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中国5个地区家养双峰驼遗传多样性的微卫星分析

作　者: 王乐
导　师: 任战军
学　校: 西北农林科技大学
专　业: 动物学
关键词: 家养双峰驼 微卫星 遗传多样性 群体结构
分类号: S824
类　型: 硕士论文
年　份: 2009年
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内容摘要


采用10个微卫星引物对我国5个地区的家养双峰驼进行了遗传多样性的分析研究,结果表明:1.10个微卫星位点共检测到129个等位基因,平均每个位点检测到12.9个等位基因。10个微卫星座位中, YWLL36座位的等位基因数最少,只有4个,VOLP67座位的等位基因数最多,达到25个,其余座位的等位基因数在5-18个之间。10个微卫星位点的等位基因数均不少于4个,因此,这10个微卫星位点均可用于分析。5个家养双峰驼群体的遗传多样性较为丰富,遗传变异较大。2.通过哈代-温伯格平衡检验发现,所有5个双峰驼群体在10个微卫星位点中均偏离了哈代温伯格平衡(P<0.05)。3.除了YWLL36位点没有特有等位基因外,在9个微卫星位点共检测到27个特有等位基因。在所有的群体中南疆骆驼的特有等位基因最多,有8个。河西骆驼的特有等位基因最少,有3个。4.10个微卫星座位中,除了CMS 17、VOLP 10、YWLL36为中度多态性座位外(0.25<PIC<0.5),其他的微卫星位点均为高度多态性座位(P>0.5)。群体的多态信息含量在0.5784-0.6651之间。观察杂合度在0.1875-0.2617之间,期望杂合度在0.6120-0.6996之间。5.5个家养双峰驼群体的近交系数0.6220,其中阿拉善骆驼的近交系数最高,为0.7069。说明这5个双峰驼群体的近交非常严重。Fst的值为0.051,说明94.9%的遗传变异存在于品种内,而5.1%的遗传变异存在于品种间。6.根据Nei氏标准遗传距离(Ds)和Da遗传距离进行系统发生树的UPGMA法聚类和N-J法聚类,结果显示,阿拉善骆驼和河西骆驼之间有最小的遗传距离,阿拉善骆驼和南疆骆驼之间有最大的遗传距离。南疆骆驼和北疆骆驼首先聚在一起,然后东疆骆驼加入,这3个群体聚为一类;河西骆驼和阿拉善骆驼聚为另外一类。7.用Structure软件对5个地区家养双峰驼的群体结构进行分析,可以将其分为2组。所得到的群体关系同采用Da遗传距离构建的NJ聚类图的分析结果基本一致。

全文目录


摘要  4-5
ABSTRACT  5-10
第一章 文献综述  10-21
  1.1 畜禽遗传多样性的研究  10-15
    1.1.1 血液蛋白（酶）多态性  10-11
    1.1.2 限制性片段长度多态性（RFLP）  11-12
    1.1.3 扩增片段长度多态性(AFLP)  12
    1.1.4 随机扩增长度多态性DNA（RAPD）  12
    1.1.5 单链构象多态性（SSCP）  12-13
    1.1.6 单核苷酸多态性（SNP）  13
    1.1.7 微卫星标记（STR）  13-15
      1.1.7.1 微卫星DNA 作为分子遗传标记的基本原理  13-14
      1.1.7.2 微卫星DNA 作为分子遗传标记的优点  14
      1.1.7.3 微卫星DNA 作为分子遗传标记的不足  14-15
      1.1.7.4 微卫星位点的获取  15
  1.2 微卫星在家畜遗传多样性研究中的应用  15-17
  1.3 双峰驼资源概述  17-20
    1.3.1 双峰驼的生物学分类  17
    1.3.2 双峰驼的起源  17
    1.3.3 世界骆驼的分布及现状  17-18
    1.3.4 我国骆驼遗传资源现状  18-19
    1.3.5 本研究涉及到的双峰驼介绍  19-20
      1.3.5.1 北疆骆驼  19
      1.3.5.2 南疆骆驼  19
      1.3.5.3 东疆骆驼  19
      1.3.5.4 河西骆驼  19-20
      1.3.5.5 阿拉善骆驼  20
  1.4 研究的目的及意义  20-21
第二章 家养双峰驼遗传资源的研究  21-48
  2.1 实验材料  21-23
    2.1.1 微卫星引物  21-22
    2.1.2 主要试剂及来源  22
    2.1.3 主要试剂的配制  22-23
    2.1.4 主要仪器设备  23
  2.2 实验方法  23-25
    2.2.1 采血  23
    2.2.2 血液DNA 的提取  23-24
    2.2.3 微卫星DNA 的PCR 扩增  24-25
    2.2.4 PCR 扩增产物琼脂糖凝胶电泳检测  25
    2.2.5 PCR 扩增产物聚丙烯酰胺非变性凝胶检测  25
    2.2.6 聚丙烯酸胺凝胶银染  25
  2.3 统计分析  25-28
    2.3.1 群体内遗传变异  25-26
    2.3.2 群体间的遗传关系  26-28
    2.3.3 使用软件  28
  2.4 结果与分析  28-45
    2.4.1 双峰驼基因组DNA 琼脂糖检测  28
    2.4.2 微卫星座位电泳检测  28-30
    2.4.3 群体内的遗传变异检测  30-39
      2.4.3.1 等位基因数目和频率  30-35
      2.4.3.2 哈代-温伯格平衡检验  35
      2.4.3.3 特有等位基因和频率  35-37
      2.4.3.4 群体杂合度、多态信息含量  37-38
      2.4.3.5 群体的有效等位基因数  38-39
    2.4.4 群体间的遗传关系分析  39-45
      2.4.4.1 双峰驼群体固定指数分析  39-40
      2.4.4.2 双峰驼群体间的基因流分析  40-41
      2.4.4.3 家养双峰驼群体遗传分化检测  41
      2.4.4.4 5 个家养双峰驼群体间的遗传距离  41-42
      2.4.4.5 5 个双峰驼群体的聚类分析  42-43
      2.4.4.6 双峰驼群体结构分析  43-45
  2.5 讨论  45-48
    2.5.1 关于抽样方法和样本含量  45
    2.5.2 关于微卫星位点的选择  45-46
    2.5.3 关于群体内遗传变异  46
    2.5.4 关于群体间遗传变异  46-48
第三章 结论  48-49
参考文献  49-54
附录  54-58
致谢  58-59
个人简介  59

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中图分类: > 农业科学 > 畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂 > 家畜 > 骆驼
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