学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

红花（Carthamus tinctorius L.）不同组织多不饱和脂肪酸积累模式及调控机制

作　者: 官玲亮
导　师: 吴卫
学　校: 四川农业大学
专　业: 药用植物学
关键词: Real-time PCR 基因组织表达内含子低温诱导脂肪醇亚细胞定位系统进化功能分化
分类号: S567.219
类　型: 博士论文
年　份: 2011年
下　载: 142次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载

内容摘要

亚油酸(Linoleic acid,LA,C18:2Δ9,12)和α-亚麻酸(α-linolenic acid,ALA, C18:2Δ9,12,15为人体必需脂肪酸,具有降低血液粘稠度、降低血液中甘油三酯和胆固醇含量、有效预防心脑血管病的作用。同时18：2和18：3也是植物细胞膜的重要组成部分,在植物抵御外界生物和非生物胁迫过程中起着不可替代的作用,并且也是多种信号分子的前体物质。18：2和18：3的生物合成是由一系列ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶通过原核和真核途径催化完成。其中ω-6脂肪酸脱氢酶催化油酸(Oleic acid,OA,C18:1△9)在碳链的Δ-12位脱氢生产双键生成18：2,而ω-3脂肪酸脱氢酶进一步在18：2的Δ-15位催化脱氢生成18：3。红花素有“亚油酸之王”的美誉,其普通型红花材料籽油中18：2的含量达70%以上。但迄今为止,仍未见任何有关红花亚油酸形成机制的分子生物学研究。本文对油用型红花材料ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶进行了基因克隆、组织表达以及系统进化分析,主要研究结果如下：1.采用RT-PCR和RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术,从红花未成熟的种子和叶片中分离到8个FAD2基因和1个FAD6基因,并全部提交至GenBank上。分析其推导的氨基酸序列发现,所有基因均包含有3个组氨酸保守区。其中红花微体ω-6脂肪酸脱氢酶氨基酸序列C-端含有内质网滞留信号,而质体ω-6脂肪酸脱氢酶氨基酸序列N-端有质体信号肽序列。在NCBI中Blast结果显示,CtFAD2-1和CtFAD2-8与向日葵、大豆、棉花等种子特异表达的FAD2-1基因的同源性较高。而CtFAD2-2与其他作物中组成型表达的FAD2-2/ CtFAD2-3有较高的相似性。将ω-6脂肪酸脱氢酶氨基酸序列进行同源性比对发现,CtFAD2-1与CtFAD2-8的同源性最高,为79.9%；其次是CtFAD2-2与CtFAD2-1和CtFAD2-8,分别为70.8%和70.2；而这3个FAD2基因与其余5个拷贝间的序列相似性均较低,在52.0-61.0%之间；CtFAD6与FAD2之间的相似性极低,在18.0-21.9%之间。疏水性和跨膜分析结果显示,除CtFAD2-6以外,其余FAD2均含有6个疏水区,分别跨膜4-6次。蛋白质二级结构预测分析表明,所有红花ω-6脂肪酸脱氢酶基因二级结构均主要包含α螺旋和β折叠。这些基因的成功克隆,为进一步研究不同拷贝FAD2之间的分工、表达模式、调控及对环境的响应规律打下了坚实的基础,为红花亚油酸形成机制及脂肪酸组分的调控提供了一定的理论依据。2.采用RT-PCR和RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术,从红花叶片中分离到2个质体类ω-3脂肪酸脱氢酶基因(CtFAD7和CtFAD8)的全长cDNA和1个微体类ω-3脂肪酸脱氢酶基因(CtFAD3)的部分序列,均已提交至GenBank中。CtFAD7和CtFAD8与其他植物的质体类ω-3脂肪酸脱氢酶的相似性分别为61-79%,63-78%。而CtFAD3与其他植物微体类ω-3脂肪酸脱氢酶的同源性较高,为60-93%。氨基酸序列分析表明红花CtFAD3,CtFAD7和CtFAD8均含有3个富含组氨酸的保守结构域,分别为HDCGH,HXXXXXHRTHH和HVIHH,其中CtFAD7和CtFAD8的N-端分别含有56和27aa的质体信号肽序列。疏水性及跨膜分析表明,红花ω-3脂肪酸脱氢酶氨基酸序列均包含4个疏水区域,分别跨膜1-3次。蛋白质二级结构预测结果表明,3个ω-3脂肪酸脱氢酶蛋白主要由α螺旋和p折叠组成。通过对CtFAD7和CtFAD8的cDNA和DNA序列比较发现,2个基因的DNA序列中均包含有7个内含子,8个外显子。各内含子在物种间则表现出丰富的多态性,序列和长度大小均各不相同；而从第2“到7“外显子的长度和序列相似性在物种间非常保守。将各内含子的位置表现在氨基酸序列上发现,在内含子出现的位置,均为该酶的保守区。因此,推测ωo-3脂肪酸脱氢酶基因的内含子对于保证基因在物种进化过程中功能的保守性起着关键作用。3.对红花各组织在不同温度下的脂肪酸组成及各ωo-6和ωo-3脂肪酸脱氢酶基因在对应组织中的mRNA表达量进行分析。结果表明,红花除种子以外的各组织均含有4种脂肪酸,棕榈酸(16：0)、硬脂酸(18：0)、亚油酸(18：2)和亚麻酸(18：3),因不含有棕榈亚麻酸(16：3),因此红花属于“18：3植物”。与其他所有植物不同,红花营养组织中不含有油酸(18：1),而在红花种子中,含有大量18：1但不含有18：3。另外本研究在红花根中检测到大量18：3Δ9,12,15脂肪醇,与该组织中其它脂肪酸共同比较,其组分含量为22.41%。ω-6脂肪酸脱氢酶家族基因的组织表达分析结果显示,所有该家族的基因均组成型表达,并且在不同的组织中表达量不同。