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前列腺癌多阶段相关枢纽蛋白的差异共表达模式

作　者: 周成贵
导　师: 郭政
学　校: 电子科技大学
专　业: 生物物理学
关键词: 枢纽蛋白共表达相关前列腺癌转移
分类号: R737.25
类　型: 硕士论文
年　份: 2010年
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内容摘要

目前,人们对前列腺癌多阶段发展机制的认识还比较有限,已有一些工作从基因表达模式或生物学通路水平对前列腺癌多阶段进行研究。而基因(或蛋白)通常通过协同作用来行使功能,仅从这两个角度进行的研究还不能完全解释前列腺癌复杂的发病和转移机理。因此,从基因(或蛋白)间协同作用的角度对前列腺癌多阶段展开研究有着重要的意义。我们通过枢纽蛋白与其互作邻居之间的共表达关系在从前列腺正常组织到原位癌及原位癌到转移的两个发展阶段的变化,寻找在前列腺癌发生和发展过程中动态改变的枢纽蛋白,并分析了两个发展阶段动态改变的枢纽蛋白之间的生物学关联性及它们与互作邻居之间的差异共表达模式在前列腺癌两个发展阶段的变化规律,为探讨前列腺癌的发病与转移机理提供线索。在本工作中,基于前列腺正常组织、原位癌与癌转移后组织的基因表达谱数据,在前列腺癌的两个发展阶段分别检测到1578和2347个动态改变的枢纽蛋白。平均超过95%的在一个发展阶段动态改变的枢纽蛋白与在另一发展阶段动态改变的枢纽蛋白中的至少一个蛋白共享显著多的互作邻居。另外,两组动态改变的枢纽蛋白中有780个交叠蛋白,其中大约50%的蛋白与其互作邻居之间的共表达关系在两个发展阶段的强弱变化方向相反。这些结果提示,前列腺癌发生和发展过程中动态改变的枢纽蛋白影响的功能通路高度一致,但是它们与其互作邻居之间有着不同的共表达模式。

全文目录

摘要  4-5
ABSTRACT  5-9
第一章绪论  9-16
  1.1 基因芯片  10-11
  1.2 蛋白质相互作用数据及其应用  11-12
  1.3 静态的蛋白质相互作用网络和复杂的生物学过程  12-13
  1.4 关于前列腺癌多阶段发展的研究现状  13-15
    1.4.1 基于基因表达模式的研究  14
    1.4.2 基于生物学通路水平的研究  14-15
  1.5 论文各部分的主要内容  15-16
第二章前列腺癌不同发展阶段动态改变的枢纽蛋白  16-23
  2.1 基因表达谱和蛋白质相互作用网络  16-19
    2.1.1 基因表达谱  16
    2.1.2 蛋白质相互作用数据及相关数据库  16-18
    2.1.3 蛋白质相互作用数据的整合  18-19
  2.2 动态改变的枢纽蛋白的选取方法  19-22
  2.3 结果与讨论  22-23
第三章前列腺癌不同发展阶段动态改变的枢纽蛋白之间的生物学关联性  23-31
  3.1 不同阶段动态改变的枢纽蛋白之间生物学关联性假设  23-24
  3.2 超几何分布和共享显著多的互作邻居的蛋白对  24-25
  3.3 假设检验和错误率控制  25-30
    3.3.1 单个假设检验和两类错误  25
    3.3.2 多重检验和错误率控制  25-30
  3.4 结果与讨论  30-31
第四章动态改变的枢纽蛋白与其互作邻居的差异共表达模式  31-36
  4.1 蛋白间的协同作用及差异共表达模式  31
  4.2 PEARSON 相关系数差值的相关性  31-33
  4.3 结果与讨论  33-36
    4.3.1 蛋白质相互作用网络对研究结果的影响  34-36
第五章结论及展望  36-37
致谢  37-38
参考文献  38-44
附录  44-49
硕士攻读期间取得的研究成果  49-50

前列腺癌多阶段相关枢纽蛋白的差异共表达模式

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