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分枝杆菌菌种鉴定及其基因分型的研究

作　者: 刘冠
导　师: 赵雁林
学　校: 北京市结核病胸部肿瘤研究所
专　业: 内科学
关键词: 分枝杆菌 菌种鉴定 分枝菌酸 基因型分析 ECL VNTR 耐药性 分型方法 Mycobacterium 分离菌株 mycobacteria 分子流行病学 tuberculosis 结核病患者 耐药率 复合群 菌株鉴定 菌属 测序分析 细菌
分类号: R52
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要


快速的菌种鉴定对于相关疾病的早期诊断和及时恰当的治疗具有重要作用,对传染病的早期发现与治疗是早期控制其传播的前提。根据分枝杆菌菌种鉴定及其基因分型方面的研究进展,本课题拟通过从菌种水平和基因型水平研究分枝杆菌分类,从而为临床快速、准确鉴定分枝杆菌菌种和分析结核病流行情况提供参考依据。在分枝杆菌菌种鉴定方面,本课题利用HPLC分析分枝菌酸和测序方法共同鉴定了118株经过对硝基苯甲酸培养基初筛的分枝杆菌临床分离菌株,结果发现有11株测序和分枝菌酸菌种鉴定方法结果相同的结核分枝杆菌复合群与对硝基苯甲酸鉴定结果不一致,高压液相分枝菌酸分析鉴定与测序鉴定的符合率为91.53%,其中结核分枝杆菌复合群鉴定的符合率为94.59%,非结核分枝杆菌为90.12%。据此认为利用分枝菌酸对临床分离的分枝杆菌进行菌种鉴定是一种快速、简便和准确的方法,对处置应急和突发公共卫生事件中的分枝杆菌菌种鉴定具有一定的参考价值,可以作为分枝杆菌菌种多相鉴定策略的重要组成部分。在分子流行病学方面,本课题应用24位点MIRU分型方法对179株湖北和湖南省来源的结核分枝杆菌复合群菌株进行基因分型,并结合患者信息和菌株耐药情况初步探讨了这个地区结核病流行特点。通过扩增24个位点的DNA产物,并用琼脂糖电泳分析,24位点的MIRU分型方法给出179种MIRU数据,达到菌株鉴定水平;通过聚类分析将179株结核分枝杆菌分为4个大的基因型:A基因型1.67%,B基因型13.96%,C基因型59.77%,D基因型24.58%;C基因型所占比例最大,可能为湖北和湖南地区主要流行基因型。对菌株耐药性和患者性别、初复治状态和地域分布分析,发现C基因型菌株的地域分布与其他基因型存在差异,即C基因型菌株在湖北省地区为主要流行株,进一步分析造成这种差异的可能原因,发现与菌株耐药性和患者性别、初复治状态无相关性,其具体原因还需进一步研究。

全文目录


摘要  6-7
Abstract  7-9
第一节 前言  9-11
第二节 分枝菌酸鉴定分枝杆菌菌种研究进展  11-20
  1、分枝菌酸  11-12
  2、色谱工具  12-13
    2.1 薄层色谱、气-液色谱和气相色谱  13
    2.2 高压液相色谱  13
  3、H PLC 分析分枝菌酸  13-16
    3.1 制备检测样本  14
    3.2 洗脱  14-15
    3.3 分枝菌酸检测  15-16
    3.4 色谱图分析  16
  4、问题和展望  16-17
  5、参考文献  17-20
第三节应用HPLC 分析分枝菌酸进行分枝杆菌菌种鉴定  20-32
  1、材料与方法  21-25
    1.1 标本来源  21
    1.2 仪器和试剂  21-22
    1.3 核酸序列鉴定  22
    1.4 分枝菌酸鉴定  22-24
    1.5 数据分析标准  24-25
  2、结果与结论  25-27
  3、讨论  27-29
  4、参考文献  29-32
第四节 分子杆菌基因分型技术在结核病预防控制中的应用  32-43
  1、基于1S6110 的限制性片段长度多态性  32-33
  2、间隔区寡核苷酸基因分型  33-34
  3、分枝杆菌散在重复单元  34-36
    3.1 可变数目串联重复序列  34-35
    3.2 实验方法  35-36
    3.3 结果分析  36
  4、在结核病预防控制中的作用  36-39
    4.1 证实结核病的集体发病  37
    4.2 区分复发和再感染  37-38
    4.3 排除实验室交叉污染  38
    4.4 探究结核病传播规律  38
    4.5 监测结核病的流行菌株或优势菌株  38-39
  5、问题和展望  39-40
  6、参考文献  40-43
第五节 24 位点MIRU 分型的研究  43-53
  1、资料和方法  43-47
    1.1 菌株来源  43
    1.2 仪器和试剂  43-44
    1.3 实验方法  44-47
  2、结果与结论  47-50
    2.1 标本信息  47-49
    2.2 MIRU 分型结果  49
    2.3 MIRU 位点分辨力  49
    2.4 主要基因型菌株的特点  49-50
  3、讨论  50-51
  4、参考文献  51-53
第六节小结  53
基金项目  53
在读期间的发表论文  53-54
英文缩略词对照表  54-56
附件1、各种分枝菌酸图谱和鉴定识别表格  56-82
附件2、24 个MIRU 位点的部分样本PCR 产物电泳图  82-94
附件3、179 株结核分枝杆菌的24 位点MIRU 数据  94-102
致谢  102

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中图分类: > 医药、卫生 > 内科学 > 结核病
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