红花co-3脂肪酸脱氢酶基因(CtFAD3, CtFAD7, CtFAD8)在不同组织中的表达研究结果表明,CtFAD3在除种子以外的所有组织中表达,在花中的表达量最高,其次是叶片。而CtFAD7和CtFAD8主要在叶片中高表达量。在种子发育的不同时期,16：0和18：0随着种子的发育含量逐渐降低,18：1在早期逐渐增加,而在开花15天后迅速降低,18：2在种子发育早期含量略有降低,但在15天后含量迅速升高。在种子表达量较高的ω-6脂肪酸脱氢酶基因主要有CtFAD2-1、CtFAD2-3和CtFAD2-8,并且3个基因均在开花后第10天的表达量显著高于其他各时期。CtFAD3在种子发育的各时期均不表达。在低温处理下,红花18：2和18：3的含量在茎和叶柄中均有所提高；而在叶片中,18：3的含量有所增加,18：2的含量则相应的减少。表达分析结果表明ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶基因在转录水平和转录后水平上共同调控着18：2和18：3的合成。在根中,ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶基因在低温下的表达量均有显著提高,但18：2和18：3含量却有所减少。而C18：3Δ9,12,15醇在低温的含量极显著增加。推测该脂肪醇由亚麻酸转化而来,对红花的低温抗性有非常重要的作用。4.对来自不同国家的高/低亚油酸红花材料的CtFAD2-1基因序列进行比对分析发现,从低亚油酸红花材料中分离到的CtFAD2-1’基因在起始密码子后+603 bp处存在1个碱基(胞嘧啶)的缺失,从而造成移码突变,使翻译提前终止。为验证CtFAD2-1’基因所编码的蛋白质大小以及活性,本研究将CtFAD2-1’基因与从高亚油酸材料中分离到的CtFAD2-1基因ORF序列分别插入到原核和真核表达载体pET30a和pYES2中,并分别转入大肠杆菌BL21(DE3)pLysS和营养缺陷型酵母INVScl表达系统中。在1mmol/L IPTG的诱导下,含有pETCtFAD2-1质粒的BL21菌体沉淀经SDS-PAGE电泳后,分离到1条约43kDa大小的特异条带,而在含有PETCtFAD2-1’质粒的BL21菌体总蛋白中却没有该特异条带。对含有pYES2FAD2, pYES2FAD2质粒以及空载pYES2.0的酵母细胞抽提脂肪酸,并进行GC/MS分析。结果表明,含有pYES2CtFAD2质粒的菌株中能诱导产生具有活性的油酸脱氢酶,将部分油酸(18：1)转化为亚油酸(18：2)。而在含有pYES2CtFAD2质粒和空载pYES2.0的工程菌中则没有能检测到18：2的生成。因此,从低亚油酸红花材料中分离到的CtFAD2-1’基因不能编码具有活性的油酸脱氢酶,该基因序列中+603 bp处胞嘧啶的缺失突变是低亚油酸红花材料形成的一个重要因素。比较CtFAD2-1基因在高/低亚油酸红花材料种子不同时期的表达量结果显示,在种子发育的各个时期,CtFAD2-1在高亚油酸材料中的表达量均高于在低亚油酸材料中对应时期的表达量。5.利用生物信息学方法对ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶基因家族的氨基酸序列特征、系统进化及功能分化进行分析。结果表明,ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶氨基酸序列均含有3个保守的组氨酸基序(Hisbox),不同生物来源的脂肪酸脱氢酶之间其Hisbox存在一定的差异,物种的进化程度越高,Hisbox的组氨酸(His)残基相对更保守。质体类ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶氨基酸N-端序列均有数目不等的信号肽区域,并且在信号肽区中部发现1个由10个疏水性或中性氨基酸残基组成的相对保守的疏水区,推测为该类酶信号肽的功能区域。而多数植物微体ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶氨基酸C-端均有KKXX-like motif内质网滞留信号,而红花CtFAD2-3、CtFAD2-4、CtFAD2-5、CtFAD2-6和CtFAD2-7中没有检测到该滞留信号,但C-端序列富含芳香族氨基酸,同样具有内质网滞留信号的作用。系统进化分析表明,所有序列分主要分为4大类,类Ⅰ为植物Stearic-ACP脂肪酸脱氢酶；类Ⅱ包括植物质体类ω-6脂肪酸脱氢酶和原核生物ω-6脂肪酸脱氢酶；类Ⅲ为真菌和植物微体ω-6脂肪酸脱氢酶；类Ⅳ由所有ω-3脂肪酸脱氢酶组成,证明ω-3脂肪酸脱氢酶在原核生物中由ω-6脂肪酸脱氢酶基因进化而来。并且植物质体和微体类ω-3脂肪酸脱氢酶亚类间包含单子叶和双子叶2个小类,表明植物质体和微体类ω-3脂肪酸脱氢酶功能的分化早在单子叶和双子叶植物分化之前就已经形成。植物微体类ω-6脂肪酸脱氢酶可细分为种子特异表达型和组成性表达型两类,并且是在双子叶形成之后才开始分化的。对各亚群间的功能分化类型分析结果表明,ω-6/ω-3脂肪酸脱氢酶以及植物质体/微体ω-6脂肪酸脱氢酶间经历过Ⅰ型和Ⅱ型功能分化；而质体/微体ω-3脂肪酸脱氢酶以及种子特异表达FAD/组成性表达FAD2亚群间只存在Ⅰ型功能分化。各亚群间的功能分化位点分析表明,除plant FAD3/plant FAD2外,在所有存在功能分化的亚群间,均存在后验概率值超过0.80的氨基酸位点,而这些位点主要分布在HisboxⅠ的前后两端以及HisboxⅡ的前端。以上结果均证明,ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶基因家族内部在长期进化过程中形成了亚群间的功能分化。

