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DNA条形码候选序列在百合科植物鉴定中的应用

作　者: 吴春颖
导　师: 刘玉军；宋经元
学　校: 北京林业大学
专　业: 植物学
关键词: DNA条形码百合科药用植物鉴定
分类号: Q943
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
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引　用: 6次
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内容摘要

百合科(Liliaceae)植物是被子植物中单子叶植物类群之一,在世界范围内分布广泛,包括多种常用珍贵药用植物。本论文选取了百合科18个属的25个种共36个样品作为研究材料,运用DNA条形码技术对其进行区分与鉴定。实验共扩增了6条DNA条形码候选序列,包括叶绿体基因rpoC1序列、rpoB序列、rbcL序列、matK序列、psbA-trnH序列和核基因ITS 2序列。实验从36个样品中成功提取了34个样品的DNA,并成功获得6条候选序列的PCR产物。不同序列的PCR扩增效率不同:psbA-trnH、matK与rpoC1均可以达到100%,ITS 2扩增效率为97%,rbcL为85%,rpoB为79%。测序发现,除rpoB序列与ITS 2序列测序效率很低外,其他四条序列均获得完成的碱基序列。采用生物统计软件MEGA对测序结果较好的rbcL,psbA-trnH,rpoC1和matK序列进行分析并构建系统进化树。分析结果显示,单一序列不能完全鉴别所有的研究物种,通过psbA-trnH+matK或psbA-trnH+rbcL或rpoC1+rbcL三种形式的序列组合能够鉴别研究物种。这四条候选序列,可作为百合科DNA条形码的推荐序列。

全文目录

摘要  3-4
ABSTRACT  4-7
一引言  7-13
  1.1 DNA条形码概述  7-8
  1.2 DNA条形码研究方法  8-11
    1.2.1 基本技术路线  8-9
    1.2.2 DNA条形码技术与技术方法  9-10
    1.2.3 候选片段简介  10-11
  1.3 DNA条形码鉴定技术的意义、优势与前景  11-13
  1.4 生物信息分析技术概述  13
二样品DNA的提取  13-16
  2.1 实验材料  13-15
  2.2 实验试剂与仪器  15
  2.3 实验步骤  15-16
  2.4 结果与讨论  16
    2.4.1 DNA样品的提取  16
    2.4.2 DNA样品的保存  16
三百合科样品DNA的PCR扩增  16-23
  3.1 引物设计  16-17
  3.2 实验试剂与仪器  17
  3.3 实验方法  17-21
    3.3.1 反应体系  17-19
    3.3.2 PCR反应条件  19-21
    3.3.3 PCR产物琼脂凝胶电泳  21
  3.4 实验结果与讨论  21-23
四 PCR产物测序  23-29
  4.1 测序原理  23
  4.2 测序方法  23-25
    4.2.1 纯化PCR产物  23-24
    4.2.2 PCR产物的测序PCR反应  24
    4.2.3 测序产物的纯化(96孔板整板离心方法)  24-25
  4.3 测序结果与讨论  25-29
    4.3.1 测序结果  25-27
    4.3.2 讨论  27-29
五构建系统进化树(拓扑型)与分析  29-35
  5.1 数据处理  29-30
  5.2 结果与分析  30-35
    5.2.1 psbA-trnH序列的鉴定结果与分析  30
    5.2.2 matK序列的鉴定结果与分析  30-32
    5.2.3 rbcL序列的鉴定结果与分析  32-34
    5.2.4 rpoC1序列的鉴定结果与分析  34-35
六结论  35-36
参考文献  36-40
个人简介  40
发表论文目录清单  40-41
导师简介  41-42
致谢  42

DNA条形码候选序列在百合科植物鉴定中的应用

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