条件的影响因素 148-149
1.2.3 SSCP检出率的影响因素 149-151
1.2.4 SSCP结果的分型 151-152
1.3 基因外显子和内含子的克隆 152-153
2 结论 153-155
附录1 攻读博士学位期间发表(录用)的学术论文 155-156
致谢 156
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