全文目录

摘要  4-9
Abstract  9-19
第一章文献综述  19-48
  1.1 多不饱和脂肪生物学活性及代谢途径  19-26
    1.1.1 脂肪酸的分类  19-20
    1.1.2 多不饱和脂肪酸(PUFA)在植物体中的生理功能  20-21
    1.1.3 多不饱和脂肪酸在人体中药理作用  21-24
    1.1.4 植物多不饱和脂肪酸的生物合成途径  24-26
  1.2 脂肪酸脱氢酶概述  26-31
    1.2.1 脂肪酸脱氢酶的种类  26-27
    1.2.2 植物脂肪酸脱氢酶基因的结构特征  27-29
    1.2.3 脂肪酸脱氢酶的结构特征  29-30
    1.2.4 脂肪酸脱氢酶的催化机理以及活性中心  30-31
  1.3 ω-6脂肪酸脱氢酶基因(FAD2,FAD6)的研究进展  31-36
    1.3.1 ω-6脂肪酸脱氢酶基因的分类  31-32
    1.3.2 FAD2基因的拷贝数目及组织表达规律  32-33
    1.3.3 FAD2基因对低温的应答规律及表达调控  33-35
    1.3.4 FAD2的功能研究  35
    1.3.5 FAD2在油料作物基因工程育种中取得的成就  35-36
  1.4 ω-3脂肪酸脱氢酶基因研究进展  36-41
    1.4.1 ω-3脂肪酸脱氢酶基因的分类  36-37
    1.4.2 ω-3脂肪酸脱氢酶基因的拷贝数目及组织表达  37-38
    1.4.3 ω-3脂肪酸脱氢酶基因对低温的应答机制  38-40
    1.4.4 ω-3脂肪酸脱氢酶基因在植物基因工程育种中应用  40
    1.4.5 多功能的ω-6/ω-3脂肪酸脱氢酶的发现  40-41
  1.5 红花籽油脂肪酸组成研究进展  41-44
    1.5.1 红花籽主要用途  42-43
    1.5.2 红花种子中脂肪酸的组成及遗传特性  43-44
  1.6 研究的目的意义及技术路线  44-48
    1.6.1 研究的目的意义  44-47
    1.6.2 研究路线  47-48
第二章红花ω-6脂肪酸脱氢酶基因克隆及生物信息学分析  48-70
  2.1 前言  49-50
  2.2 材料与方法  50-57
    2.2.1 试验材料  50
    2.2.2 RNA提取  50-51
    2.2.3 cDNA第一链的合成  51-52
    2.2.4 RT-PCR扩增ω-6脂肪酸脱氢酶基因片段  52-56
    2.2.5 RT-RACE克隆ω-6脂肪酸脱氢酶基因cDNA 3'/5'端  56-57
    2.2.6 序列分析  57
  2.3 结果与分析  57-67
    2.3.1 ω-6脂肪酸脱氢酶基因家族保守片段的克隆  57-59
    2.3.2 基因序列分析  59-60
    2.3.3 红花FAD2各拷贝间氨基酸序歹lJ同源性分析  60-63
    2.3.4 亲/疏水性及跨膜分析  63-66
    2.3.5 氨基酸序列二级结构预测  66-67
  2.4 讨论  67-70
    2.4.1 植物FAD2基因的拷贝数目与亚油酸含量的关系  67-68
    2.4.2 红花ω-6脂肪酸脱氢酶的生物信息学分析  68-70
第三章红花ω-3脂肪酸脱氢酶基因的分离及结构分析  70-88
  3.1 前言  71-72
  3.2 材料与方法  72-75
    3.2.1 试验材料  72
    3.2.2 RNA提取及反转录  72
    3.2.3 DNA的提取及纯化  72-73
    3.2.4 RT-PCR扩增ω-3脂肪酸脱氢酶基因片段  73-74
    3.2.5 RT-RACE克隆ω-3脂肪酸脱氢酶基因cDNA3'/5'端  74-75
    3.2.6 序列分析及结构预测  75
  3.3 结果与分析  75-84
    3.3.1 ω-3脂肪酸脱氢酶基因家族保守片段的克隆  75-77
    3.3.2 基因序列分析  77-80
    3.3.3 亲/疏水性及跨膜分析  80-83
    3.3.4 氨基酸序列二级结构预测  83-84
    3.3.5 基因结构分析  84
  3.4 讨论  84-88
    3.4.1 红花FAD3基因的出现  84-86
    3.4.2 红花CtFAD7和CtFAD8的基因结构分析  86-87
