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扬子鳄基因组文库的构建

作　者: 龚少斌
导　师: 方盛国；万秋红
学　校: 浙江大学
专　业: 动物学
关键词: 扬子鳄细菌人工染色体基因组文库
分类号: Q78
类　型: 硕士论文
年　份: 2008年
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内容摘要

扬子鳄(Alligator sinensis)是我国特有的珍稀濒危野生动物,长期以来,由于生境恶化,栖息地丧失等,扬子鳄的种群数量急剧减少。为了拯救这一濒危物种,已经开展了关于扬子鳄保护的研究工作。在本次研究中,我们以长兴扬子鳄自然繁育研究中心提供的血液样品为材料,以pCC1BAC为载体,构建了高质量的扬子鳄基因组DNA细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库。目前,该BAC文库含164 640个克隆,分别保存于1 715块96孔细胞培养板中,从中随机挑取98个克隆进行插入片段大小检测,结果表明该文库的平均插入片段大小约为96 kb,空载率约为4.08%。以密西西比鳄基因组大小为参照,计算得出,目前该BAC文库具备了大约6倍扬子鳄基因组的库容量,从该文库中获得任一单拷贝或多拷贝扬子鳄基因的概率为99.71%。

全文目录

摘要  7-8
Abstract  8-9
文献综述  9-23
  1 扬子鳄概况  9-16
    1.1 命名和分类地位  9-10
    1.2 分布  10-11
    1.3 生活习性  11-12
    1.4 扬子鳄研究现状  12-14
    1.5 扬子鳄保护现状  14
    1.6 长兴扬子鳄自然繁育研究中心与长兴扬子鳄种群  14-16
  2 基因组文库应用  16-22
    2.1 基因组文库概述  16
    2.2 克隆载体的发展史  16-18
    2.3 细菌人工染色体(BAC)文库的构建  18-19
    2.4 BAC文库的鉴定  19
    2.5 基因组文库的应用  19-22
  3 本研究的立项依据、目的和意义  22-23
材料和方法  23-35
  1 材料  23-25
    1.1 样品  23
    1.2 BAC载体和大肠杆菌菌株  23-25
    1.3 主要仪器设备  25
    1.4 主要试剂和耗材  25
  2 方法和步骤  25-35
    2.1 高分子量DNA(HWM DNA)的制备  26-27
      2.1.1 血液样品处理及红细胞裂解  26
      2.1.2 细胞包埋处理  26
      2.1.3 凝胶包埋块(plugs)的处理  26-27
    2.2 预电泳  27
    2.3 高分子量DNA的不完全酶切  27-28
    2.4 合适大小DNA片段的选择  28
    2.5 DNA片段的回收  28-29
      2.5.1 DNA条带的进一步浓缩  28-29
      2.5.2 电洗脱回收DNA片段  29
    2.6 DNA连接与连接产物脱盐  29-30
      2.6.1 DNA连接  29-30
      2.6.2 连接产物脱盐  30
    2.7 电转化  30-31
      2.7.1 电转化  30-31
      2.7.2 涂板及蓝白斑筛选  31
      2.7.3 插入片段大小的检测  31
    2.8 BAC克隆挑取及保存  31
    2.9 扬子鳄BAC文库的检测和鉴定  31-35
      2.9.1 BAC克隆稳定性检测  31-32
      2.9.2 平均插入片段大小的检测  32-33
      2.9.3 扬子鳄BAC文库筛选系统的建立  33-35
结果与分析  35-43
  1 预电泳  35-36
  2 不完全消化最佳酶切量的确定  36-37
  3 适合大小DNA片段的选择和回收  37-39
  4 电转化最佳参数的确定  39
  5 插入片段大小检测  39-40
  6 文库概况  40-41
  7 BAC克隆稳定性检测结果  41-43
讨论  43-46
  1 基因组BAC文库构建中的几个关键问题  43-45
    1.1 高分子量DNA(HMW DNA)的制备  43
    1.2 片段选择与基因组平均插入片段的关系  43-44
    1.3 电转化参数与插入片段大小的关系  44-45
  2 结论和研究展望  45-46
参考文献  46-55
攻读硕士学位期间发表的论文  55-56
感谢  56

扬子鳄基因组文库的构建

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