学位论文 > 优秀研究生学位论文题录展示

SNP在平菇菌株鉴别中应用研究

作　者: 沈兰霞
导　师: 谢宝贵
学　校: 福建农林大学
专　业: 微生物学
关键词: 菌株鉴别单核苷酸多态性直接测序
分类号: S646.14
类　型: 硕士论文
年　份: 2013年
下　载: 16次
引　用: 0次
阅　读: 论文下载

内容摘要

品种混乱和质量低下是我国主要的的菌种问题。为了规范菌种、保护育种者的权益,亟待开展品种鉴别工作。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP),作为一种新的分子标记,越来越受到人们的关注。本研究以31个平菇菌株(oyster mushroom)和9个肺形侧耳菌株(Pleurotus pulmonarius)为实验材料,选取5个功能基因,通过5个功能基因的SNP分析来鉴别各个供试菌株。在31株平菇中,最终选取vmh1、plyA、PoMTP、sdi1、ste3-like5个基因用于分析。这5个基因的总长度为3751bp,分别为418bp、714bp、1079bp、929bp、611bp共含有630个SNPs(碱基变异位点总数),分别为89个、124个、132个、73个、212个,平均每6bp就有一个SNP存在。其中,转换382个、颠换127个、插入／缺失51个,剩余的70个同时存在以上两种或三种的突变类型,转换与颠换的比例约为3：1。在31株平菇中,vmhl编码序列中有13个错义突变,0个无义突变,26个同义突变；plyA编码序列中有13个错义突变,0个无义突变,25个同义突变PoMTP编码序列中有27个错义突变,0个无义突变,47个同义突变ste3-like编码序列中有21个错义突变,0个无义突变,72个同义突变；sdil编码序列中的32个SNPs都为同义突变,没有错义突变和无义突变。聚类分析结果表明,31株平菇间存在丰富的遗传多样性,可以将31株平菇菌株完全区分开。为了减少用于区分菌株的SNP数量及片段大小,我们对630个SNPs进行筛选,发现仅需29个SNPs位点(1个位于ste3-like片段上,10个位于plyA片段上,另外18个位于PoMTP片段上)即可将31个平菇菌株完全区分开。在8株肺形侧耳(不包括菌株00649)中最终用于分析的vmh1、ste3-like的总长度为1013bp,分别为414bp,599bp；含有的SNP总共162个,分别含31个,131个,平均不到7个碱基就有一个SNP存在。其中,94个转换,40个颠换,16个插入／缺失,剩余的12个同时存在以上两种突变类型,转换占的比例最高。在8株肺形侧耳中,vmhl编码序列中有10个错义突变,10个同义突变；ste3-like编码序列中有14个错义突变,36个同义突变。两个基因的编码序列中都没有无义突变。我们对162个SNP进行筛选,发现仅需位于ste3-like片段上16个SNP位点即可完全将8株肺形侧耳菌株区分开。聚类分析结果(包括菌株00649)表明,9株肺形侧耳菌株间存在丰富的遗传多样性,可以将这9株肺形侧耳完全区分开。由此可见,功能基因SNP分析可以用于平菇菌株的鉴别。

全文目录

摘要  7-9
Abstract  9-11
第一章前言  11-24
  1.1 食用菌品种保护现状  11-12
  1.2 食用菌品种鉴别方法  12-22
    1.2.1 形态学鉴定  12
    1.2.2 拮抗实验  12-13
    1.2.3 同工酶技术  13-14
    1.2.4 DNA分子标记技术  14-22
  1.3 本研究目的及意义  22-24
第二章 31株平菇和9株肺形侧耳的功能基因的SNP分析  24-52
  2.1 引言  24
  2.2 材料方法  24-29
    2.2.1 实验材料  24-26
      2.2.1.1 供试菌株  24-26
      2.2.1.2 主要试剂  26
      2.2.1.3 实验仪器设备  26
    2.2.2 方法  26-29
      2.2.2.1 菌丝培养  26
      2.2.2.2 菌丝总DNA的提取  26-27
      2.2.2.3 功能基因的选择  27
      2.2.2.4 引物设计  27
      2.2.2.5 功能基因的扩增  27-28
      2.2.2.6 PCR产物直接测序  28
      2.2.2.7 数据处理  28-29
  2.3 结果与分析  29-52
    2.3.1 功能基因筛选及目的片段的扩增  29-32
    2.3.2 PCR产物直接测序  32-33
    2.3.3 SNP检测及多样性分析  33-41
      2.3.3.1 SNP在各菌株中的分布  33-35
      2.3.3.2 SNP突变类型  35-36
      2.3.3.3 编码序列中SNP突变类型及错义突变引起的氨基酸变化  36-41
    2.3.4 聚类分析  41-46
    2.3.5 SNP筛选  46-52
第三章讨论  52-56
  3.1 9株肺形侧耳的5个基因SNP分析情况  52
  3.2 基因SNP多样性及单核苷酸突变意义  52-53
  3.3 SNP筛选  53-54
  3.4 SNP标记用于菌株鉴别的优点与不足  54-56
参考文献  56-64
附录  64-87
致谢  87

SNP在平菇菌株鉴别中应用研究

内容摘要

全文目录

相似论文