    3.4.3 红花ω-3脂肪酸脱氢酶基因的生物信息学分析  87-88
第四章红花ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶基因对PUFA的代谢调控  88-116
  4.1 前言  89-91
  4.2 材料与方法  91-96
    4.2.1 试验材料的处理  91
    4.2.2 RNA提取及反转录  91
    4.2.3 引物设计  91
    4.2.4 标准品制作  91-94
    4.2.5 实时荧光定量PCR  94-95
    4.2.6 数据分析  95
    4.2.7 红花各组织脂肪酸的含量测定  95-96
  4.3 结果与分析  96-110
    4.3.1 基因的标准曲线及Real-time PCR扩增  96-97
    4.3.2 ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶家族基因的组织表达谱与脂肪酸组成的关系  97-104
    4.3.3 ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶家族基因在种子不同发育时期中对多不饱和脂肪酸的合成调控  104-107
    4.3.4 ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶家族基因在低温下对多不饱和脂肪酸的合成调控  107-110
  4.4 讨论  110-116
    4.4.1 红花各组织中脂肪酸组成特点及调控机制  110-113
    4.4.2 红花脂肪酸组成对低温的响应及调控机制  113-114
    4.4.3 红花ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶基因对低温的响应  114-116
第五章红花高/低亚油酸品系形成的分子机制  116-133
  5.1 前言  117-118
  5.2 材料与方法  118-133
    5.2.1 试验材料  118
    5.2.2 高/低亚油酸红花材料中CtFAD2-1基因ORF的扩增  118-119
    5.2.3 CtFAD2-1基因在高/低亚油酸红花材料种子不同发育时期的表达量比较  119
    5.2.4 CtFAD2-1和CtFAD2-1'的原核表达  119-133
第六章 ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶家族系统进化与功能分化  133-151
  6.1 前言  134-135
  6.2 材料与方法  135
    6.2.1 ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶氨基酸序列的获得  135
    6.2.2 序列分析  135
  6.3 结果与分析  135-148
    6.3.1 ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶组氨酸保守区分析  135-140
    6.3.2 ω-3脂肪酸脱氢酶N-端非保守区序列分析  140-141
    6.3.3 ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶氨基酸序列C-端ER滞留信号  141-142
    6.3.4 系统进化分析  142-145
    6.3.5 亚群间的功能分化  145-148
    6.3.6 功能分化位点  148
  6.4 讨论  148-151
    6.4.1 ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶氨基酸序列特征  148-149
    6.4.2 ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶基因家族的起源进化  149-150
    6.4.3 ω-6和ω-3脂肪酸脱氢酶基因的功能分化  150-151
参考文献  151-165
致谢  165-167
在读期间发表和待发表的论文  167
在读期间参与编写的教材  167

红花（Carthamus tinctorius L.）不同组织多不饱和脂肪酸积累模式及调控机制

内容摘要

全文目录

相似论文