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武汉地区戊型肝炎病毒基因型及ORF3基因变异的分析

作　者: 朱永豹
导　师: 黄元成
学　校: 华中科技大学
专　业: 内科学
关键词: 肝炎病毒,戊型流行特点基因型亚型开放读码框3 基因变异
分类号: R512.6
类　型: 硕士论文
年　份: 2011年
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内容摘要

背景戊型肝炎是由戊型肝炎病毒(hepatitis E virus, HEV)引起一种急性自限性疾病,其主要经粪-口传播,呈散发和爆发流行两种形式。患者临床表现类似于甲型肝炎,但病死率较其他各型肝炎高,尤其孕妇感染后病死率高达30%～100%。中国是戊型肝炎高发地区之一,其中新疆维吾尔族自治区在1986年～1988年期间发生了迄今为止世界上规模最大的一次戊型肝炎流行,累计有119 280人发病,707人死亡,给社会及经济造成了极大的危害。近年来,我国散发性急性戊型肝炎发病率呈持续上升趋势。HEV是一单股正链RNA病毒,无包膜,基因组全长约7.3kb,含有三个开放读码框(ORFs),其中ORF1位于基因组的5′端,编码与RNA复制有关的非结构蛋白, ORF2位于基因组的3′端,编码病毒衣壳蛋白,ORF3同样位于基因组的3′端,编码一种磷蛋白,其功能尚未完全阐明。Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ型HEV ORF3基因片段长372 bp,编码蛋白由123个氨基酸组成,而基因Ⅳ型HEV由于在其ORF3插入一个核苷酸(U),从而导致阅读框移位,ORF3编码的蛋白N末端较其他基因型缺失9个氨基酸,含有114个氨基酸。本课题对武汉同济医院感染科门诊和住院部急性戊型肝炎患者的一般情况(如性别和年龄等)进行调查及HEV基因分型,并对基因Ⅳ型HEV ORF3基因及其编码蛋白变异情况进行检测和分析。目的1.探讨武汉地区散发性急性戊型肝炎流行特点和病毒基因型,为明确武汉地区HEV基因型分布提供一定的线索。2.研究武汉地区基因Ⅳ型HEV ORF3基因及其编码蛋白变异情况,为进一步探讨基因Ⅳ型HEV ORF3基因变异的临床意义奠定基础。方法1.收集2009年4月～2010年6月我院感染科门诊和住院部急性戊型肝炎患者血清162份,分装后-80℃保存待检。调查患者一般情况(如性别和年龄等)。2.采用逆转录-巢式聚合酶链反应(RT-nPCR)对162份急性戊型肝炎患者血清HEV RNA进行检测,并对PCR产物进行测序,然后根据测序结果进行HEV同源进化分析。3.采用逆转录-巢式聚合酶链反应(RT-nPCR)对41株基因Ⅳ型HEV RNA两个基因片段(5020～5392nt和5347～5956nt, EF570133)进行扩增,并对PCR产物进行测序,然后使用ContigExpress将测序结果拼接(含有HEV ORF3全序列),使用MegAlign(DNAStar软件包)对HEV ORF3进行比较,查看HEV ORF3基因及其编码蛋白变异情况。结果1.武汉地区急性戊型肝炎患者男女比例为4.40:1,30～59岁年龄段占71.60%,162份急性戊型肝炎患者血清中,有41份血清HEV RNA阳性,阳性率为25.31%,同源进化分析表明41株HEV均为基因Ⅳ型,各毒株间的核苷酸同源性为84.7%～100%,基因Ⅳ型又可进一步分为5种亚型,即Ⅳ-A、Ⅳ-B、Ⅳ-C、Ⅳ-D和Ⅳ-E亚型,各亚型内部的核苷酸同源性分别为91.3%～100%、98.0%、92.0%～100%、98.0%～100%、100%,其中Ⅳ-A亚型与广西株、上海株和西安株的核苷酸同源性分别为91.3%～96.0%、92.0%～97.3%和94.7%～99.3%,Ⅳ-D亚型与北京株的核苷酸同源性为95.3%～96.7%。2. 41株基因Ⅳ型HEV RNA两个基因片段均扩增出来的毒株为18株,18株HEV ORF3共检测出47个位点存在核苷酸替换,其中21个替换发生在密码子第一、二位核苷酸,26个替换发生在密码子第三位核苷酸;其编码蛋白存在19个位点氨基酸变异。结论1.武汉地区急性戊型肝炎以男性多见,好发于30～59年龄段,且均由基因Ⅳ型HEV引起,基因Ⅳ型又可进一步分为Ⅳ-A、Ⅳ-B、Ⅳ-C、Ⅳ-D和Ⅳ-E 5种亚型,其中Ⅳ-A亚型与广西株、上海株和西安株亲缘关系较近,Ⅳ-D亚型与北京株亲缘关系较近。2.武汉地区基因Ⅳ型HEV ORF3存在多个位点核苷酸替换,这些位点变异在急性戊型肝炎病情进展中有何意义,有待于进一步研究。

全文目录

中文摘要  5-8
英文摘要  8-11
第一部分武汉地区散发性急性戊型肝炎流行特点和病毒基因型分析  11-29
  前言  11
  材料与方法  11-16
  结果  16-23
  讨论  23-26
  参考文献  26-29
第二部分武汉地区基因Ⅳ型戊型肝炎病毒ORF3 基因变异的检测和分析  29-42
  前言  29-30
  材料和方法  30-33
  结果  33-37
  讨论  37-40
  参考文献  40-42
综述  42-51
  参考文献  49-51
附录1  51-52
附录2  52-53
致谢  53

武汉地区戊型肝炎病毒基因型及ORF3基因变异的分析

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