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几种单碱基突变检测方法的建立及DNA池用于人群筛查的初步研究

作　者: 张维延
导　师: 秦正红；顾振纶
学　校: 苏州大学
专　业: 药理学
关键词: 单核苷酸多态性突变敏感性分子“开关” DNA池单碱基突变线粒体DNA 性染色体
分类号: R450
类　型: 硕士论文
年　份: 2007年
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内容摘要

目的：利用突变敏感性纳米级复合分子开关建立几种单碱基突变检测新方法及结合DNA池用于人群筛查。方法：以300例健康自愿献血者为研究对象，肘正中静脉采血5ml，加EDTA抗凝，-20℃保存备用。采用酚／氯仿法提取基因组DNA和线粒体DNA，1％琼脂糖凝胶电泳鉴定，蛋白核酸定量测定仪测定DNA浓度，分管保存备用。DNA池的基本单位由30个不同个体DNA所构成。根据所选取的3个Y染色体基因组SNP、1个X染色体基因单碱基突变序列，2个线粒体DNA基因单碱基突变序列，1对X、Y染色体特异性性别检测位点，设计其突变分析引物。为了获得比天然模板更高浓度的人工模板，以单一个体男性与女性血标本抽提的DNA为天然模板，以匹配引物扩增一轮PCR，突变引物扩增两轮PCR。根据PCR产物浓度计算模板拷贝数，再将人工突变模板和正常模板分别以突变引物扩增，电泳鉴定，做Real-Time PCR，模板倍比稀释检测敏感性和特异性。用所建立的突变检测方法，对300例正常人DNA池进行男女性别比例，和有无所选突变及突变在正常人群中的频率估算。结果：Y染色体上三个SNP位点经普通PCR扩增后，电泳结果显示复合分子开关具有良好的敏感性和特异性。经Real-Time PCR结果显示，其Ct值相差3-5个循环，表明突变敏感性纳米级复合分子开关具有良好的实用价值。根据线粒体和X染色体基因的单碱基突变序列设计的引物，经普通PCR扩增后电泳鉴定，结果显示具有良好的敏感性和特异性，Real-Time PCR结果显示突变引物和匹配引物的Ct值相差3个循环，同时敏感性和特异性试验结果均有意义，可用于筛查突变率大于5％的特定突变。最后，通过对X、Y染色体特异性性别检测位点的定量分析，结合DNA池，计算300份混合DNA标本中的男女性别比例。结论：本文通过对Y染色体SNP、X染色体基因单碱基突变序列、线粒体DNA基因单碱基突变序列以及X、Y染色体特异性性别检测位点研究结果表明，将高保真酶的外切酶特性与耐外切酶消化的碱基特异性引物相结合的碱基敏感性复合分子“开／关”，是一种经济、简便、易行的检测方法。结合DNA池可作为线粒体和X染色体基因单碱基突变或其它稀有突变的一种常用的临床早期诊断方法。

全文目录

摘要  3-5
Abstract  5-8
研究背景  8-14
材料与方法  14-23
结果  23-56
讨论  56-61
结论  61-62
参考文献  62-66
攻读学位期间发表的论文目录  66-67
附录一综述:Mitochondrial dysfunction and Huntington disease  67-77
附录二论著:建立新型Y染色体SNP位点的检测方法  77-82
附录三英文缩写词表  82-83
致谢  83

几种单碱基突变检测方法的建立及DNA池用于人群筛查的初步研究

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